AutoDock分子对接详细流程

一、理解分子对接静态的衡量探究蛋白和配体能否活性结合类似药物与人体疾病靶点能否结合发挥药效局限性静态对接多次对接结果有出入。因为分子、蛋白都是动态的。这为要学习后续MD模拟和进行MD模拟提供理由。二、流程1.受体蛋白、配体小分子预处理2.Auto dock环境配备和设置对接参数条件3.Autodock正式对接4.结果解读分析5.结果可视化三、工具Pymol、Autodock、PLIP、DS、chemdraw、pubchem库四、详细步骤1.确定课题后在PubChem库搜索得到蛋白下载3D文件下载为pdb文件配体可在文献提取或用chemdraw自己画结构或RCSB PDB: Homepage库得到均为pdb3D文件**注意在数据库收索化合物时都要用英文搜索不要翻译2.pymol上导入蛋白pdb文件去除水、共晶配体、杂原子、离子视具体情况而定比如如果要看蛋白中的金属能否与配体发生耦合就不能删除对应的金属离子保存为clean的pdb文件配体一般都是结构简单比较干净不用导入pymol处理3.autodock默认安装好后先环境配置。preferencesSetStartup Directory(aut安装在哪就是哪个盘对应哪个文件夹文件夹里工作文件要有AutoDockTools.exeautogrid4.exeautodock4.exevina.exeAD4_parameters.datAD4_bound.datAD4_unbound.dat4.蛋白、配体加氢配体加电荷分别设置为Grid、Ligand导入处理干净的蛋白pdb文件FileRead Molecule;EditHydrogens-Add(如图出现白色棍则成功)设置Grid保存为pdbqt到同一工作文件在auto工作栏里删除蛋白文件。导入配体文件加氢加电荷选择为配体ligand后测试检查可旋键Detect RootChoose Torsions,导出为pdbqt删除。5.设置对接参数准备对接条件导入蛋白配体pdbqt文件GridMacromolecularOpenGridSet Map TypesOpen ligand,GridGrid box(此时出现盒子如何设置盒子知道位点信息放在对接位处1、原蛋白存在共晶其共晶中小分子的位置就是结合位置 2、文献检索查看是否有前人做过该蛋白的对接查对他文献里的结合位置 3、结构推测无规则loop区、缝隙区域是重点结合位置pymol打开蛋白颜色分区。a螺旋钢性强不宜结合。蛋白和配体为诱导契合需要灵活性相对高点无规则loop区/尾部、凹陷、缝隙/最可能结合**切记最好不要盲目用盒子把所有蛋白全包住增大运算量、耗时、减少精度保存盒子参数文件Fileclose saving current;保存vina config txt文件6.正式对接RunRun autodock vinaLaunch(如果报错无法读取蛋白文件是因为蛋白分子量太大可以重新处理蛋白删除非结合位置的无关蛋白链)对接完成后在命令框能够看到9个对接结果的结合能结合能affinity解读-9.0kcal/mol很强潜在活性分子-9.0~-7.0kcal/mol较强值得进一步研究-7.0~-5.0中等弱活性-5.0kcal/mol结合弱不优先考虑对接结束后auto dock也可以看对接情况导入对接结果如上图可分析结合能、构象与聚类、分子间相互作用、结合与位点分析进而筛选出最优构象。7.pymol做对接结果可视化整体图、局部图、DS 2D图pymol可视化导出对接结果里最好的一个结果pymol导入对接结果配体文件再导入干净的蛋白pdbqt文件导出蛋白配体复合物结构。二级着色蛋白配体不同颜色重新命名配色按自己感觉或者常见论文里的配色背景改为white整体cartoon°调适当使得结构清晰可见。打开蛋白stick结构ligand find hydrogen bonds点击氢键链接的氨基酸残基着色重新命名。隐藏蛋白stick打开氨基酸残基stickradius、label显示氢键、氨基酸名称信息调整size导出300p。word/ppt做组合图放在文献里有时会出现pymol里看不到氢键的情况可以导入蛋白配体复合物文件到PLIP在线网站分析下载得到的文件在pymol里打开就看到了。分析无氢键的情况其实很正常因为刚好这个时刻没有氢键作用所以这也是后续要进一步MD模拟看看具体氢键有多少、稳不稳的原因。