ubuntu(18.04) 安装 blast
1、下载
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

2、解压,配置环境变量
tar zvxf ncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast
配置环境变量,可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用
vim ~/.bashrc 将下面添加道最后, dir 是解压文件所在的绝对路径,export BLAST_HOME=/dir/blast
export PATH=$PATH:/dir/blast/bin使配置生效source ~/.bashrc测试安装结果blastn -version 如果显示版本信息则说明可正常使用
3、创建数据库
在/dir/blast 下创建文件夹 db/mydb 用来存放不同的数据库
构建数据库:initdb.fasta 是用来构建数据库的源文件
#绝对路径调用,直接使用makeblastdb调用可能出现找不到命令的问题,可能是环境变量没有配置好/dir/blast/bin/makeblastdb -in /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -dbtype prot
结果:

4、测试搜索 test.fasta 是测试序列文件
#采用绝对路径调用#结果输出到终端/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6#结果输出到文件/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6 -out /dir/blast/output/test
结果:

5.在php中调用
相关文章:
ubuntu(18.04) 安装 blast
1、下载 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast/LATEST/2、解压,配置环境变量 tar zvxf ncbi-blast-2.14.1-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast 配置环境变量,可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用 vim ~/.bashrc 将下面添加道最…...
3.2每日一题(定积分求抽水做工问题)
1、画图,把题目的容器画出来:球形容器,半径为R 2、根据容器的形状进行分析: 抽水的实质是不同深度的水抽出去走的位移是不一样的>抽水的过程 : (1)先考虑深度为 x到xdx 的薄层水抽出去做多少…...
c语言基础:L1-063 吃鱼还是吃肉
国家给出了 8 岁男宝宝的标准身高为 130 厘米、标准体重为 27 公斤;8 岁女宝宝的标准身高为 129 厘米、标准体重为 25 公斤。 现在你要根据小宝宝的身高体重,给出补充营养的建议。 输入格式: 输入在第一行给出一个不超过 10 的正整数 N&am…...
<if> 标签中使用了不正确的语法。在 XML 中,<if> 标签不需要使用 <![CDATA[ ... ]]> 将条件语句包装起来。 否则会报错
标签中使用了不正确的语法。在 XML 中, 标签不需要使用 <![CDATA[ ... ]]> 将条件语句包装起来。 否则会报错...
Ubuntu 诞生 19 年
导读2004 年 10 月 20 日,Ubuntu 4.10 正式发布,代号‘Warty Warthog’。 作为 Ubuntu 第一个版本,4.10 问世后立刻受到广大 Linux 用户欢迎。它搭载了当时最新的 GNOME 2.8 桌面环境,以及一系列实用软件,比如 Mozilla…...
JVM进阶(3)
一)什么是垃圾? 垃圾指的是在应用程序中没有任何指针指向的对象,这个对象就是需要被回收的垃圾,如果不及时的针对内存中的垃圾进行清理,那么这些垃圾对象所占用的内存空间可能一直保留到应用程序结束,被保留的空间无法…...
Qt QWidget、QDialog、QMainWindow的区别
QWidget QWidget是Qt框架中最基础的窗口类,可以理解为用户界面的最基本单元。QWidget类提供了一个空白窗口,可以通过继承该类来创建自定义的窗口类。QWidget类提供了基本的窗口属性和方法,如大小、位置、标题、图标等。 QDialog QDialog是…...
软考 系统架构设计师系列知识点之设计模式(10)
接前一篇文章:软考 系统架构设计师系列知识点之设计模式(9) 所属章节: 老版(第一版)教材 第7章. 设计模式 第2节. 设计模式实例 相关试题 9. 某软件公司欲设计一款图像处理软件,帮助用户对拍…...
【python爬虫】设计自己的爬虫 1. request封装
通过requests.session().request 封装request方法 考虑到请求HTTP/2.0 同时封装httpx 来处理HTTP/2.0的请求 封装requests # 遇到请求失败的情况时 重新请求,请求5次等待2s retry(stop_max_attempt_number5, retry_on_resultlambda re_data: re_data is None, wai…...
8.0 新特性 - innodb_ddl_threads
前言 MySQL 8.0.27 引入了一个新变量来控制 InnoDB 可用于创建(排序和构建)二级索引的最大并行线程数:innodb_ddl_threads 通过调整该参数,可以提升二级索引的创建速度。 参数介绍 1. innodb_ddl_threads 创建二级索引时&…...
pgAdmin 4 v7.8 发布,PostgreSQL 开源图形化管理工具
导读pgAdmin 是 PostgreSQL 领先的开源图形化管理工具。pgAdmin 4 旨在满足新手和有经验的 Postgres 用户的需求,提供强大的图形界面,简化了数据库对象的创建、维护和使用。 pgAdmin 开发团队日前发布了 pgAdmin 4 v7.8 版本,这个版本包括 21…...
Realrek 2.5G交换机 8+1万兆光RTL8373-VB-CG方案简介
新一代2.5G交换机方案RTL8373-VB-CG可以提供4中不同形态 a. 52.5G 电口110G光》RTL8373 b. 52.5G 电口110G电》RTL83738261 c. 82.5G 电口110G光》RTL83738224 d.82.5G 电口110G电口》RTL837382248261 1.概述 Realtek RTL8373-CG是一款低功耗、高性能、高度集成的八端口2.5G和一…...
Linux命令随笔
文章目录 grep命令 grep命令 例如,在Linux系统中,要在当前目录下的所有文件中搜索包含字符串"hello"的行,并显示文件名,可以使用以下命令: grep -r "hello" .其中,"."表示…...
最新版scene-builder安装
JavaFX Scene Builder是一个可视化的布局工具,用于设计JavaFX用户界面。它允许开发人员使用拖放和可视化的方式创建和编辑JavaFX界面,而无需直接编写代码。 JavaFX Scene Builder提供了一个直观的界面,让开发人员可以轻松地创建和修改JavaFX…...
直击电商商城内核!一站式解决方案
作为一家深耕电商运营多年的软件开发公司,我们拥有先进的轻量级电商中台系统,且100%开源,包含B2C、B2B2C、S2B2C、O2O和社区团购等多种商业模式,无论在技术、业务架构、功能、设计还是售后支持上,我们都秉承着追求极致…...
rabbitmq安装、基本使用
docker run -it --rm --name rabbitmq -p 5672:5672 -p 15672:15672 rabbitmq:3.12-management docker会自己下载,然后运行 进入docker: docker exec -it rabbitmq bash 进入容器,重启rabbitmq:rabbitmq-server restart 感觉所有的…...
Amaon CloudFront助力出海业务访问优化
企业的展示网站需要面向多个国家的客户时,由于地理位置的原因。往往会出现一个痛点,网络延迟太高,以至于图片、视频播放时会非常卡顿。客户的访问体验非常差,直接影响到企业收益。此篇文章九河云综合分析Amaon CloudFront…...
python实现ModBusRTU服务端
python实现基于串口通信的ModBusRTU服务端是一件简单的事情,只要通过pymodbus模块和Serial模块就可以实现。...
yum安装node,npm
node官网 yum -y install nodejs npm 查看版本 npm -v node -v卸载 yum -y remove nodejs npm修改镜像源 4.1. 修改淘宝镜像源 set registry https://registry.npm.taobao.org npm config get registr4.2. 修改华为云镜像源 npm config set registry https://mirrors.huaweicl…...
ESM蛋白质语言模型系列
模型总览 第一篇《Biological structure and function emerge from scaling unsupervised learning to 250 million protein sequences 》ESM-1b 第二篇《MSA Transformer》在ESM-1b的基础上作出改进,将模型的输入从单一蛋白质序列改为MSA矩阵,并在Tran…...
网络编程(Modbus进阶)
思维导图 Modbus RTU(先学一点理论) 概念 Modbus RTU 是工业自动化领域 最广泛应用的串行通信协议,由 Modicon 公司(现施耐德电气)于 1979 年推出。它以 高效率、强健性、易实现的特点成为工业控制系统的通信标准。 包…...
Debian系统简介
目录 Debian系统介绍 Debian版本介绍 Debian软件源介绍 软件包管理工具dpkg dpkg核心指令详解 安装软件包 卸载软件包 查询软件包状态 验证软件包完整性 手动处理依赖关系 dpkg vs apt Debian系统介绍 Debian 和 Ubuntu 都是基于 Debian内核 的 Linux 发行版ÿ…...
高频面试之3Zookeeper
高频面试之3Zookeeper 文章目录 高频面试之3Zookeeper3.1 常用命令3.2 选举机制3.3 Zookeeper符合法则中哪两个?3.4 Zookeeper脑裂3.5 Zookeeper用来干嘛了 3.1 常用命令 ls、get、create、delete、deleteall3.2 选举机制 半数机制(过半机制࿰…...
【CSS position 属性】static、relative、fixed、absolute 、sticky详细介绍,多层嵌套定位示例
文章目录 ★ position 的五种类型及基本用法 ★ 一、position 属性概述 二、position 的五种类型详解(初学者版) 1. static(默认值) 2. relative(相对定位) 3. absolute(绝对定位) 4. fixed(固定定位) 5. sticky(粘性定位) 三、定位元素的层级关系(z-i…...
ardupilot 开发环境eclipse 中import 缺少C++
目录 文章目录 目录摘要1.修复过程摘要 本节主要解决ardupilot 开发环境eclipse 中import 缺少C++,无法导入ardupilot代码,会引起查看不方便的问题。如下图所示 1.修复过程 0.安装ubuntu 软件中自带的eclipse 1.打开eclipse—Help—install new software 2.在 Work with中…...
AspectJ 在 Android 中的完整使用指南
一、环境配置(Gradle 7.0 适配) 1. 项目级 build.gradle // 注意:沪江插件已停更,推荐官方兼容方案 buildscript {dependencies {classpath org.aspectj:aspectjtools:1.9.9.1 // AspectJ 工具} } 2. 模块级 build.gradle plu…...
稳定币的深度剖析与展望
一、引言 在当今数字化浪潮席卷全球的时代,加密货币作为一种新兴的金融现象,正以前所未有的速度改变着我们对传统货币和金融体系的认知。然而,加密货币市场的高度波动性却成为了其广泛应用和普及的一大障碍。在这样的背景下,稳定…...
DingDing机器人群消息推送
文章目录 1 新建机器人2 API文档说明3 代码编写 1 新建机器人 点击群设置 下滑到群管理的机器人,点击进入 添加机器人 选择自定义Webhook服务 点击添加 设置安全设置,详见说明文档 成功后,记录Webhook 2 API文档说明 点击设置说明 查看自…...
Git常用命令完全指南:从入门到精通
Git常用命令完全指南:从入门到精通 一、基础配置命令 1. 用户信息配置 # 设置全局用户名 git config --global user.name "你的名字"# 设置全局邮箱 git config --global user.email "你的邮箱example.com"# 查看所有配置 git config --list…...
保姆级【快数学会Android端“动画“】+ 实现补间动画和逐帧动画!!!
目录 补间动画 1.创建资源文件夹 2.设置文件夹类型 3.创建.xml文件 4.样式设计 5.动画设置 6.动画的实现 内容拓展 7.在原基础上继续添加.xml文件 8.xml代码编写 (1)rotate_anim (2)scale_anim (3)translate_anim 9.MainActivity.java代码汇总 10.效果展示 逐帧…...

