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Python proteinflow 库介绍

article 2026/1/29 15:56:38

ProteinFlow是一个开源的Python库，旨在简化蛋白质结构数据在深度学习应用中的预处理过程。以下是其详细介绍：

功能

  • 数据处理：支持处理单链和多链蛋白质结构，包括二级结构特征、扭转角等特征化选项。

  • 数据获取：能够从Protein Data Bank (PDB)和Structural Antibody Database (SAbDab)等资源中高效地过滤、聚类和生成新的数据集。

  • 数据加载与转换：提供多种数据加载选项和转换，以适应不同的下游训练框架。

  • 预计算数据集：提供最新预计算的蛋白质结构数据集，方便用户快速使用。

安装

  • 使用Conda：

conda install -c conda-forge -c bioconda -c adaptyvbio proteinflow

  • 使用pip：

pip install proteinflow

  • 使用Docker：

docker pull adaptybproteinflow

核心模块 & 类速览

1. proteinflow.data.ProteinEntry

✅ 蛋白质结构的

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