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ChimeraX使用教程-安装及基本操作

news 2025/9/13 21:47:30

ChimeraX使用教程-安装及基本操作

1、访问https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/download.html进行下载，然后安装
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述安装完成后，显示界面
在这里插入图片描述

2、基本操作

1、点击file，导入 .PDB 文件。

在这里插入图片描述

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（注：在 alphafold在线预测蛋白====》点击传送门：link
结束后我们会得到一个 .zip 格式的压缩包，解压缩打开后主要有 .JSON 、 .PDB 、.PNG 和文本文档类格式文件，我们需要的是 .PDB 文件，这里面存放着我们预测的蛋白结构结果。）

2、点击file，导入 .PDB 文件。

打开所有 .PNG 格式文件如下图，每一张图都是对我们预测的蛋白模型的精准度反映。我们主要看图⑤，可以清楚的看到蛋白不同区段的预测精准度，峰值越高则越精准，通过该图我们选择预测结果最精准的PDB文件进行可视化，在此选rank1用于后续的分析。

在这里插入图片描述

3、蛋白互作界面分析：

详细参考这位作者的详细文章，====》点击传送门：link

参考：

超实用！用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化（上）：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/617074237
超实用！用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化（中）: 蛋白结构美化篇：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/617939430

超实用！用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化（下）: 蛋白互作界面分析：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/633813760

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