在服务器上安装AlphaFold2遇到的问题(3)_cat: /usr/include/cudnn_version.h: 没有那个文件或目录
[root@localhost ~]# cat /usr/include/cudnn_version.h
cat: /usr/include/cudnn_version.h: 没有那个文件或目录
这个错误表明系统找不到 cudnn_version.h 头文件,说明 cuDNN 的开发文件(头文件)没有正确安装。以下是完整的解决方案:
- 问题诊断
已存在的部分:ldconfig -p 显示有 cuDNN 库文件(如 libcudnn.so.9)
缺失的部分:cuDNN 头文件(cudnn_version.h 等)未安装- 解决方案
方法一:通过包管理器安装完整 cuDNN(推荐)
# 对于 RHEL/CentOS 8:
sudo dnf install -y libcudnn8-devel # cuDNN 8.x 开发包
# 或
sudo dnf install -y libcudnn-devel # 最新版开发包
# 对于 Ubuntu/Debian:
sudo apt install -y libcudnn8-dev
方法二:手动安装 cuDNN 开发文件- 从 NVIDIA 官网下载 cuDNN 包
需匹配您的 CUDA 版本(如 cuDNN for CUDA 12.x)
解压并安装头文件
tar -xzvf cudnn-linux-x86_64-8.x.x.x_cudaX.Y-archive.tar.xz
sudo cp cudnn-*-archive/include/cudnn*.h /usr/local/cuda/include/
sudo chmod a+r /usr/local/cuda/include/cudnn*
方法三:检查安装路径
# 查找可能的头文件位置
sudo find / -name "cudnn_version.h" 2>/dev/null
# 如果找到其他路径(如 /usr/local/include/),创建符号链接
sudo ln -s /path/to/cudnn_version.h /usr/include/cudnn_version.h
- 验证安装
# 确认头文件存在
ls /usr/local/cuda/include/cudnn_version.h
# 检查版本
cat /usr/local/cuda/include/cudnn_version.h | grep CUDNN_MAJOR -A 2
- 环境变量配置
确保 CUDA 路径已加入环境变量:
echo 'export CPATH=/usr/local/cuda/include:$CPATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
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