当前位置: 首页 > news >正文

ubuntu(18.04) 安装 blast

1、下载

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/


2、解压,配置环境变量

tar zvxf ncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast

 配置环境变量,可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用

vim ~/.bashrc  将下面添加道最后, dir 是解压文件所在的绝对路径,export BLAST_HOME=/dir/blast
export PATH=$PATH:/dir/blast/bin使配置生效source ~/.bashrc测试安装结果blastn -version 如果显示版本信息则说明可正常使用


3、创建数据库


在/dir/blast 下创建文件夹 db/mydb  用来存放不同的数据库

构建数据库:initdb.fasta 是用来构建数据库的源文件


#绝对路径调用,直接使用makeblastdb调用可能出现找不到命令的问题,可能是环境变量没有配置好/dir/blast/bin/makeblastdb -in /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -dbtype prot

结果:

4、测试搜索  test.fasta 是测试序列文件

#采用绝对路径调用#结果输出到终端/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6#结果输出到文件/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6 -out /dir/blast/output/test

结果:

5.在php中调用

相关文章:

ubuntu(18.04) 安装 blast

1、下载 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast/LATEST/2、解压,配置环境变量 tar zvxf ncbi-blast-2.14.1-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast 配置环境变量,可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用 vim ~/.bashrc 将下面添加道最…...

3.2每日一题(定积分求抽水做工问题)

1、画图,把题目的容器画出来:球形容器,半径为R 2、根据容器的形状进行分析: 抽水的实质是不同深度的水抽出去走的位移是不一样的>抽水的过程 : (1)先考虑深度为 x到xdx 的薄层水抽出去做多少…...

c语言基础:L1-063 吃鱼还是吃肉

国家给出了 8 岁男宝宝的标准身高为 130 厘米、标准体重为 27 公斤;8 岁女宝宝的标准身高为 129 厘米、标准体重为 25 公斤。 现在你要根据小宝宝的身高体重,给出补充营养的建议。 输入格式: 输入在第一行给出一个不超过 10 的正整数 N&am…...

<if> 标签中使用了不正确的语法。在 XML 中,<if> 标签不需要使用 <![CDATA[ ... ]]> 将条件语句包装起来。 否则会报错

标签中使用了不正确的语法。在 XML 中&#xff0c; 标签不需要使用 <![CDATA[ ... ]]> 将条件语句包装起来。 否则会报错...

Ubuntu 诞生 19 年

导读2004 年 10 月 20 日&#xff0c;Ubuntu 4.10 正式发布&#xff0c;代号‘Warty Warthog’。 作为 Ubuntu 第一个版本&#xff0c;4.10 问世后立刻受到广大 Linux 用户欢迎。它搭载了当时最新的 GNOME 2.8 桌面环境&#xff0c;以及一系列实用软件&#xff0c;比如 Mozilla…...

JVM进阶(3)

一)什么是垃圾&#xff1f; 垃圾指的是在应用程序中没有任何指针指向的对象&#xff0c;这个对象就是需要被回收的垃圾&#xff0c;如果不及时的针对内存中的垃圾进行清理&#xff0c;那么这些垃圾对象所占用的内存空间可能一直保留到应用程序结束&#xff0c;被保留的空间无法…...

Qt QWidget、QDialog、QMainWindow的区别

QWidget QWidget是Qt框架中最基础的窗口类&#xff0c;可以理解为用户界面的最基本单元。QWidget类提供了一个空白窗口&#xff0c;可以通过继承该类来创建自定义的窗口类。QWidget类提供了基本的窗口属性和方法&#xff0c;如大小、位置、标题、图标等。 QDialog QDialog是…...

软考 系统架构设计师系列知识点之设计模式(10)

接前一篇文章&#xff1a;软考 系统架构设计师系列知识点之设计模式&#xff08;9&#xff09; 所属章节&#xff1a; 老版&#xff08;第一版&#xff09;教材 第7章. 设计模式 第2节. 设计模式实例 相关试题 9. 某软件公司欲设计一款图像处理软件&#xff0c;帮助用户对拍…...

【python爬虫】设计自己的爬虫 1. request封装

通过requests.session().request 封装request方法 考虑到请求HTTP/2.0 同时封装httpx 来处理HTTP/2.0的请求 封装requests # 遇到请求失败的情况时 重新请求&#xff0c;请求5次等待2s retry(stop_max_attempt_number5, retry_on_resultlambda re_data: re_data is None, wai…...

8.0 新特性 - innodb_ddl_threads

前言 MySQL 8.0.27 引入了一个新变量来控制 InnoDB 可用于创建&#xff08;排序和构建&#xff09;二级索引的最大并行线程数&#xff1a;innodb_ddl_threads 通过调整该参数&#xff0c;可以提升二级索引的创建速度。 参数介绍 1. innodb_ddl_threads 创建二级索引时&…...

pgAdmin 4 v7.8 发布,PostgreSQL 开源图形化管理工具

导读pgAdmin 是 PostgreSQL 领先的开源图形化管理工具。pgAdmin 4 旨在满足新手和有经验的 Postgres 用户的需求&#xff0c;提供强大的图形界面&#xff0c;简化了数据库对象的创建、维护和使用。 pgAdmin 开发团队日前发布了 pgAdmin 4 v7.8 版本&#xff0c;这个版本包括 21…...

Realrek 2.5G交换机 8+1万兆光RTL8373-VB-CG方案简介

新一代2.5G交换机方案RTL8373-VB-CG可以提供4中不同形态 a. 52.5G 电口110G光》RTL8373 b. 52.5G 电口110G电》RTL83738261 c. 82.5G 电口110G光》RTL83738224 d.82.5G 电口110G电口》RTL837382248261 1.概述 Realtek RTL8373-CG是一款低功耗、高性能、高度集成的八端口2.5G和一…...

Linux命令随笔

文章目录 grep命令 grep命令 例如&#xff0c;在Linux系统中&#xff0c;要在当前目录下的所有文件中搜索包含字符串"hello"的行&#xff0c;并显示文件名&#xff0c;可以使用以下命令&#xff1a; grep -r "hello" .其中&#xff0c;"."表示…...

最新版scene-builder安装

JavaFX Scene Builder是一个可视化的布局工具&#xff0c;用于设计JavaFX用户界面。它允许开发人员使用拖放和可视化的方式创建和编辑JavaFX界面&#xff0c;而无需直接编写代码。 JavaFX Scene Builder提供了一个直观的界面&#xff0c;让开发人员可以轻松地创建和修改JavaFX…...

直击电商商城内核!一站式解决方案

作为一家深耕电商运营多年的软件开发公司&#xff0c;我们拥有先进的轻量级电商中台系统&#xff0c;且100%开源&#xff0c;包含B2C、B2B2C、S2B2C、O2O和社区团购等多种商业模式&#xff0c;无论在技术、业务架构、功能、设计还是售后支持上&#xff0c;我们都秉承着追求极致…...

rabbitmq安装、基本使用

docker run -it --rm --name rabbitmq -p 5672:5672 -p 15672:15672 rabbitmq:3.12-management docker会自己下载&#xff0c;然后运行 进入docker&#xff1a; docker exec -it rabbitmq bash 进入容器&#xff0c;重启rabbitmq&#xff1a;rabbitmq-server restart 感觉所有的…...

Amaon CloudFront助力出海业务访问优化

企业的展示网站需要面向多个国家的客户时&#xff0c;由于地理位置的原因。往往会出现一个痛点&#xff0c;网络延迟太高&#xff0c;以至于图片、视频播放时会非常卡顿。客户的访问体验非常差&#xff0c;直接影响到企业收益。此篇文章九河云综合分析Amaon CloudFront&#xf…...

python实现ModBusRTU服务端

python实现基于串口通信的ModBusRTU服务端是一件简单的事情&#xff0c;只要通过pymodbus模块和Serial模块就可以实现。...

yum安装node,npm

node官网 yum -y install nodejs npm 查看版本 npm -v node -v卸载 yum -y remove nodejs npm修改镜像源 4.1. 修改淘宝镜像源 set registry https://registry.npm.taobao.org npm config get registr4.2. 修改华为云镜像源 npm config set registry https://mirrors.huaweicl…...

ESM蛋白质语言模型系列

模型总览 第一篇《Biological structure and function emerge from scaling unsupervised learning to 250 million protein sequences 》ESM-1b 第二篇《MSA Transformer》在ESM-1b的基础上作出改进&#xff0c;将模型的输入从单一蛋白质序列改为MSA矩阵&#xff0c;并在Tran…...

从WWDC看苹果产品发展的规律

WWDC 是苹果公司一年一度面向全球开发者的盛会&#xff0c;其主题演讲展现了苹果在产品设计、技术路线、用户体验和生态系统构建上的核心理念与演进脉络。我们借助 ChatGPT Deep Research 工具&#xff0c;对过去十年 WWDC 主题演讲内容进行了系统化分析&#xff0c;形成了这份…...

P3 QT项目----记事本(3.8)

3.8 记事本项目总结 项目源码 1.main.cpp #include "widget.h" #include <QApplication> int main(int argc, char *argv[]) {QApplication a(argc, argv);Widget w;w.show();return a.exec(); } 2.widget.cpp #include "widget.h" #include &q…...

python如何将word的doc另存为docx

将 DOCX 文件另存为 DOCX 格式&#xff08;Python 实现&#xff09; 在 Python 中&#xff0c;你可以使用 python-docx 库来操作 Word 文档。不过需要注意的是&#xff0c;.doc 是旧的 Word 格式&#xff0c;而 .docx 是新的基于 XML 的格式。python-docx 只能处理 .docx 格式…...

TRS收益互换:跨境资本流动的金融创新工具与系统化解决方案

一、TRS收益互换的本质与业务逻辑 &#xff08;一&#xff09;概念解析 TRS&#xff08;Total Return Swap&#xff09;收益互换是一种金融衍生工具&#xff0c;指交易双方约定在未来一定期限内&#xff0c;基于特定资产或指数的表现进行现金流交换的协议。其核心特征包括&am…...

【Oracle】分区表

个人主页&#xff1a;Guiat 归属专栏&#xff1a;Oracle 文章目录 1. 分区表基础概述1.1 分区表的概念与优势1.2 分区类型概览1.3 分区表的工作原理 2. 范围分区 (RANGE Partitioning)2.1 基础范围分区2.1.1 按日期范围分区2.1.2 按数值范围分区 2.2 间隔分区 (INTERVAL Partit…...

NXP S32K146 T-Box 携手 SD NAND(贴片式TF卡):驱动汽车智能革新的黄金组合

在汽车智能化的汹涌浪潮中&#xff0c;车辆不再仅仅是传统的交通工具&#xff0c;而是逐步演变为高度智能的移动终端。这一转变的核心支撑&#xff0c;来自于车内关键技术的深度融合与协同创新。车载远程信息处理盒&#xff08;T-Box&#xff09;方案&#xff1a;NXP S32K146 与…...

CRMEB 中 PHP 短信扩展开发:涵盖一号通、阿里云、腾讯云、创蓝

目前已有一号通短信、阿里云短信、腾讯云短信扩展 扩展入口文件 文件目录 crmeb\services\sms\Sms.php 默认驱动类型为&#xff1a;一号通 namespace crmeb\services\sms;use crmeb\basic\BaseManager; use crmeb\services\AccessTokenServeService; use crmeb\services\sms\…...

并发编程 - go版

1.并发编程基础概念 进程和线程 A. 进程是程序在操作系统中的一次执行过程&#xff0c;系统进行资源分配和调度的一个独立单位。B. 线程是进程的一个执行实体,是CPU调度和分派的基本单位,它是比进程更小的能独立运行的基本单位。C.一个进程可以创建和撤销多个线程;同一个进程中…...

libfmt: 现代C++的格式化工具库介绍与酷炫功能

libfmt: 现代C的格式化工具库介绍与酷炫功能 libfmt 是一个开源的C格式化库&#xff0c;提供了高效、安全的文本格式化功能&#xff0c;是C20中引入的std::format的基础实现。它比传统的printf和iostream更安全、更灵活、性能更好。 基本介绍 主要特点 类型安全&#xff1a…...

Chrome 浏览器前端与客户端双向通信实战

Chrome 前端&#xff08;即页面 JS / Web UI&#xff09;与客户端&#xff08;C 后端&#xff09;的交互机制&#xff0c;是 Chromium 架构中非常核心的一环。下面我将按常见场景&#xff0c;从通道、流程、技术栈几个角度做一套完整的分析&#xff0c;特别适合你这种在分析和改…...