PhyloSuite v1.2.3安装与使用-生信工具049

PhyloSuite 一个好用的win集成建树平台，官方相关文档视频等做的可好了PhyloSuite (jushengwu.com)

官网

https://github.com/dongzhang0725/PhyloSuite/releases   #官网
http://phylosuite.jushengwu.com/dongzhang0725.github.io/installation/   #官方说明文档

这里介绍如何安装，主要是偏linux

1. 安装已编译的 PhyloSuite

可在 Releases · dongzhang0725/PhyloSuite · GitHub 下载适用于各平台的安装包。

https://github.com/dongzhang0725/PhyloSuite/releases/download/1.2.3/PhyloSuite_v1.2.3_Win64.rar

 立即下载

 中文下载链接

1.1 Windows 系统

支持 Windows 7、8 和 10。
直接双击 PhyloSuite_xxx_win_setup.exe 进行安装，安装完成后运行“PhyloSuite.exe”文件即可。

⚠️ 如果安装失败，可以下载 PhyloSuite_xxx_Win64/32.rar 压缩包，解压后直接在文件夹中运行 PhyloSuite。

1.2 Mac OSX 或 Linux 系统

将 PhyloSuite_xxx_Mac.zip 或 PhyloSuite_xxx_Linux.tar.gz 解压到任意目录，然后双击文件夹中的“PhyloSuite”启动程序，或使用以下命令启动：

cd [PhyloSuite安装路径]/PhyloSuite
./PhyloSuite

如果遇到 “permission denied（权限拒绝）” 错误，可尝试运行以下命令：

bash [PhyloSuite安装路径]/assign_permission.sh

注意：

• Windows（7 及以上）支持 64 位和 32 位。
• Linux（Ubuntu 18.04.6 LTS）和 Mac OSX（macOS Sierra 10.12.3 及以上）仅测试了 64 位版本。

⚠️ 强烈建议 在 Linux 系统中使用 conda、docker 或 singularity 安装 PhyloSuite（详见第 3、4 节），尤其是 v1.2.3 及更高版本。

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2. 使用 pip 安装

首先确保已安装 Python（版本 3.6）并将其添加至环境变量。
然后在终端中执行：

pip install PhyloSuite

安装完成后，PhyloSuite 会自动添加至环境变量。
再次在终端中输入以下命令启动：

PhyloSuite

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3. 使用 conda 安装

首先安装 Miniconda3 并将其加入环境变量。
然后在终端中创建 Python 3.6 环境：

conda create -n py367 python=3.6.7

接着在 “py367” 环境中安装 PhyloSuite：

conda activate py367
pip install PhyloSuite

安装完成后，PhyloSuite 会被安装在 [Miniconda安装路径]/envs/py367/bin 文件夹中，并自动添加至环境变量。
启动 PhyloSuite：

conda activate py367  # 如果尚未进入 py367 环境需执行
PhyloSuite

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4. 安装 PhyloSuite 一体化虚拟环境

4.1. 使用虚拟环境的优势

• 所有插件均已预配置，可直接使用
• 界面可在后台运行（即使关闭 VNCViewer 窗口，也可以随时重新连接）

4.2. 使用 Docker 安装

4.2.1. 配置和运行 Docker

首先安装 Docker 并加入环境变量。

然后使用以下命令拉取 PhyloSuite 镜像：

docker pull dongzhang0725/phylosuite:1.2.3

⚠️ 其中 1.2.3 为 PhyloSuite 版本号，可根据需要替换。
可在 https://hub.docker.com/repository/docker/dongzhang0725/phylosuite/tags 查看所有版本。

切换到用于存储工作文件和结果的文件夹，并使用以下命令创建容器并运行 PhyloSuite：

cd [PhyloSuite工作目录]  # 切换到存放 PhyloSuite 工作文件的目录
docker run -u $(id -u):$(id -g) \-v /etc/group:/etc/group:ro \-v /etc/passwd:/etc/passwd:ro \-d -v $HOME:$HOME \-w $PWD --net=host \dongzhang0725/phylosuite:1.2.3 \bash -c "export DISPLAY=:105; bash vncserver.sh PASSWORD=phylsuit VNC_PORT=6123 RUN=start; bash PhyloSuite.sh"

⚠️ 注意：PASSWORD 的密码长度不可超过 8 个字符。

执行完成后会生成一个容器 ID（例如 4aa09be44c8325ebff6eaadc9bcd8931af999b4ff24917be09250812b66fbe88），后续操作中可能会用到。

其实，就用win运行也挺好，细节分割开交给linux运行，拆分细节！尤其是贝叶斯建树，建议迁移到linux运行！

win下载完，官方视频还是挺详细的！PhyloSuite (jushengwu.com)