全球蛋白质组学数据共享核心平台升级

摘要ProteomeXchange蛋白质组学资源联盟http://www.proteomexchange.org的建立旨在标准化基于质谱MS的蛋白质组学领域开放数据实践。本文介绍了ProteomeXchange在过去3年的主要进展。该联盟的6个成员数据库分布于大洲分别是PRIDE数据库、PeptideAtlas、MassIVE、jPOST、iProX和Panorama Public。提供了最新的数据提交统计数据显示提交至ProteomeXchange资源的数据集数量每年持续增长。截至2025年6月已有64,330个数据集提交至ProteomeXchange资源其中30,097个47%仅在过去3年提交。还报告了对蛋白质组学标准倡议PSI制定标准的支持改进例如通用光谱标识符USI和样本与数据关系格式-蛋白质组学SDRF-Proteomics。此外重点介绍了公共数据集的数据复用活动增长情况包括不同蛋白质组学数据类型的靶向重分析以及新型机器学习方法的开发。最后总结了近期计划包括开发受控访问人类蛋白质组学数据的资源以及支持非质谱蛋白质组学方法。juanebi.ac.ukeric.deutschisbscience.org#ProteomeXchange #蛋白质组学数据 #FAIR原则 #数据共享 #质谱 #数据复用 #PSI标准 #公共数据库结果ProteomeXchange当前基础设施表1 ProteomeXchange各资源提供的主要功能数据提交统计图12012年以来提交至ProteomeXchange资源的数据集汇总统计(A) 2012年5月至2025年6月已公开绿色和尚未公开橙色数据集的变化趋势2025年6月提交了1,156个数据集。(B) 2012年以来已公开数据集的前15个物种汇总。(C) 2012年以来提交者报告的前15种仪器汇总。(D) 各接收数据库的数据集相对数量汇总。公共蛋白质组学数据复用趋势图2ProteomeXchange当前资源及公共蛋白质组学数据集复用主要工作概述列出了不同类型的数据复用方式并标注了可获取这些数据的相应工具和/或数据资源。详细总结思维导图成员构成6个跨3大洲的数据库功能各有侧重定量数据重分析量化数据重分析关键项目及成果应对举措与必要性参考Nucleic Acids Res. 2026 Jan 6;54(D1):D459-D469. doi: 10.1093/nar/gkaf1146.The ProteomeXchange consortium in 2026: making proteomics data FAIR260106ProteomeXchange.pdf注AI辅助创作如有错误欢迎指出。内容仅供参考不构成任何建议。