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2024 - 10 :生物药学: 如何获取对应核心靶点基因的激酶

如何获取对应核心靶点基因的激酶

步骤 1:收集蛋白质信息

获取 UniProt ID:

  • 对于每个基因,使用 UniProt 数据库获取其对应的蛋白质信息,包括 UniProt ID、序列和功能注释。
  • UniProt 网站:https://www.uniprot.org/

示例:

  • CDC45:UniProt ID 为 O75419
  • CDC20:UniProt ID 为 Q12834
  • TPX2:UniProt ID 为 Q9ULW0
  • DLGAP5:UniProt ID 为 Q15398
  • CDKN3:UniProt ID 为 Q16667

步骤 2:查找已知的磷酸化位点和激酶

使用磷酸化数据库:

  • PhosphoSitePlus

    :这是一个全面的资源,提供蛋白质的磷酸化位点和已知的激酶信息。

    • 网站:https://www.phosphosite.org/
  • 操作方法:

    • 在 PhosphoSitePlus 首页的搜索框中输入蛋白质的 UniProt ID 或名称。
    • 查看蛋白质的磷酸化位点,尤其关注已知的上游激酶。

示例:

  • 搜索 CDC45,查看其已知的磷酸化位点和对应的激酶。

步骤 3:进行文献检索

使用 PubMed 等文献数据库:

  • PubMed:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
  • 操作方法:
    • 使用关键词组合进行搜索,例如:“CDC45 phosphorylation kinase”、“CDC20 kinase regulation”等。
    • 阅读相关文献,寻找实验验证的激酶-底物关系。

示例:

  • 搜索“CDC45 AND phosphorylation AND CDK2”,查看是否有研究表明 CDC45 被 CDK2 磷酸化。

步骤 4:使用生物信息学工具进行预测

预测潜在的磷酸化位点和对应的激酶:

  • NetPhos

    :预测蛋白质序列中的磷酸化位点。

    • 网站:http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/
  • KinasePhos

    :预测潜在的激酶识别位点。

    • 网站:http://kinasephos.mbc.nctu.edu.tw/
  • 操作方法:

    • 输入蛋白质序列或 UniProt ID。
    • 选择预测磷酸化位点和可能的激酶。

注意:

  • 生物信息学预测需要实验验证,结果仅供参考。

步骤 5:分析蛋白质相互作用网络

使用蛋白质-蛋白质相互作用数据库:

  • STRING 数据库:https://string-db.org/
  • 操作方法:
    • 输入蛋白质名称或 UniProt ID,生成相互作用网络。
    • 查看与蛋白质相互作用的激酶,可能提示潜在的调控关系。

步骤 6:整合信息并确认激酶

综合上述步骤获取的信息:

  • 确认已知的激酶:优先考虑有实验验证的激酶-底物关系。
  • 记录预测的激酶:对于尚未实验验证的预测结果,标注为候选激酶。

示例:

  • CDC45:
    • 已知激酶:CDK2(根据文献和数据库)。
  • CDC20:
    • 已知激酶:CDK1、PLK1(根据文献和数据库)。
  • TPX2:
    • 已知激酶:Aurora A 激酶(广泛报道)。
  • DLGAP5:
    • 已知激酶:CDK1、Aurora A 激酶。
  • CDKN3:
    • 功能角色:作为 CDK2 的抑制剂,与 CDK2 直接相互作用。

额外提示

  • 关注乳腺癌相关研究:
    • 特别检索与乳腺癌相关的文献,查看这些基因和激酶在乳腺癌中的作用。
  • 考虑激酶的药物可成药性:
    • 在选择药物设计靶点时,评估激酶是否适合开发为药物靶点。
  • 寻求专业数据库支持:
    • KEGG(https://www.kegg.jp/)和 Reactome(https://reactome.org/)提供信号通路信息,可帮助理解基因与激酶在通路中的位置。

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