一篇顶一万篇，很难找到代码这么全的高分文章，WGS、RNA-seq、scRNA-seq、免疫肽组质谱联合分析

科研不掉发快来这个地表最强的生信神仙网站中国银河生信云平台 立即访问https://usegalaxy.cn结直肠癌免疫治疗中多数新抗原筛选仅聚焦编码区大量潜在靶点被忽略非编码区能否产生有效肿瘤抗原并发挥抑癌作用2026 年 1 月 14 日Cell Genomics期刊发表中国团队研究通过蛋白质基因组学在结直肠癌中鉴定出主导性突变非经典肿瘤特异性抗原证实其免疫原性与抑瘤作用。今天我们就来拆解一下这篇生信文章Predominant mutated non-canonical tumor-specific antigens identified by proteogenomics demonstrate immunogenicity and tumor suppression in CRC研究概述本研究整合全基因组测序、转录组测序与 MHC I 类免疫肽组质谱数据系统解析结直肠癌肿瘤特异性新抗原来源证实非编码区是新抗原主要产生区域且这类非经典新抗原可激活 CD8T 细胞、抑制肿瘤生长为结直肠癌个性化免疫治疗提供新靶点方向。实验设计1. 临床样本纳入 10 对结直肠癌肿瘤及癌旁正常组织按肿瘤突变负荷分为高突变组与非高突变组。2. 细胞与动物模型选用人结直肠癌细胞系 HCT116、小鼠结直肠癌细胞系 MC38 构建异种移植模型。3. 技术策略采用免疫沉淀质谱直接鉴定 MHC I 类呈递肽段结合多数据库搜索与从头测序提升鉴定效率通过 ELISpot、抗体耗竭、单细胞测序等验证新抗原功能。研究结果图 1建立整合蛋白质基因组学流程显著提升结直肠癌新抗原鉴定数量与准确性。图 2证实结直肠癌中 80.21%的 MHC I 类新抗原来源于非编码区以基因间区与内含子区为主。图 3高突变结直肠癌的非经典新抗原多样性显著更高主要由非编码区突变产生。图 4非经典新抗原可有效激活 CD8T 细胞在小鼠模型中显著抑制肿瘤生长并重塑肿瘤免疫微环境。数据分析生信分析1. 全基因组测序WGS原始数据经 fastp 质控BWA 比对至 GRCh38 参考基因组GATK 与 Samtools 完成排序、去重与碱基质量重校正使用 MuSE、Strelka2 等 6 款软件检测体细胞突变保留至少 2 款软件共同鉴定的突变计算全基因组与编码区肿瘤突变负荷构建全基因组水平个性化突变蛋白数据库。2. 转录组测序RNA-seq数据经 fastp 与 Rcorrector 质控校正STAR 比对参考基因组检测 SNV、插入缺失、基因融合与可变剪接事件Trinity 完成转录组组装Orfipy 预测开放阅读框构建转录组水平个性化突变蛋白数据库。3. 免疫肽组质谱IP-MS采用 Comet、MSFragger、MaxQuant 三引擎两步法数据库搜索结合 Casanovo 等 4 款工具从头测序通过保留时间差与光谱相似性过滤结果NetMHCpan 预测 MHC 结合亲和力PRM 验证肽段真实性。4. 单细胞 RNA 测序scRNA-seq使用 Scanpy 与 scvi-tools 完成数据质控、批次校正、降维聚类与差异基因分析Enrichr 进行功能富集分析解析肿瘤微环境免疫细胞亚群变化。5. 多组学联合分析整合 WGS、RNA-seq 与 IP-MS 数据回溯突变位点与新抗原对应关系结合核糖体测序数据库验证非编码区新抗原的翻译活性明确新抗原在高/低突变负荷肿瘤中的分布特征。统计分析采用双侧配对 t 检验比较野生型与突变型肽段结合亲和力差异双侧非配对 t 检验分析 IFN-γ 分泌数据Students t 检验比较基因表达水平设定*p0.05、**p0.01、***p0.001、****p0.0001 为差异显著。总结研究意义本研究突破传统新抗原筛选局限证实结直肠癌中非编码区是 MHC I 类新抗原的主要来源高突变肿瘤中非经典新抗原占比更高这类新抗原可通过激活 CD8T 细胞发挥抑瘤作用拓展了结直肠癌个性化免疫治疗的靶点范围为泛癌种非经典新抗原研究提供方法学参考。文章复现数据资源• 全基因组与转录组测序数据CNSA 编号 CNP0004656GSA-Human 编号 HRA005229• 质谱原始数据CNSA 编号 CNP0005402代码资源一篇顶一万篇很难找到代码这么全的高分文章WGS、RNA-seq、scRNA-seq、免疫肽组质谱联合分析• GitHubhttps://github.com/Leo-Guan-git/Codes-for-scirpts-of-CRC_WGS• Zenodohttps://doi.org/10.5281/zenodo.17527817中国银河生信云平台精品课程中国银河生信云平台UseGalaxy.cn致力于生信平权。海量云端算力、8000生信工具结合AI推动生信进入3.0时代数据分析从本地到云端从手工到 AI。生信3.0时代交流群加入免费领取学习资料。左手代码右手云平台。特色生信培训助你丝滑发顶刊单细胞数据分析培训班Python/Galaxy可选不怕学不会转录组数据分析实战Galaxy| 直播回放咨询小助手usegalaxy