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全套R分析代码,空间转录组 + scRNA-seq揭示阿尔茨海默病抗体药机制

科研不掉发快来这个地表最强的生信神仙网站中国银河生信云平台 立即访问https://usegalaxy.cn最佳Galaxy生信云平台教程从入门到精通图文版转录组分析流程和工具大全最强总结全网最佳WGCNA分析教程一键完成你是否好奇获批用于阿尔茨海默病的仑卡奈单抗到底是怎么清除脑内致病的 β 淀粉样蛋白的2025 年 11 月 24 日Nature Neuroscience期刊在线发表了来自比利时 VIB 与鲁汶大学 Bart De Strooper 团队的研究揭示仑卡奈单抗通过激活小胶质细胞的淀粉样清除程序减轻 β 淀粉样蛋白病理。今天我们就来拆解一下这篇生信文章The Alzheimer’s therapeutic Lecanemab attenuates Aβ pathology by inducing an amyloid-clearing program in microglia研究概述本研究以人源小胶质细胞异种移植阿尔茨海默病模型小鼠为对象明确仑卡奈单抗依赖抗体 Fc 段激活小胶质细胞效应功能启动吞噬、溶酶体降解等转录程序实现 β 淀粉样蛋白清除同时鉴定SPP1/骨桥蛋白是介导该过程的关键因子。实验设计1. 构建仑卡奈单抗及 Fc 功能沉默变体 Lecanemab LALA-PG制备小鼠同源抗体 mAb158 及其变体2. 建立人源小胶质细胞异种移植的 AppNL-G-F Csf1rΔFIRE/ΔFIRE 小鼠模型设置免疫健全小鼠、无小胶质细胞小鼠对照3. 对模型小鼠进行 8 周每周 1 次的抗体腹腔注射设置 IgG1/IgG2a 为对照4. 结合免疫荧光、ELISA、流式细胞术、空间转录组、单细胞转录组等技术检测 β 淀粉样蛋白负荷、小胶质细胞功能及转录组变化。研究结果图 1仑卡奈单抗可驱动人源小胶质细胞中与 β 淀粉样蛋白斑块相关的强烈转录改变Fc 段完整的仑卡奈单抗能被小胶质细胞摄取显著富集溶酶体与吞噬体通路基因。图 2仑卡奈单抗通过触发小胶质细胞的效应功能减轻 β 淀粉样蛋白病理该作用依赖完整 Fc 段与小胶质细胞存在对小型斑块的清除效果更显著。图 3仑卡奈单抗经 Fc 段介导小胶质细胞吞噬 β 淀粉样蛋白缓解斑块相关神经突病变且不会引发突触丢失。图 4仑卡奈单抗处理后人源小胶质细胞发生转录组重塑激活吞噬、抗原呈递、代谢等清除相关通路未出现细胞状态比例的显著改变。图 5仑卡奈单抗诱导上调的 SPP1/骨桥蛋白可直接促进人源小胶质细胞对 β 淀粉样蛋白的清除。数据分析生信分析1. 单细胞转录组scRNA-seq• 数据预处理用 Cellranger 比对人/鼠参考基因组质控过滤低质量细胞、双细胞及巨噬细胞• 下游分析Seurat 软件标准化、整合、聚类Wilcoxon 秩和检验做差异基因分析GSEA 做通路富集hdWGCNA 构建共表达模块MASC 分析细胞状态差异丰度。2. 空间转录组Nova-ST• 数据预处理NovaScope Pipeline 完成定位、定量Python 将数据归为 40μm 六边形组织域TD• 下游分析Scanpy 质控edgeR 做基于斑块距离的差异表达分析GSEA 解析通路空间分布特征。3. 多组学联合分析将单细胞转录组鉴定的共表达模块映射至空间转录组数据解析关键基因模块在斑块周边的空间表达特征。统计分析采用双尾非配对 t 检验、单因素方差分析、Kruskal-Wallis 检验、Kolmogorov-Smirnov 检验等用 Benjamini-Hochberg 法、Bonferroni 法校正多重比较通过 G*Power 做预实验功效分析所有分析均设盲法。总结研究意义本研究明确仑卡奈单抗的核心作用机制为Fc 段依赖的小胶质细胞激活打破小胶质细胞仅聚集不清除斑块的局限为优化阿尔茨海默病抗淀粉样免疫治疗提供关键理论依据同时 SPP1 可作为新的治疗靶点。文章复现这篇文章的原始数据和生信分析代码都公开了非常全面。• 原始数据• 空间转录组GEO 数据库登录号GSE297667• 单细胞转录组GEO 数据库登录号GSE297665• 生信分析代码• GitHub 仓库https://github.com/mmzielonka/AlbertiniZielonka_Lecanemab_2025.git• Zenodo 仓库https://doi.org/10.528/zenodo.17098381中国银河生信云平台精品课程中国银河生信云平台UseGalaxy.cn致力于生信平权。海量云端算力、8000生信工具结合AI推动生信进入3.0时代数据分析从本地到云端从手工到 AI。生信3.0时代交流群加入免费领取学习资料。左手写代码右手云平台。特色生信培训助你丝滑发顶刊单细胞数据分析培训班Python/Galaxy可选不怕学不会Galaxy平台操作入门 RNA-seq数据分析实战咨询小助手usegalaxy

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