ubuntu(18.04) 安装 blast

1、下载

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

2、解压，配置环境变量

tar zvxf ncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast

 配置环境变量，可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用

vim ~/.bashrc  将下面添加道最后, dir 是解压文件所在的绝对路径，export BLAST_HOME=/dir/blast
export PATH=$PATH:/dir/blast/bin使配置生效source ~/.bashrc测试安装结果blastn -version 如果显示版本信息则说明可正常使用

3、创建数据库

在/dir/blast 下创建文件夹 db/mydb  用来存放不同的数据库

构建数据库：initdb.fasta 是用来构建数据库的源文件

#绝对路径调用，直接使用makeblastdb调用可能出现找不到命令的问题，可能是环境变量没有配置好/dir/blast/bin/makeblastdb -in /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -dbtype prot

结果：

4、测试搜索  test.fasta 是测试序列文件

#采用绝对路径调用#结果输出到终端/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6#结果输出到文件/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6 -out /dir/blast/output/test

结果：

5.在php中调用