当前位置：首页 > news >正文

生信初学者教程（十一）：数据校正

news 2026/2/10 12:11:41

介绍

在这里插入图片描述

批次效应在生物学数据分析中是一个普遍存在的问题，它指的是由于实验过程中非生物学因素（如样本处理时间、实验条件、测序平台等）的差异，导致实验结果中混入与研究目标不相关的变异。在比较对照组和实验组时，这些非生物学因素可能引入额外的噪声，影响对生物学问题真实效应的判断。

在当前的研究中，面对的数据集来源于两个不同的项目：LIRI-JP和LIHC-US/TCGA-LIHC。由于它们的数据采集、处理和测序流程可能存在差异，这很可能会引入不同的批次效应。因此，在进行下游的生物学分析之前，需要采取一系列策略来降低这些批次效应的影响。

评估批次效应的存在是降低其影响的第一步。可以利用降维可视化技术，如主成分分析（PCA）或主坐标分析（PCoA），来观察样本在数据空间中的分布情况。如果样本根据来源（即数据集）而非生物学分组（如对照组和实验组）聚集，这可能表明批次效应的存在。参考了部分材料如Bioconductor社区的

相关文章：

生信初学者教程（十一）：数据校正

介绍批次效应在生物学数据分析中是一个普遍存在的问题，它指的是由于实验过程中非生物学因素（如样本处理时间、实验条件、测序平台等）的差异，导致实验结果中混入与研究目标不相关的变异。在比较对照组和实验组时，这些非生物学因素可能引入额外的噪声，影响对生物学问题真实…...

编程日记 2024/9/27 9:32:51

JS设计模式之桥接模式：搭建跨越维度的通路

引言在软件开发中，我们经常遇到需要对不同的抽象类进行不同的实现的情况，而传统的对象嵌套并不是一个优雅且可扩展的解决方案，因此这正是桥接模式的用武之地。桥接模式通过将抽象与实现分离，使得它们可以独立变化，从…...

编程日记 2024/9/27 9:31:50

苹果电脑系统重磅更新——macOS Sequoia 15 系统新功能一览

有了 macoS Sequoia，你的工作效率将再次提升：快速调整桌面布局，一目了然地浏览网页重点，还可以通过无线镜像功能操控你的iPhone。下面就来看看几项出色新功能，还有能够全面发挥这些功能的 App 和游戏。 macOS Sequo…...

编程日记 2024/9/27 9:30:49

DoppelGanger++：面向数据库重放的快速依赖关系图生成

doi：DoppelGanger: Towards Fast Dependency Graph Generation for Database Replay，点击前往文章目录 1 简介2 架构概述3 依赖关系图3.1 符号和问题定义3.2 无 IT(k) 图3.3 无 OT 图表3.4 无 OTIT 图表3.5 无 IT[OT] 图表3.6 输出确定性保证 4 重复向后…...

编程日记 2024/9/27 9:29:46

Linux(含麒麟操作系统)如何实现多显示器屏幕采集录制

技术背景在操作系统领域，很多核心技术掌握在国外企业手中。如果过度依赖国外技术，在国际形势变化、贸易摩擦等情况下，可能面临技术封锁和断供风险。开发国产操作系统可以降低这种风险，确保国家关键信息基础设施的稳定运行。在一…...

编程日记 2024/9/27 9:28:45

calibre-web默认左上角字体修改

calibre-web默认左上角字体修改如图： 有些奇异，如果想变成正常的常规字体，需要修改： cps\static\css\style.css 下的代码： 默认是GrandHotel-Regular： 换成其他字体即可。其他字体在 calibre-web\cps\s…...

编程日记 2024/9/27 9:27:44

考研数据结构——C语言实现归并排序

包含头文件：程序首先包含了标准输入输出库stdio.h，以便使用printf等函数进行输入输出操作。定义数组和数组大小：定义了一个宏N，其值为5，表示数组q的长度。数组q被初始化为{5, 3, 8, 4, 2}，这是我们要排序…...

编程日记 2024/9/27 9:26:42

LDO功率管选取NMOS和PMOS区别

一、drop电压 LDO如果两个管子流过相同的电流, 假设将管子饱和并顶到接近线性区 NMOS的效率(VIN-VDSAT-VGS)/VIN PMOS的效率＝（VIN-VDSAT)/VIN 根本原因是 nmos的gate电压比source高vth 如果输出电压(source）较高或者驱动电流要大&#xff0c…...

编程日记 2024/9/27 9:25:41

【Linux】进程的标识符、状态（超详解）

目录进程的概念进程标识符PID 系统调用创建进程-fork初识进程状态 R状态（运行状态） S，D状态（休眠状态） T，t状态 Z状态（僵尸进程） 孤儿进程 X状态（死亡状态&a…...

编程日记 2024/9/27 9:24:40

Elasticsearch 启动后在浏览器输入http://localhost:9200 访问失败

windows Elasticsearch 启动后在浏览器输入http://localhost:9200 访问失败文章目录前言本地下载安装了个elasticsearch，启动成功了，在本地访问http://localhost:9200 无法访问！！！难受了一下。一、windows Elastics…...

编程日记 2024/9/27 9:23:38

javascript中new操作符的工作原理

在 JavaScript 中，new 操作符用于创建对象的实例。它可以让我们通过构造函数创建一个新的对象，并初始化该对象的属性和方法。尽管 new 操作符的使用很常见，但它在背后实际进行了几个步骤。下面详细解释 new 操作符具体做了哪些事情。 new 操…...

编程日记 2024/9/27 9:22:37

基于springboot+vue 旅游网站的设计与实现

基于springbootvue 旅游网站的设计与实现摘要互联网发展至今，无论是其理论还是技术都已经成熟，而且它广泛参与在社会中的方方面面。它让信息都可以通过网络传播，搭配信息管理工具可以很好地为人们提供服务。针对信息管理混乱&#xff0c…...

编程日记 2024/9/27 9:19:32

Ansible集群服务部署案例

案例描述本案例共讲述了多个节点部署Elk集群日志分析系统，分别在三个节点使用ansible部署Kibana、Logstash以及Elasticsearch服务。案例准备 1. 规划节点 IP 主机名节点 192.168.100.25 ansible Ansible节点 192.168.100.35 node1 Elasticsearch/Kiba…...

编程日记 2024/9/27 9:18:30

探索AI编程新境界：aider库揭秘

文章目录 **探索AI编程新境界：aider库揭秘**背景：为何选择aider？简介：aider是什么？安装指南：如何安装aider？功能演示：aider的简单用法实战应用：aider在不同场景下的使用常…...

编程日记 2024/9/27 9:17:26

SQL Server 2012 ldf日志文接太大的截断和收缩日志处理

SQL Server 2012 ldf日志文接太大的截断和收缩日志处理操作 --- SQL Server 2012 ldf日志文接太大的截断和收缩日志处理 ----- 查看所有 database 列表及详情 select * from sys.databases;-- 切换到指定的操作数据库 use testdb;-- 查询当前数据库的日志文件ID和逻辑文件名 S…...

编程日记 2024/9/27 9:13:21

java日志门面之JCL和SLF4J

文章目录前言一、JCL1、JCL简介2、快速入门3、 JCL原理二、SLF4J1、SLF4J简介2、快速入门2.1、输出动态信息2.2、异常信息的处理 3、绑定日志的实现3.1、slf4j实现slf4j-simple和logback3.2、slf4j绑定适配器实现log4j 4、桥接旧的日志框架4.1、log4j日志重构为slf4jlogback的…...

编程日记 2024/9/27 9:11:18

Oracle DB运维常用的视图及数据字典

List item 本文介绍一些Oracle DB日常运维最常用到（使用频率很高）的视图及数据字典用户有关的常用视图： 1、查看当前用户的缺省表空间* SQL>select username,default_tablespace from user_users; 2、查看当前用户的角色 SQL>sele…...

编程日记 2024/9/27 9:10:16

vue.config.js devServer中changeOrigin的作用

问题 vue开发时，为了解决前端跨域问题，通常在vue.config.js配置 devServer proxy devServer: {proxy:{/api: {target: http://b.com,changeOrigin: false},}, }官方文档http-proxy options对changeOrigin的解释 option.changeOrigin: true/false, Defa…...

编程日记 2024/9/27 9:08:13

基于Ubuntu 20.04 LTS上部署MicroK8s(最小生产的 Kubernetes)

目录文章目录目录简介Kubernetes简介MicroK8s简介Ubuntu系统MicroK8s的优势安装环境基本要求执行安装命令加入群组(使用非 root 用户访问)开启 dashboard 仪表盘查看服务名称查看仪表盘开放的端口打开浏览器检查状态打开你想要的服务(使用附加组件)开始使用 microk8s访问 Kub…...

编程日记 2024/9/27 9:05:10

Spring：项目中的统一异常处理和自定义异常

介绍异常的处理方式。在项目中，都会进行自定义异常，并且都是需要配合统一结果返回进行使用。 1.背景引入 （1）背景介绍为什么要处理异常？如果不处理项目中的异常信息，前端访问我们后端就是显示访问失败的…...

编程日记 2024/9/27 9:04:09

深入浅出Asp.Net Core MVC应用开发系列-AspNetCore中的日志记录

ASP.NET Core 是一个跨平台的开源框架，用于在 Windows、macOS 或 Linux 上生成基于云的新式 Web 应用。 ASP.NET Core 中的日志记录 .NET 通过 ILogger API 支持高性能结构化日志记录，以帮助监视应用程序行为和诊断问题。可以通过配置不同的记录提供程…...

编程新知 2026/2/8 4:37:06

Qt/C++开发监控GB28181系统/取流协议/同时支持udp/tcp被动/tcp主动

一、前言说明在2011版本的gb28181协议中，拉取视频流只要求udp方式，从2016开始要求新增支持tcp被动和tcp主动两种方式，udp理论上会丢包的，所以实际使用过程可能会出现画面花屏的情况，而tcp肯定不丢包，起码…...

编程新知 2026/2/5 4:23:49

在HarmonyOS ArkTS ArkUI-X 5.0及以上版本中，手势开发全攻略：

在 HarmonyOS 应用开发中，手势交互是连接用户与设备的核心纽带。ArkTS 框架提供了丰富的手势处理能力，既支持点击、长按、拖拽等基础单一手势的精细控制，也能通过多种绑定策略解决父子组件的手势竞争问题。本文将结合官方开发文档&#xff0c…...

编程新知 2025/9/19 4:31:58

基于uniapp+WebSocket实现聊天对话、消息监听、消息推送、聊天室等功能，多端兼容

基于 UniApp + WebSocket实现多端兼容的实时通讯系统，涵盖WebSocket连接建立、消息收发机制、多端兼容性配置、消息实时监听等功能，适配微信小程序、H5、Android、iOS等终端目录技术选型分析WebSocket协议优势UniApp跨平台特性WebSocket 基础实现连接管理消息收发连接…...

编程新知 2026/1/22 16:15:42

C# 类和继承(抽象类)

抽象类抽象类是指设计为被继承的类。抽象类只能被用作其他类的基类。不能创建抽象类的实例。抽象类使用abstract修饰符声明。抽象类可以包含抽象成员或普通的非抽象成员。抽象类的成员可以是抽象成员和普通带实现的成员的任意组合。抽象类自己可以派生自另一个抽象类。例…...

编程新知 2026/1/29 16:25:24

JVM暂停（Stop-The-World，STW）的原因分类及对应排查方案

JVM暂停（Stop-The-World，STW）的完整原因分类及对应排查方案，结合JVM运行机制和常见故障场景整理而成：一、GC相关暂停 1. 安全点（Safepoint）阻塞现象：JVM暂停但无GC日志，日志显示No GCs detected。原因：JVM等待所有线程进入安全点（如…...

编程新知 2026/2/7 11:25:15

Java求职者面试指南：Spring、Spring Boot、MyBatis框架与计算机基础问题解析

Java求职者面试指南：Spring、Spring Boot、MyBatis框架与计算机基础问题解析一、第一轮提问（基础概念问题） 1. 请解释Spring框架的核心容器是什么？它在Spring中起到什么作用？ Spring框架的核心容器是IoC容器&#…...

编程新知 2025/10/4 21:24:40

Mysql中select查询语句的执行过程

目录 1、介绍 1.1、组件介绍 1.2、Sql执行顺序 2、执行流程 2.1. 连接与认证 2.2. 查询缓存 2.3. 语法解析（Parser） 2.4、执行sql 1. 预处理（Preprocessor） 2. 查询优化器（Optimizer） 3. 执行器…...

编程新知 2026/2/7 5:16:05

C# 表达式和运算符(求值顺序)

求值顺序表达式可以由许多嵌套的子表达式构成。子表达式的求值顺序可以使表达式的最终值发生变化。例如，已知表达式3*52，依照子表达式的求值顺序，有两种可能的结果，如图9-3所示。如果乘法先执行，结果是17。如果5…...

编程新知 2026/1/31 13:13:28

python爬虫——气象数据爬取

一、导入库与全局配置 python 运行 import json import datetime import time import requests from sqlalchemy import create_engine import csv import pandas as pd作用： 引入数据解析、网络请求、时间处理、数据库操作等所需库。requests：发送 …...

编程新知 2025/12/16 7:53:39