当前位置： 首页 > news >正文

生信初学者教程（二十二）：Boruta+RF筛选候选标记物

news 2025/9/14 21:42:58

文章目录

    • 介绍
    • 加载R包
    • 导入数据
    • 准备数据
    • 机器学习特征筛选
      • 数据分割
      • 基础模型
      • Boruta特征筛选
      • 调参
      • 最终分类模型
      • 测试集验证
    • 标记基因
    • 输出结果
    • 总结

介绍

在这里插入图片描述

采用了Boruta结合 RF（Random Forest） 的方法，对差异基因（参考 @sec-different-limma） 进行了特征筛选。通过这种方法，能够从大量的候选基因中识别出与特定生物过程或疾病状态最为相关的关键基因。筛选出的这些重要基因不仅具有统计学上的显著性，而且在实际应用中具有较高的预测能力。这些经过Boruta+RF筛选的重要基因将被用于后续的生物信息学分析、疾病机制探究以及潜在治疗靶点的识别等研究中，以期进一步推动相关领域的科学进展。

版权归生信学习者所有，禁止商业和盗版使用，侵权必究

加载R包

使用rm(list = ls())来清空环境中的所有变量。


library(tidyverse)
lib

相关文章：

生信初学者教程（二十二）：Boruta+RF筛选候选标记物

文章目录 介绍加载R包导入数据准备数据机器学习特征筛选数据分割基础模型Boruta特征筛选调参最终分类模型测试集验证标记基因输出结果总结介绍 采用了Boruta结合 RF（Random Forest） 的方法，对差异基因（参考 @sec-different-limma） 进行了特征筛选。通过这种方法，能够从大…...

编程日记 2024/10/2 20:38:56

JVM Class类文件结构

国庆节快乐 2024年10月2日17:49:22 目录 前言 magic 数 文件版本 使用JClassLib观察class文件 一般信息 接口 常量池 字段 方法 常量池计数器 常量池 类型 CONSTANT_Methodref_info CONSTANT_Class_info 类型结构总表 访问标志 类索引, …...

编程日记 2024/10/2 20:37:55

解决 GitHub 文件大小限制的问题

要解决 GitHub 文件大小限制的问题，可以使用 Git Large File Storage (Git LFS)。以下是设置步骤： 安装 Git LFS： 对于 macOS：brew install git-lfs对于 Windows：从 Git LFS官网 下载并安装。 初始化 Git LFS&#xff…...

编程日记 2024/10/2 20:36:54

wordpress源码资源站整站打包32GB数据，含6.7W条资源数据

源码太大了，足足32gb，先分享给大家。新手建立资源站，直接用这个代码部署一下，数据就够用了。辅助简单做下seo，一个新站就OK了。 温馨提示：必须按照顺序安装 代码下载...

编程日记 2024/10/2 20:35:52

金融领域的人工智能——Palmyra-Fin 如何重新定义市场分析

引言 DigiOps与人工智能 正在改变全球各行各业，并带来新的创新和效率水平。人工智能已成为金融领域的强大工具，为市场分析、风险管理和决策带来了新方法。金融市场以复杂性和快速变化而闻名，人工智能处理大量数据并提供清晰、可操作的见解的…...

编程日记 2024/10/2 20:34:51

STL--string类

我们从这篇文章之后就正式开始学习STL的string，字面看起来是不是像C语言里面的字符串之类的处理方法，是的，C里面也是对字符串的一些处理函数，但是C有很多这样的函数，给大家推荐一个网站 ，这个网站是C的官网…...

编程日记 2024/10/2 20:33:50

iptables 的NDAT报错bash: 9000: command not forward

外网主机设置： iptables -t nat -A PREROUTING -d 192.168.3.51 -p tcp --dport 9000 -j DNAT --to-destination 192.168.3.61:22 本地shell连接： PS C:> ssh root192.168.3.51 9000 显示如下操作： PS C:> ssh root192.168.3.51 9000…...

编程日记 2024/10/2 20:29:46

快速了解：MySQL InnoDB和MyISAM的区别

目录 一、序言二、InnoDB和MyISAM对比1、InnoDB特性支持如下2、MyISAM特性支持如下 三、两者核心区别1、事务支持2、锁机制3、索引结构4、缓存机制5、故障恢复6、使用场景 一、序言 在MySQL 8.0中，InnoDB是默认的存储引擎。除了InnoDB，MySQL还支持其它的…...

编程日记 2024/10/2 20:28:44

TI DSP TMS320F280025 Note14：模数转换器ADC原理分析与应用

TMS320F280025 模数转换器ADC原理分析与应用 ` 文章目录 TMS320F280025 模数转换器ADC原理分析与应用逐次比较型ADC和双积分型ADC工作原理逐次比较型 ADC双积分型 ADC280025ADCADC原理分析ADC时钟SOCSOC内部原理ADC触发方式ADC采集(采样和保持)窗口通道寄生电容基准电压发生器模…...

编程日记 2024/10/2 20:27:44

【C++前缀和】2845. 统计趣味子数组的数目|2073

本文涉及的基础知识点 C算法：前缀和、前缀乘积、前缀异或的原理、源码及测试用例 包括课程视频 LeetCode 2845. 统计趣味子数组的数目 难度分：2073 给你一个下标从 0 开始的整数数组 nums ，以及整数 modulo 和整数 k 。 请你找出并统计数组…...

编程日记 2024/10/2 20:26:43

C++入门基础 (超详解)

文章目录 前言1. C关键字2. C的第一个程序3. 命名空间3.1 namespace的定义3.2 命名空间的嵌套3.3 命名空间使用3.4 查找优先级总结 4. C输入和输出4.1 标准输入输出 (iostream库)4.2 文件输入输出 (fstream库)4.3 字符串流 (sstream库)4.4 C格式化输出4.5 std::endl和\n的区别 …...

编程日记 2024/10/2 20:24:41

docker零基础入门教程

注意 本系列文章已升级、转移至我的自建站点中，本章原文为：Docker入门 目录 注意1.前言2.docker安装3.docker基本使用4.打包docker镜像5.docker进阶 1.前言 如果你长期写C/C代码，那你应该很容易发现C/C开源项目存在的一个严重问题&#xff…...

编程日记 2024/10/2 20:23:39

【Java SE 题库】移除元素(暴力解法)--力扣

🔥博客主页🔥：【 坊钰_CSDN博客 】 欢迎各位点赞👍评论✍收藏⭐ 目录 1. 题目 2. 解法(快慢“指针”) 3. 源码 4. 小结 1. 题目 给你一个数组 nums 和一个值 val，你需要原地移除所有数值等于 val 的元素。元素的顺…...

编程日记 2024/10/2 20:19:35

linux文件编程_进程

1. 进程相关概念 面试中关于进程，应该会问的的几个问题： 1.1. 什么是程序，什么是进程，有什么区别？ 程序是静态的概念，比如： 磁盘中生成的a.out文件，就叫做：程序进程是…...

编程日记 2024/10/2 20:18:34

java NIO实现UDP通讯

NIO Udp通讯工具类 import java.io.IOException; import java.net.InetSocketAddress; import java.nio.ByteBuffer; import java.nio.channels.DatagramChannel; import java.nio.channels.SelectionKey; import java.nio.channels.Selector; import java.util.Iterator;impo…...

编程日记 2024/10/2 20:17:33

ffmpeg如何实现视频推流？

FFmpeg是一个强大的多媒体框架，用于处理视频和音频数据。它包括了libavcodec(用于解码和编码)、libavformat(用于格式转换)、libavutil(提供一些辅助工具和函数)、libavfilter(用于音视频过滤)等多个库。 以下这些都是FFmpeg的特性 FFmpeg支持大量的音视频编解码器&…...

编程日记 2024/10/2 20:14:30

【HTML5】html5开篇基础（3）

1.❤️❤️前言~🥳🎉🎉🎉 Hello, Hello~ 亲爱的朋友们👋👋，这里是E绵绵呀✍️✍️。 如果你喜欢这篇文章，请别吝啬你的点赞❤️❤️和收藏📖📖。如果你对我的…...

编程日记 2024/10/2 20:12:28

echarts实现3D柱状图（视觉层面）根据博主改编

https://blog.csdn.net/weixin_57798646/article/details/131067725 这是原贴 在这个基础上我需要实现 一根柱子 代码如下 <!DOCTYPE html> <html lang"en" style"height: 100%"><head><meta charset"utf8"> </hea…...

编程日记 2024/10/2 20:10:26

【一篇文章理解Java中多级缓存的设计与实现】

文章目录 一.什么是多级缓存&#xff1f;1.本地缓存2.远程缓存3.缓存层级4.加载策略 二.适合/不适合的业务场景1.适合的业务场景2.不适合的业务场景 三.Redis与Caffine的对比1. 序列化2. 进程关系 四.各本地缓存性能测试对比报告(官方)五.本地缓存Caffine如何使用1. 引入maven依…...

编程日记 2024/10/2 20:09:25

OpenSource - 开源WAF_SamWaf

文章目录 PreSafeLine VS SamWaf开发初衷软件介绍架构界面主要功能 使用说明下载最新版本快速启动WindowsLinuxDocker 启动访问升级指南自动升级手动升级 在线文档 代码相关代码托管介绍和编译已测试支持的平台测试效果 安全策略问题反馈许可证书贡献代码 Pre Nginx - 集成Mod…...

编程日记 2024/10/2 20:06:22

SkyWalking 10.2.0 SWCK 配置过程

SkyWalking 10.2.0 & SWCK 配置过程 skywalking oap-server & ui 使用Docker安装在K8S集群以外&#xff0c;K8S集群中的微服务使用initContainer按命名空间将skywalking-java-agent注入到业务容器中。 SWCK有整套的解决方案&#xff0c;全安装在K8S群集中。 具体可参…...

编程新知 2025/8/23 5:51:08

CVPR 2025 MIMO: 支持视觉指代和像素grounding 的医学视觉语言模型

CVPR 2025 | MIMO&#xff1a;支持视觉指代和像素对齐的医学视觉语言模型 论文信息 标题&#xff1a;MIMO: A medical vision language model with visual referring multimodal input and pixel grounding multimodal output作者&#xff1a;Yanyuan Chen, Dexuan Xu, Yu Hu…...

编程新知 2025/9/6 20:28:13

SCAU期末笔记 - 数据分析与数据挖掘题库解析

这门怎么题库答案不全啊日 来简单学一下子来 一、选择题&#xff08;可多选&#xff09; 将原始数据进行集成、变换、维度规约、数值规约是在以下哪个步骤的任务?(C) A. 频繁模式挖掘 B.分类和预测 C.数据预处理 D.数据流挖掘 A. 频繁模式挖掘&#xff1a;专注于发现数据中…...

编程新知 2025/9/9 10:18:26

最新SpringBoot+SpringCloud+Nacos微服务框架分享

文章目录 前言一、服务规划二、架构核心1.cloud的pom2.gateway的异常handler3.gateway的filter4、admin的pom5、admin的登录核心 三、code-helper分享总结 前言 最近有个活蛮赶的&#xff0c;根据Excel列的需求预估的工时直接打骨折&#xff0c;不要问我为什么&#xff0c;主要…...

编程新知 2025/9/14 12:35:04

linux arm系统烧录

1、打开瑞芯微程序 2、按住linux arm 的 recover按键 插入电源 3、当瑞芯微检测到有设备 4、松开recover按键 5、选择升级固件 6、点击固件选择本地刷机的linux arm 镜像 7、点击升级 &#xff08;忘了有没有这步了 估计有&#xff09; 刷机程序 和 镜像 就不提供了。要刷的时…...

编程新知 2025/9/12 23:27:32

LLM基础1_语言模型如何处理文本

基于GitHub项目&#xff1a;https://github.com/datawhalechina/llms-from-scratch-cn 工具介绍 tiktoken&#xff1a;OpenAI开发的专业"分词器" torch&#xff1a;Facebook开发的强力计算引擎&#xff0c;相当于超级计算器 理解词嵌入&#xff1a;给词语画"…...

编程新知 2025/9/1 17:51:59

QT： `long long` 类型转换为 `QString` 2025.6.5

在 Qt 中&#xff0c;将 long long 类型转换为 QString 可以通过以下两种常用方法实现&#xff1a; 方法 1&#xff1a;使用 QString::number() 直接调用 QString 的静态方法 number()&#xff0c;将数值转换为字符串&#xff1a; long long value 1234567890123456789LL; …...

编程新知 2025/9/2 5:40:06

AI病理诊断七剑下天山，医疗未来触手可及

一、病理诊断困局&#xff1a;刀尖上的医学艺术 1.1 金标准背后的隐痛 病理诊断被誉为"诊断的诊断"&#xff0c;医生需通过显微镜观察组织切片&#xff0c;在细胞迷宫中捕捉癌变信号。某省病理质控报告显示&#xff0c;基层医院误诊率达12%-15%&#xff0c;专家会诊…...

编程新知 2025/9/7 2:22:03

GruntJS-前端自动化任务运行器从入门到实战

Grunt 完全指南&#xff1a;从入门到实战 一、Grunt 是什么&#xff1f; Grunt是一个基于 Node.js 的前端自动化任务运行器&#xff0c;主要用于自动化执行项目开发中重复性高的任务&#xff0c;例如文件压缩、代码编译、语法检查、单元测试、文件合并等。通过配置简洁的任务…...

编程新知 2025/9/6 5:46:56

uniapp 开发ios， xcode 提交app store connect 和 testflight内测

uniapp 中配置 配置manifest 文档&#xff1a;manifest.json 应用配置 | uni-app官网 hbuilderx中本地打包 下载IOS最新SDK 开发环境 | uni小程序SDK hbulderx 版本号&#xff1a;4.66 对应的sdk版本 4.66 两者必须一致 本地打包的资源导入到SDK 导入资源 | uni小程序SDK …...

编程新知 2025/9/2 18:24:29