ISO-SLAM-seq：全长 RNA代谢测序服务

ISO-SLAM-seq 技术是 SLAM-seq 与 ISO-seq 的结合通过研发成熟的核苷类似物 4-硫尿苷 (S4U) 代谢 RNA 标记方法和基于 Oxford Nanopore Technology 纳米孔测序平台或者 PacBio 的三代全长转录组测序方法ISO-SLAM-seq 能检测整合到总 RNA 中的 S4U观察新生 mRNA获得 RNA 半衰期和代谢图谱此外结合 ISO-seq实现同步检测转录组以及长度长的 RNA 异构体研究可变剪切。一次测序即可满足多项转录组研究需求大大提升研究的高度、深度、准确性、效率尤其适用于多组学分子机制及珍贵的临床样本研究。技术原理向合成中的 mRNA 链中掺入 4-thiouridine (S4U)使原本的碱基 T 被 S4U 修饰从而在反转录中被错认为 C导致原本应该为碱基 A 的位置错配成为 G。通过测序分析这些错配的 G就可以对新合成 mRNA 或其他 long RNA 进行直接的定量。最后通过 ONT 平台进行三代全长转录组测序。图1. ISO-SLAM-seq技术流程技术优势同步检测转录本图谱、异构体、可变剪切与 RNA 稳定性节省珍贵的临床样本节省样本准备时间和精力且保持了样本的统一性降低多次测序成本性价比更高技术应用识别更长的转录本研究转录异构体检测 RNA 可变剪切的情况检测新生 RNA 转录水平的变化研究 RNA 半衰期与稳定性变化送样要求样本类型1. 细胞≥2.5×10^5个细胞/样本2. 组织≥ 100 mg/样本样本物种仅限人、大小鼠其他物种需评估分析内容一、isoform 分析1. 可变剪切分析2. 融合基因鉴定3. SSR 分析4. LncRNA 分析5. PolyA 分析二、isoform 联合定量表达分析1. 转录本定量2. 转录本差异分析3. AltTP 分析4. 功能多样性分析 (FDA)5. 差异富集分析三、新生 mRNA 分析1. 识别新生 mRNA2. 新生 mRNA 半衰期分析3. mRNA 稳定相关性分析4. 新生 mRNA 差异分析5. 新生 mRNA 可变剪切分析实测数据图2. 新 isoform 类型饼图图3. 新 isoform 类型分布图4. 可变剪切分析图5. 新 isoform 鉴定图6. 从左至右分别为Gene表达水平、isoforms 表达水平、CDS 表达水平图7. 功能多样性分析图8. tappAS 中差异基因表达和 AltTEM 的组合分析表观生物TEL400-775-0875