3D Slicer 教程二 ---- 数据集

上一章下载3d slicer的软件,这章从加载数据集来弄清楚3dslicer怎么使用.

一. 加载数据集

如果没有数据集,也可用用样本数据.

(1) "File" --> "add Data" 

可以添加图片文件夹,(试了MP4不行,内镜的视频估计不支持),添加单个图片的话,会出现一些选项,

labelMap 标签图 

标签图是一种用于表示图像中特定区域的二进制标签图。‌ 这种图通常用于医学图像处理中，表示解剖结构、病变和其他对象的空间位置。图像分割是制作标签图的过程，可以通过手动、半自动或全自动的方法进行‌1。

在3D Slicer中，标签图可以用于多种用途，包括可视化某些结构、进行定量分析（如测量体积、表面、形状属性）、3D打印和遮罩处理等。通过标签图，可以将处理或分析限制在特定的区域，从而更精确地分析和处理医学图像数据‌。

制作标签图的过程包括使用3D Slicer提供的多种工具和功能。例如，可以使用阈值、喷笔、画笔、橡皮擦等功能来绘制和修改标签。阈值工具可以根据像素强度范围选择区域，喷笔和画笔工具则可以用于绘制和修改标签图。此外，区域生长、裁剪等功能也可以用于标签图的制作和修改.

centered 居中

 原始的dicom信息头里会带着dicom信息,比如病人的位置,方向,间隔等.这个时候有可能展示的图像不一定居中. 选中就是忽视掉原始的信息,重置相机位置、调整视场或将对象移动到场景的中心等.

包括在视图中居中,在3D视图中居中,在切片中居中,在模块面板中居中.

Ignore oriention 忽视朝向 跟上面那个选项差不多

颜色模式 

(2) "File" --> ""add  Dicom Data"  添加dicom数据集

添加进去

然后加载.这个里面可以自己在slicer里面添加数据库配置

把dicom文件直接放到这个路径下就可以直接使用了

注意:

在医学影像和应用中，坐标系统的差异是一个常见问题。DICOM和大多数医学影像软件使用LPS（左、后、上）坐标系统来存储所有数据，而3D Slicer的内部表示则采用RAS（右、前、上）坐标系统。为了文件兼容性，Slicer假设文件中的数据是以LPS坐标系统存储的，在读写操作期间，可能需要翻转前两个坐标轴的符号以将数据转换为RAS坐标系统.

当从DICOM格式导入数据到Slicer时，Slicer会将LPS坐标转换为内部使用的RAS坐标。反之，当将数据从Slicer导出到DICOM格式时，也需要进行相应的坐标转换。

二.数据预览.

数据加载好之后,就会看到这个节点

右边视图也能看到咱们的图

这种是一个层级模式,病人,检查,图像依次向下.点击“眼睛”图标可以在所有视图中显示或隐藏一个项目。

可以试一下,看看右边图像的变换

三.数据处理

3D Slicer 建立在模块化架构上。选择一个模块来处理或分析你的数据。最重要的模块包括以下（完整列表可在模块部分找到）：

欢迎（Welcome）：当3D Slicer启动时的默认模块。面板提供加载数据和自定义3D Slicer的选项。在这些选项下方是包含使用3D Slicer的重要信息的下拉框。

数据（Data）：充当中心数据组织枢纽。列出当前场景中的所有数据，并允许进行搜索、重命名、删除和移动等基本操作。

DICOM：导入和导出DICOM对象，如图像、分割、结构集、放射治疗对象等。

体数据（Volumes）：用于改变各种体积类型的显示效果。

体积渲染（Volume Rendering）：提供3D图像数据的交互式可视化。

分割（Segmentations）：编辑显示属性和导入/导出分割。

分割编辑器（Segment Editor）：使用各种手动、半自动和自动工具对3D体积进行分割。

标记（Markups）：允许创建和编辑与场景相关的标记。

模型（Models）：加载和调整模型的显示参数。允许用户改变3D表面模型的外观和组织方式。

变换（Transforms）：此模块用于创建和编辑变换矩阵。你可以通过将节点从“可变换”列表移动到“已变换”列表，或者通过拖动数据模块下“变换节点”下的节点来建立这些关系.

四.数据保存

'File' --> "save data" 

这个没什么好说的,自己试

五.拓展

扩展可以看作是将一个或多个 Slicer 模块捆绑在一起的交付包。安装扩展后，相关的模块将作为内置模块呈现给用户。

最后就是怎么去学这个东西,官方上推荐是这个

Documentation/Nightly/Training - Slicer Wiki

一起学习,以下是涉及到一些专业名词翻译(可以不用看)

附录:

• Bounds（边界）：描述一个空间对象沿三个轴的边界框。在VTK中由六个浮点值定义：X_min, X_max, Y_min, Y_max, Z_min, Z_max。

• Brightness/contrast（亮度/对比度）：指定体素值到显示像素亮度的线性映射。亮度是线性偏移，对比度是乘数。在医学影像中，这种线性映射通常由窗宽/窗位值指定。

• Cell（单元）：网格数据单元是网格的简单拓扑元素，如线、多边形、四面体等。

• Color legend（颜色图例）：覆盖在切片或3D视图上的小工具，显示颜色图例，指示颜色的含义。

• Coordinate system（坐标系）：由原点位置、轴方向和距离单位指定。3D Slicer中的所有坐标系都是右手系。

• Extension（扩展）：不是与核心应用程序捆绑在一起但可以使用扩展管理器下载和安装的一组模块的集合。

• Extensions manager（扩展管理器）：Slicer的软件组成部分，允许直接从应用程序在扩展目录（也称为Slicer应用商店）中浏览、安装、卸载扩展。

• Extensions index（扩展索引）：包含每个扩展描述的存储库，扩展目录是从中构建的。

• Extent（范围）：沿三个轴的整数坐标范围。在VTK中由六个值定义，对于IJK轴：I_min, I_max, J_min, J_max, K_min, K_max。

• Fiducial（基准点）：代表3D空间中的一个点。这个术语来源于图像引导手术，其中“基准标记”用于标记点位置。

• Frame（帧）：时间序列中的一个时间点。为避免歧义，这个术语不用于指体积的一个切片。

• Geometry（几何）：指定3D空间中对象的位置和形状。关于图像几何的定义，请参见“体积”术语。

• Image intensity（图像强度）：通常指体素的值。根据选择的窗宽/窗位和颜色查找表，从此值计算显示像素的亮度和颜色。

• IJK：体素坐标系统轴。整数坐标值对应于体素中心位置。IJK值经常用作坐标值来指定3D数组中的元素。

• ITK：Insight Toolkit。Slicer用于大多数图像处理操作的软件库。

• Labelmap（标签图）：具有离散（整数）体素值的体积节点。通常每个值对应于特定的结构或区域。

• LPS：左-后-上解剖坐标系。医学图像计算中最常用的坐标系。

• Markups（标记）：用户可以在查看器中放置的简单几何对象和测量。可以使用标记模块创建此类对象。

• MRML：Medical Reality Markup Language。存储、可视化和处理可能在医学应用中使用的信息对象的软件库。

• Model（模型）：存储表面网格（由三角形、多边形或其他2D单元组成）或体积网格（由四面体、楔形或其他3D单元组成）的MRML节点。

• Module（模块）：Slicer模块是由图形用户界面、逻辑组成的软件组件，并可能提供新的MRML节点类型、显示管理器、输入/输出插件以及各种其他插件。

• Node（节点）：场景中的一个数据对象。节点可以代表数据（如图像或网格），描述其显示方式（颜色、不透明度等）、磁盘上的存储方式、对它们应用的空间变换等。

• Orientation marker（方向标记）：在切片视图和3D视图中显示轴方向的箭头、盒子或人形标记。

• RAS：右-前-上解剖坐标系。Slicer内部使用的坐标系。

• Region of interest (ROI)（感兴趣区域）：指定3D中的盒状区域。可用于裁剪体积、剪裁模型等。

• Registration（配准）：在空间中对齐对象的过程。配准的结果是一个变换，它将“移动”对象变换到“固定”对象。

• Resolution（分辨率）：体积的体素大小，通常以mm/像素指定。

• Ruler（标尺）：可能指视图标尺或标记线距离测量工具。

• Scalar component（标量分量）：向量的一个元素。标量分量的数量意味着向量的长度。

• Scalar value（标量值）：一个简单的数字，通常是浮点数。

• Scene（场景）：这是当前加载到应用程序中的所有数据以及有关如何显示或使用这些数据的附加信息所包含的数据结构。

• Segment（段）：对应于分割中的单个结构。

• Segmentation（分割）：在图像中描绘3D结构的过程。分割也可以指分割过程的结果MRML节点。

• Slice（切片）：3D对象与平面的交集。

• Spacing（间距）：体积的体素大小，通常以mm/像素指定。

• Transform（变换）：可以将任何3D对象从一个坐标系变换到另一个坐标系。

• Volume（体积）：存储3D体素数组的MRML节点。

• Voxel（体素）：3D体积的一个元素，它有一个长方体的形状。

• VR：缩写，可以指体积渲染或虚拟现实。

• VTK：Visualization Toolkit。Slicer用于数据表示和可视化的软件库。