OmicsTools生信环境全自动化安装配置教程,代做生信分析和辅导
OmicsTools软件介绍和下载安装配置
软件介绍
我开发了一款本地电脑无限使用的零代码生信数据分析作软图神器电脑软件OmicsTools,旨在成为可以做各种医学生物生信领域科研数据分析作图的的全能科研软件,欢迎大家使用OmicsTools进行生物医学科研数据分析和作图,该软件件能让大家在不需要任何编程和代码编写的基础上,分析次数没有限制,可以无限使用,让您在自己电脑上快速进行大量的生信分析和加速大家的科研。
软件下载获取
我开发的本地电脑无限使用无限分析作图的生信零代码一键分析电脑软件神器OmicsTools 软件在github上的zihaoxingstudy1/OmicsTools(https://github.com/zihaoxingstudy1/OmicsTools)仓库中,也可以到我的生信交流q群群文件中下载,q群中的软件版本会更新一些,大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。
现在1群满员,会提示加2群,2群也可以下载到软件。
软件的下载安装配置教程
OmicsTools软件安装和分析环境配置的适配教程
安装配置OmicsTools前的注意事项
电脑上没有D盘的用户要先通过磁盘分区分出一个D盘
只有C盘的windows系统通过磁盘分区分出D盘(新电脑或新系统只有C盘的情况下进行磁盘分区分出D盘的教程)
卸载掉之前在D:/omics_tools目录下安装过git, R, Rtools这三个软件
需要注意的是:如果大家以前已经在D:/omics_tools目录下安装过git, R, Rtools这三个软件,需要先到windows的卸载面板卸载掉这些软件,再去安装会好一些,不卸载的话,安装也会进行,但是会产生冲突。
卸载软件的方法如下:
OmicsTools分析环境的自动化安装配置过程
下载和解压我百度网盘中的download.rar压缩包
解压download.rar这个目录
download.rar解压好的示意图和压缩包里的文件内容如下:
国内用户推荐使用install_cn.exe自动安装配置OmicsTools的R等分析环境和工具
在安装配置OmicsTools分析环境过程中只要双击了install_cn.exe(国内中文用户推荐这个)或install.exe这个安装工具后,就会自动化安装好git, R ,Rtools, aria2 这些OmicsTools分析时用到的软件和工具,并配置好环境变量,整个安装配置过程完全是自动化运行,不需要大家做任何手动干预和操作。
安装过程显示的自动操作信息如下:
安装完成后,最后一行日志是:“所有软件已成功安装并配置环境变量。请重启计算机或重新登录以应用更改�?
Press any key to continue . . .”
这里直接按个回车键窗口就关闭了,再重启下电脑就可以了。
自动化安装的结果
该install.exe或install_cn.exe会自动在D盘下创建一个omics_tools目录,OmicsTools软件以及依赖的R语言,R包等工具的安装目录都是自动被安装在D盘下的omics_tools这个根目录下。
- R语言自动安装到:D:\omics_tools\R\R-4.3.2
- Rtools的安装路径为: D:\omics_tools\Rtools\Rtools43
- git的安装路径为: D:\omics_tools\git
- R包所在路径为: D:\omics_tools\Rlibs\R-4.3.2
- aria2c所在路径为: D:\omics_tools\aria2c
OmicsTools软件包的解压和运行注册登陆进行生信分析
OmicsTools软件包的解压运行
从我的q群或github上下载的OmicsTools软件包后,OmicsTools软件解压路径为:D:\omics_tools\OmicsToolsApp-win32-x64,该软件包不需要安装,解压后点击里面的OmicsToolsApp.exe就能运行。
OmicsTools的启动和注册登陆分析
omics_tools软件在大家电脑上每天的第一次启动的时候,需要加载很多组件,第一次启动的时间可能会比较长,大概在两分钟左右,就会自动弹出软件的窗口界面,第一次启动后,后面关掉软件后,再重启双击击OmicsToolsApp.exe启动每次都可以秒开软件了,二次启动时非常快的,就是第一次启动的时候大家需要等待两分钟让软件加载成功,软件启动后弹出的窗口界面如下:
大家可以点击Register选项进行用户注册,点击Login选项进行用户登录,在Login页面需要输入账号密码和激活码,会员激活码由周费,月费,年费和永久会员,大家可以找我购买短期或长期激活码,输入账号,密码和激活码登录成功后,就进入各个模块的生信分析界面了。
下载解压无需安装直接使用接近10个G共1000多个所有各种生信R包
OmicsTools软件的R分析环境自动安装配置的时候会将一部分经常用到的R包放在了D:/omics_tools/Rlibs/R-4.3.2目录下了。当前Rlibs目录只有部分R包,在使用OmicsTools做生信分析的时候,使用到的R包会更多。
OmicsTools软件一般也会自动安装分析时缺少的R包,但是国内的网络访问国外的服务器的时候经常会因为下载中断导致R包的安装失败,大家也可以直接从我的网盘里下载所有的R包都全部解压移动到D:/omics_tools/Rlibs/R-4.3.2目录下
R包的网盘文件
我给大家发了很多开箱即用的R包下载网盘链接,这是最全的R包的网盘文件,其中Rlibs_part_a_c.rar, Rlibs_part_d_o.rar,Rlibs_part_p_t.rar,Rlibs_part_u_z.rar是我把D:\omics_tools\Rlibs\R-4.3.2原来所有的R包名称从a-z所有R包拆分了4份压缩后上传到了百度网盘,因为百度网盘不让上传太大的压缩包,同时add_dir.rar是我日常有更新或新增的一些R包后补充上传到百度网盘的压缩包。
全部R包的解压方式和解压移动好的效果示意图
大家把上面的这五个R包下载到本地电脑后,先把这五个R包都解压一下,因为add_dir.rar这个压缩包的R包时最新更新的一些R包,所以add_dir1.rar一定要放在最后解压,如果add_dir1.rar第一个解压,后面旧版本有重名的R包就会替换add_dir1.rar中新版本的R包,R包的版本就又变旧了,大家解压的顺序要是先解压Rlibs_part_a_c.rar,Rlibs_part_d_o.rar;Rlibs_part_p_t.rar;Rlibs_part_u_z.rar这四个压缩后,然后再解压add_dir.rar这个压缩包,最后解压add_dir1.rar压缩包,如果add_dir.rar压缩包中有跟前四个压缩包中重名的R包,就选择‘全部替换’, 用add_dir.rar中最新的R包替换掉前面四个part中重名的旧R包,就能达到R包定期更新的目的了。
add_dir1.rar这个压缩包的体积也达到1个GB了,里面也是增加了很多生信R包,我近期更新增加的R包都放在了add_dir1.rar中,大家到最后也可以把我增加的这个add_dir1.rar的压缩包下载解压一下。
然后最重要最关键的就是,大家一定要进入解压后的目录里并把这些R包目录中所有的一个个R包全部都复制移动到D:\omics_tools\Rlibs\R-4.3.2这同一个目录下。所有的R包移动到D:\omics_tools\Rlibs\R-4.3.2里面后,这些R包就能开箱即用,不用大家再辛苦安装各种R包了. 解压并把所有R包都移动到D:\omics_tools\Rlibs\R-4.3.2这个目录后的部分R包展示的示意图如下:
软件的持续功能增强和软件更新版的使用
OmicsTools软件是一直都在更新,而且是永久更新的,而且更新非常频繁,一直在为大家增加更多的生信分析功能,一般每隔两周都会更新一版OmicsTools并添加更多新的功能进来。
OmicsTools的更新和优化包括实时推送的日常小更新优化和版本整体的增量大更新,平时用户反馈参数的改动和新特性和一些问题我都会快速进行优化,用户只需要重启一下电脑,就能实时享受到最新的功能和解决掉反馈的故障问题,大版本的更新我每隔两周左右发一个新版本的安装包。
q群的OmicsTools的软件版本一般会更新的频率更高,版本更新,建议大家直接到我的q群下载更新的OmicsTools软件版本
更新使用新版本的软件的时候,不需要从头进行安装配置,软件的R分析环境等都不需要变,只是把旧版本软件的整个OmicsToolsApp的目录全部删掉,直接使用新版本的OmicsToolsApp解压后的软件包目录就行了,需要重启电脑才能生效。
下载好新版本的OmicsTools的安装包后,重新解压出新的软件安装目录就可以了,运行另一个版本的OmicsTools的时候,需要重启一下电脑
OmicsTools的R语言等生信分析环境的手动安装配置教程
教学视频
这个安装配置视频讲的非常详细,大家一定要把这个视频从头到尾完整看一遍,大家完整的按照这个教学视频来操作,基本上都可以把OmicsTools分析环境完全安装配置好的。
软件安装配置的csdn图文教程
软件安装配置的问题答疑
大家在安装配置过程中,如果有任何问题,都可以编辑下面word文档来添加你遇到的问题,我也会编辑这个文档,新增内容给你答疑,大家注意,提的问题用红色文字显示,我的答疑用黑色字体演示,遇到问题的时候最好多截取些图片上传上来。
所有人可编辑-OmicsTools软件和R语言分析环境安装配置答疑汇总
可以提供的科研服务清单
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