当前位置: 首页 > news >正文

2024 - 10 :生物药学: 如何获取对应核心靶点基因的激酶

如何获取对应核心靶点基因的激酶

步骤 1:收集蛋白质信息

获取 UniProt ID:

  • 对于每个基因,使用 UniProt 数据库获取其对应的蛋白质信息,包括 UniProt ID、序列和功能注释。
  • UniProt 网站:https://www.uniprot.org/

示例:

  • CDC45:UniProt ID 为 O75419
  • CDC20:UniProt ID 为 Q12834
  • TPX2:UniProt ID 为 Q9ULW0
  • DLGAP5:UniProt ID 为 Q15398
  • CDKN3:UniProt ID 为 Q16667

步骤 2:查找已知的磷酸化位点和激酶

使用磷酸化数据库:

  • PhosphoSitePlus

    :这是一个全面的资源,提供蛋白质的磷酸化位点和已知的激酶信息。

    • 网站:https://www.phosphosite.org/
  • 操作方法:

    • 在 PhosphoSitePlus 首页的搜索框中输入蛋白质的 UniProt ID 或名称。
    • 查看蛋白质的磷酸化位点,尤其关注已知的上游激酶。

示例:

  • 搜索 CDC45,查看其已知的磷酸化位点和对应的激酶。

步骤 3:进行文献检索

使用 PubMed 等文献数据库:

  • PubMed:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
  • 操作方法:
    • 使用关键词组合进行搜索,例如:“CDC45 phosphorylation kinase”、“CDC20 kinase regulation”等。
    • 阅读相关文献,寻找实验验证的激酶-底物关系。

示例:

  • 搜索“CDC45 AND phosphorylation AND CDK2”,查看是否有研究表明 CDC45 被 CDK2 磷酸化。

步骤 4:使用生物信息学工具进行预测

预测潜在的磷酸化位点和对应的激酶:

  • NetPhos

    :预测蛋白质序列中的磷酸化位点。

    • 网站:http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/
  • KinasePhos

    :预测潜在的激酶识别位点。

    • 网站:http://kinasephos.mbc.nctu.edu.tw/
  • 操作方法:

    • 输入蛋白质序列或 UniProt ID。
    • 选择预测磷酸化位点和可能的激酶。

注意:

  • 生物信息学预测需要实验验证,结果仅供参考。

步骤 5:分析蛋白质相互作用网络

使用蛋白质-蛋白质相互作用数据库:

  • STRING 数据库:https://string-db.org/
  • 操作方法:
    • 输入蛋白质名称或 UniProt ID,生成相互作用网络。
    • 查看与蛋白质相互作用的激酶,可能提示潜在的调控关系。

步骤 6:整合信息并确认激酶

综合上述步骤获取的信息:

  • 确认已知的激酶:优先考虑有实验验证的激酶-底物关系。
  • 记录预测的激酶:对于尚未实验验证的预测结果,标注为候选激酶。

示例:

  • CDC45:
    • 已知激酶:CDK2(根据文献和数据库)。
  • CDC20:
    • 已知激酶:CDK1、PLK1(根据文献和数据库)。
  • TPX2:
    • 已知激酶:Aurora A 激酶(广泛报道)。
  • DLGAP5:
    • 已知激酶:CDK1、Aurora A 激酶。
  • CDKN3:
    • 功能角色:作为 CDK2 的抑制剂,与 CDK2 直接相互作用。

额外提示

  • 关注乳腺癌相关研究:
    • 特别检索与乳腺癌相关的文献,查看这些基因和激酶在乳腺癌中的作用。
  • 考虑激酶的药物可成药性:
    • 在选择药物设计靶点时,评估激酶是否适合开发为药物靶点。
  • 寻求专业数据库支持:
    • KEGG(https://www.kegg.jp/)和 Reactome(https://reactome.org/)提供信号通路信息,可帮助理解基因与激酶在通路中的位置。

相关文章:

2024 - 10 :生物药学: 如何获取对应核心靶点基因的激酶

如何获取对应核心靶点基因的激酶 步骤 1:收集蛋白质信息 获取 UniProt ID: 对于每个基因,使用 UniProt 数据库获取其对应的蛋白质信息,包括 UniProt ID、序列和功能注释。UniProt 网站:https://www.uniprot.org/ 示…...

STM32 HAL库UART查询方式实例

本文中介绍USART编程涵盖了三种主要方法,详细介绍STM32F407微控制器结合HAL库,通过UART的查询方式来实现一个实用的密码验证程序。提示用户键入一个字符作为密码。只有当用户精准地输入字符6时,系统才会反馈“密码正确”的确认信息。反之&…...

数据结构--线性表双向链表的实现

目录 思路设计 总体思维导图 插入部分 头插法尾插法 任意位置插入 删除部分 头结点 尾节点 中间节点 只有头结点且删除的就是头结点 ​编辑 清空链表部分 遍历清空链表的所有节点 不遍历清空 各部分代码 Main部分 MyListedList部分 IndexOutOfException部分 …...

第一个Flutter应用(一)

1、创建项目 1.1 新建 1.2 选择Flutter SDK的位置 1.3 项目名称 英文单词加下划线起名规范,其他默认即可。 1.4 点击运行 发生报错显示我们的JAVA版本不符合 1.5 更改版本设置 1.6 再次启动项目 2、分析页面代码 以下是lib/main.dart的源代码(为了阅…...

批量查询快递单号物流信息:高效掌握最后更新动态

在电商和物流行业蓬勃发展的今天,快递单号的物流信息追踪显得尤为重要。对于商家和客户来说,了解包裹的最后更新物流状态是确保货物安全、及时送达的关键。本文将介绍如何批量查询快递单号的物流信息,帮助您高效掌握每个包裹的最新动态。 1运…...

随着硬件水平的提升,LabVIEW有哪些过去的编程方法被淘汰掉了

随着硬件水平的不断提升,尤其是处理器性能、存储能力、通信速度等方面的飞跃,LabVIEW的一些早期编程方法逐渐被更高效、现代的编程技术所取代。以下是一些随着硬件升级而逐步淘汰的LabVIEW编程方法和技术: 1. 低效的数据流传输方式 过去由于…...

Leetcode 206.反转链表

题目链接:206. 反转链表 - 力扣(LeetCode) 题目描述: 给你单链表的头节点 head ,请你反转链表,并返回反转后的链表。 示例 1: 输入:head [1,2,3,4,5] 输出:[5,4,3,2,1] 解题思路…...

基于springboot和vue.js 养老院管理系统设计与实现

博主介绍:专注于Java(springboot ssm springcloud等开发框架) vue .net php phython node.js uniapp小程序 等诸多技术领域和毕业项目实战、企业信息化系统建设,从业十五余年开发设计教学工作 ☆☆☆ 精彩专栏推荐订阅☆☆☆…...

高效数据处理:MapReduce与Hive的实战应用

文章目录 hive分析汇总互联网日志分析1.项目需求2.数据说明3.算法思路 用户电影推荐1.项目需求2.数据说明3.算法思路4.解题步骤 简单数据统计WordCount数据说明 疫情数据分析1.项目需求2.数据说明step1:创建ods层数据表step2:创建dwd层数据表step3:创建d…...

【含开题报告+文档+PPT+源码】基于springboot的迎新系统

开题报告 大学迎新系统是为了满足大学在新生入学时的信息化处理需求而开发的系统。在传统方式下,我们新生接待工作是需要新生报名表,就使得我们需要耗费大量的纸张,这将造成资源浪费。在接待新生的时候需要让新生勾选、填写大量的表格&#…...

C#-委托delegate

C#-委托delegate 通常情况下,函数内部需要调用其他函数来实现代码的重用,但这样有一个问题: 如果需要更换所调用的函数则需要对该函数的定义再次修改, 事实上,在程序运行过程中,函数也是作为一个存储在堆中…...

编译Thingsboard3.7.0的过程记录

1、首先去掉test测试&#xff0c;否则会有一堆问题&#xff0c;pom.xml修改如下&#xff1a; <plugin><groupId>org.apache.maven.plugins</groupId><artifactId>maven-surefire-plugin</artifactId><version>${surefire.version}</ve…...

vulnhub-THE PLANETS-EARTH靶机

下载并导入靶机至VMWare&#xff0c;设置网络模式为NAT&#xff0c;开机 开启攻击机&#xff08;kali&#xff09;&#xff0c;也设置为Nat模式&#xff0c;与靶机处于同一网段 扫描靶机ip Nmap 192.168.114.0/24 扫描网段内活跃的主机 可以推断靶机ip为192.168.114.129 扫描…...

【C语言】分支和循环(2)

&#x1f914;个人主页: 起名字真南 &#x1f619;个人专栏:【数据结构初阶】 【C语言】 【C】 目录 1 关系操作符2 条件操作符3 逻辑操作符 &#xff1a;|| &#xff0c;&& &#xff0c;&#xff01;3.1 逻辑取反运算符3.2 与运算符3.3 或运算符3.4 练习闰年判断3.5 短…...

Python数据分析-远程办公与心理健康分析

一、研究背景 随着信息技术的飞速发展和全球化的推进&#xff0c;远程工作&#xff08;Remote Work&#xff09;成为越来越多企业和员工的选择。尤其是在2020年新冠疫情&#xff08;COVID-19&#xff09;爆发后&#xff0c;全球范围内的封锁措施使得远程工作模式迅速普及。根据…...

LabVIEW提高开发效率技巧----使用动态事件

在LabVIEW开发过程中&#xff0c;用户交互行为可能是多样且不可预知的。为应对这些变化&#xff0c;使用动态事件是一种有效的策略。本文将从多个角度详细介绍动态事件的概念及其在LabVIEW开发中的应用技巧&#xff0c;并结合实际案例&#xff0c;说明如何通过动态事件提高程序…...

【STM32开发之寄存器版】(五)-窗口看门狗WWDG

一、前言 窗口看门狗简介&#xff1a; 窗口看门狗通常被用来监测&#xff0c;由外部干扰或不可预见的逻辑条件造成的应用程序背离正常的运行序列而产生的软件故障。除非递减计数器的值在T6位变成0前被刷新&#xff0c;看门狗电路在达到预置的时间周期时&#xff0c;会产生一个M…...

Leetcode203.移除链表元素-Python

题目链接&#xff1a;203. 移除链表元素 - 力扣&#xff08;LeetCode&#xff09; 题目描述&#xff1a; 给你一个链表的头节点 head 和一个整数 val &#xff0c;请你删除链表中所有满足 Node.val val 的节点&#xff0c;并返回 新的头节点 。 示例 1&#xff1a; 输入&a…...

属性拷贝MapStruct

端请求通过VO对象接收&#xff0c;并通过DTO对象进行流转&#xff0c;最后转换成DO对象与数据库DAO层进行交互&#xff0c;反之亦然。 当业务简单的时候&#xff0c;可以通过手动编码getter/setter函数来复制对象属性。但是当业务变的复杂&#xff0c;对象属性变得很多&#x…...

Chromium 添加书签功能浅析c++

1、在点击添加书签时候此UI控制逻辑代码在 chrome\browser\ui\views\bookmarks\bookmark_bar_view.cc chrome\browser\ui\views\bookmarks\bookmark_bar_view.h 可以在此看到完成 移除 按钮逻辑&#xff0c;以及书签监听事件等。。。 // Implementation for BookmarkNodeAdd…...

MPNet:旋转机械轻量化故障诊断模型详解python代码复现

目录 一、问题背景与挑战 二、MPNet核心架构 2.1 多分支特征融合模块(MBFM) 2.2 残差注意力金字塔模块(RAPM) 2.2.1 空间金字塔注意力(SPA) 2.2.2 金字塔残差块(PRBlock) 2.3 分类器设计 三、关键技术突破 3.1 多尺度特征融合 3.2 轻量化设计策略 3.3 抗噪声…...

XCTF-web-easyupload

试了试php&#xff0c;php7&#xff0c;pht&#xff0c;phtml等&#xff0c;都没有用 尝试.user.ini 抓包修改将.user.ini修改为jpg图片 在上传一个123.jpg 用蚁剑连接&#xff0c;得到flag...

stm32G473的flash模式是单bank还是双bank?

今天突然有人stm32G473的flash模式是单bank还是双bank&#xff1f;由于时间太久&#xff0c;我真忘记了。搜搜发现&#xff0c;还真有人和我一样。见下面的链接&#xff1a;https://shequ.stmicroelectronics.cn/forum.php?modviewthread&tid644563 根据STM32G4系列参考手…...

java_网络服务相关_gateway_nacos_feign区别联系

1. spring-cloud-starter-gateway 作用&#xff1a;作为微服务架构的网关&#xff0c;统一入口&#xff0c;处理所有外部请求。 核心能力&#xff1a; 路由转发&#xff08;基于路径、服务名等&#xff09;过滤器&#xff08;鉴权、限流、日志、Header 处理&#xff09;支持负…...

线程与协程

1. 线程与协程 1.1. “函数调用级别”的切换、上下文切换 1. 函数调用级别的切换 “函数调用级别的切换”是指&#xff1a;像函数调用/返回一样轻量地完成任务切换。 举例说明&#xff1a; 当你在程序中写一个函数调用&#xff1a; funcA() 然后 funcA 执行完后返回&…...

定时器任务——若依源码分析

分析util包下面的工具类schedule utils&#xff1a; ScheduleUtils 是若依中用于与 Quartz 框架交互的工具类&#xff0c;封装了定时任务的 创建、更新、暂停、删除等核心逻辑。 createScheduleJob createScheduleJob 用于将任务注册到 Quartz&#xff0c;先构建任务的 JobD…...

Psychopy音频的使用

Psychopy音频的使用 本文主要解决以下问题&#xff1a; 指定音频引擎与设备&#xff1b;播放音频文件 本文所使用的环境&#xff1a; Python3.10 numpy2.2.6 psychopy2025.1.1 psychtoolbox3.0.19.14 一、音频配置 Psychopy文档链接为Sound - for audio playback — Psy…...

高效线程安全的单例模式:Python 中的懒加载与自定义初始化参数

高效线程安全的单例模式:Python 中的懒加载与自定义初始化参数 在软件开发中,单例模式(Singleton Pattern)是一种常见的设计模式,确保一个类仅有一个实例,并提供一个全局访问点。在多线程环境下,实现单例模式时需要注意线程安全问题,以防止多个线程同时创建实例,导致…...

动态 Web 开发技术入门篇

一、HTTP 协议核心 1.1 HTTP 基础 协议全称 &#xff1a;HyperText Transfer Protocol&#xff08;超文本传输协议&#xff09; 默认端口 &#xff1a;HTTP 使用 80 端口&#xff0c;HTTPS 使用 443 端口。 请求方法 &#xff1a; GET &#xff1a;用于获取资源&#xff0c;…...

Python+ZeroMQ实战:智能车辆状态监控与模拟模式自动切换

目录 关键点 技术实现1 技术实现2 摘要&#xff1a; 本文将介绍如何利用Python和ZeroMQ消息队列构建一个智能车辆状态监控系统。系统能够根据时间策略自动切换驾驶模式&#xff08;自动驾驶、人工驾驶、远程驾驶、主动安全&#xff09;&#xff0c;并通过实时消息推送更新车…...