当前位置: 首页 > news >正文

首发,pm3包,一个用于多组(3组)倾向评分匹配的R包

目前,本人写的第二个R包pm3包已经正式在CRAN上线,用于3组倾向评分匹配,只能3组不能多也不能少。
可以使用以下代码安装

install.packages("pm3")

在这里插入图片描述
什么是倾向性评分匹配?倾向评分匹配(Propensity Score Matching,简称PSM)是一种统计学方法,用于处理观察研究(Observational Study)的数据,在SCI文章中应用非常广泛。在观察研究中,由于种种原因,数据偏差(bias)和混杂变量(confounding variable)较多,倾向评分匹配的方法正是为了减少这些偏差和混杂变量的影响,以便对实验组和对照组进行更合理的比较。
为什么需要做倾向评分匹配?
我们知道RCT的证据力度高,是因为对患者进行了严格的筛选。我们的回顾性研究都是过去的数据,很难像RCT一样进行严格的筛选出两组患者基线相近的基础资料,但我们可以通过倾向评分匹配把回归性的数据进行筛选,把基线资料相近的患者进行匹配,得到近似RCT的效果。
应用场景
 1.基线资料不平
 2.开展病例对照研究病阳性例数较少,如罕见病研究
 3.将众多混杂因素变为一个变量:倾向值
以下为一个实例,没进行匹配前两组患者基线资料相差很大,进行倾向评分匹配后,基线资料近似一致了
在这里插入图片描述
目前进行3组倾向评分的R包据我所知,几乎没有,我这个应该也算是开创了把,算法来源于下面两篇参考文献,我既往也写了关于文章《R语言3组患者倾向性评分匹配(PSM)》,想了解做法的可以看看,但是蛮多人看了文章也做不出来,于是我有了写包的想法,这也是在文章末尾答应大家的,也算说到做到了把

在这里插入图片描述
感谢付费的朋友们,这也算支持我继续前进的动力吧。感谢原创作者无私提供方法,我只是把方法用代码呈现出来,理论的探讨不要来问我。这里我还要提一句,我对作者的方法进行了一定改进、优化,原作者的方法,协变量的分类变量只能是2分类的,我这里多分类的都可以了。
下面来进行pm3包的用法演示,我们先导入R包和数据,pm3包有我内置的早产数据,我们直接导入就可以了

library(pm3)
bc<-prematurity

在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
这是一个关于早产低体重儿的数据(公众号回复:早产数据,也可以获得该数据),低于2500g被认为是低体重儿。数据解释如下:low 是否是小于2500g早产低体重儿,age 母亲的年龄,lwt 末次月经体重,race 种族,smoke 孕期抽烟,ptl 早产史(计数),ht 有高血压病史,ui 子宫过敏,ftv 早孕时看医生的次数,bwt 新生儿体重数值。

假设我们研究的是有不同种族(race)对生出低体重儿(low)的影响。需要对3个种族进行基线资料倾向评分匹配

现在我们不需要像既往一样进行一大堆复杂操作,直接一句话代码,就搞定了

g<-pm3(data=bc,x="race",y="low",covs=c("age","lwt","ptl"),factor=c("ui","low"))

这句代码我来解释一下,因为我们是靠逻辑回归模型生成评分的,所以要定义一个回归模型的变量:data就是你的数据,x就是你要比较的变量,我们这里是race,y是你要比较的结局变量,covs是协变量的意思,填入你模型模型中的协变量,包括连续的和分类的,这里是"age",“lwt”,“ptl”,最后factor是定义你数据中的分类变量,这里有个小问题,factor你要是没有可以不填,填的话最少要填两个,不然会报错,这个问题在后期版本修正。我这里本来只有ui这个分类变量,怕报错我加了low,或者加race也可以,都不影响的.
执行代码后就生成了g

在这里插入图片描述

g是一个列表数据文件,我们可以看到生成了3个我们匹配好的数据文件,每个文件26个数据,和文章《R语言3组患者倾向性评分匹配(PSM)》做出来的一模一样。mbc是这是3个匹配好的文件合并后的数据
在这里插入图片描述
我们把mbc提取出来

mbc<-g[["mbc"]]

在这里插入图片描述
下面我们进行匹配前和匹配后的比较。导入tableone包

library(tableone)

定义全部变量和分类变量

allVars <-c("age", "lwt", "ptl","ht")
fvars<-c("ht")

进行比较

tab2 <- CreateTableOne(vars = allVars, strata = "race" ,
data = bc, factorVars=fvars,addOverall = TRUE )
print(tab2,smd = TRUE)
tab1 <- CreateTableOne(vars = allVars, strata = "race" ,
data = mbc, factorVars=fvars,addOverall = TRUE )
print(tab1,smd = TRUE)

在这里插入图片描述
我们可以看到,P值变大了,smd变小了,匹配效果很好,最后想说一句,倾向性匹配也不是万能的,不可能把所有的变量配平。
参考文献:

  1. 邓强庭, 王宏, 张雷达,等. 无序多分组数据的倾向性评分匹配算法设计及R程序实现[J]. 现代预防医学, 2021, 48(15):5.
  2. [1]邬顺全, 吴骋, 贺佳. 倾向性评分匹配法在多分类数据中的比较和应用[J]. 中国卫生信息管理杂志, 2013(5):448-451.

相关文章:

首发,pm3包,一个用于多组(3组)倾向评分匹配的R包

目前&#xff0c;本人写的第二个R包pm3包已经正式在CRAN上线&#xff0c;用于3组倾向评分匹配&#xff0c;只能3组不能多也不能少。 可以使用以下代码安装 install.packages("pm3")什么是倾向性评分匹配&#xff1f;倾向评分匹配&#xff08;Propensity Score Match…...

基于Canal的数据同步

基于Canal的数据同步 一、 系统结构 该数据同步系统由Spring Boot和Canal共同组成。 Spring Boot 是一个流行的 Java Web 框架&#xff0c;而 Canal 则是阿里巴巴开源的 MySQL 数据库的数据变更监听框架。结合 Spring Boot 和 Canal&#xff0c;可以实现 MySQL 数据库的实时数…...

vuetify设置页面默认主题色

前言 最近工作中接到一个任务&#xff1a; 项目中分light和dark两种主题色a、b页面默认为dark其他页面默认为light 项目前端环境&#xff1a; vue2jsyarnvuexvuetifyelement ui 解决思路 routerjs中配置路径时进行默认主题设置 在左侧aside点击菜单时&#xff0c;进行主题切…...

【Python入门第二十三天】Python 继承

Python 继承 继承允许我们定义继承另一个类的所有方法和属性的类。 父类是继承的类&#xff0c;也称为基类。 子类是从另一个类继承的类&#xff0c;也称为派生类。 创建父类 任何类都可以是父类&#xff0c;因此语法与创建任何其他类相同&#xff1a; 实例 创建一个名为…...

C#中,读取一个或多个文件内容的方法

读取一个或多个文件内容的方法 在C#中&#xff0c;可以使用File.ReadAllLines方法一次读取多个文件中的所有行内容。例如&#xff0c;以下代码读取了两个文件中的所有行内容&#xff0c;然后将它们合并在一起&#xff1a; string[] file1Lines File.ReadAllLines("file1…...

1 基于神经辐射场(neural Radiance Fileds, Nerf)的三维重建- 简介

Nerf简介 Nerf&#xff08;neural Radiance Fileds&#xff09; 为2020年ICCV上提出的一个基于隐式表达的三维重建方法&#xff0c;使用2D的 Posed Imageds 来生成&#xff08;表达&#xff09;复杂的三维场景。现在越来越多的研究人员开始关注这个潜力巨大的领域&#xff0c;也…...

水果FLStudio21.0.0中文版全能数字音乐工作站DAW

FL Studio 21.0.0官方中文版重磅发布纯正简体中文支持&#xff0c;更快捷的音频剪辑及素材管理器&#xff0c;多样主题随心换&#xff01;Mac版新增对苹果M2/1家族芯片原生支持。编曲、剪辑、录音、混音&#xff0c;20余年的技术积淀和实力研发&#xff0c;FL Studio 已经从电音…...

【GlobalMapper精品教程】055:GM坐标转换器的巧妙使用

GM软件提供了一个简单实用的坐标转换工具,可以实现地理坐标和投影坐标之间的高斯正反算及多种转换计算。 文章目录 一、坐标转换器认识二、坐标转换案例1. 地理坐标←→地理坐标2. 地理坐标←→投影坐标三、在输出坐标上创建新的点四、其他转换工具的使用一、坐标转换器认识 …...

C语言之中rand()函数是如何实现的

rand()函数是一个C标准库中的随机数生成函数&#xff0c;用于生成一个范围在0到RAND_MAX之间的伪随机数。RAND_MAX是一个常量&#xff0c;它是随机数的最大值&#xff0c;通常被定义为32767。 rand()函数的实现原理可以概括为以下几个步骤&#xff1a; 初始化随机数生成器 在…...

winform控件PropertyGrid的应用(使运行中的程序能像vistual studio那样设置控件属性)

上周在看别人写的上位机demo代码时&#xff0c;发现创建的项目模板是"Windows 窗体控件库"(如下图) 生成的项目结构像自定义控件库&#xff0c;没有程序入口方法Main&#xff0c;但却很神奇能调试&#xff0c;最后发现原来Vistual Studio启动了一个外挂程序UserContr…...

SBUS的协议详解

SBUS 1.串口配置&#xff1a; 100k波特率&#xff0c; 8位数据位&#xff08;在stm32中要选择9位&#xff09;&#xff0c; 偶校验&#xff08;EVEN), 2位停止位&#xff0c; 无控流&#xff0c;25个字节&#xff0c; 2.协议格式&#xff1a; [startbyte] [data1][data2]……...

【PyTorch】教程:torch.nn.Hardshrink

torch.nn.Hardshrink CLASS torch.nn.Hardshrink(lambd0.5) 参数 lambd ([float]) – the λ\lambdaλ 默认为 0.5 定义 HardShrink(x){x,if x>λx,if x<−λ0,otherwise \text{HardShrink}(x) \begin{cases} x, & \text{ if } x > \lambda \\ x, & \text{…...

JavaScript 函数参数

JavaScript 函数对参数的值(arguments)没有进行任何的检查。JavaScript 函数参数与大多数其他语言的函数参数的区别在于&#xff1a;它不会关注有多少个参数被传递&#xff0c;不关注传递的参数的数据类型。函数显式参数与隐藏参数(arguments)在先前的教程中&#xff0c;我们已…...

【C】标准IO库函数

fopen/fclose #include <stdio.h>FILE *fopen(const char *path, const char *mode); 返回值&#xff1a;成功返回文件指针&#xff0c;出错返回NULL并设置errnoint fclose(FILE *fp); 返回值&#xff1a;成功返回0&#xff0c;出错返回EOF并设置errnomode参数是一个字符…...

http客户端Feign

Feign替代RestTemplate RestTemplate方式调用存在的缺陷 String url"http://userservice/user/"order.getUserId();User user restTemplate.getForObject(url, User.class); 代码可读性差&#xff0c;变成体验不统一&#xff1b; 参数复杂的时候URL难以维护。 &l…...

如何在Java中使用枚举类:从入门到进阶

枚举类是Java中一种特殊的数据类型&#xff0c;它允许我们将一组有限的值作为一组常量来使用&#xff0c;这些常量在代码中具有固定的名称和类型。在Java中&#xff0c;枚举类通常用于代表状态、选项和类别等具有离散值的变量。本篇博客将深入探讨Java中的枚举类&#xff0c;包…...

操作系统(1.2)--引论

目录 一、操作系统的基本特性 1.并发性 1.1 并行与并发 1.2 引入进程 2.共享性 2.1 互斥共享方式 2.3 同时访问方式 3.虚拟 3.1 时分复用技术 4. 异 步 二、操作系统的主要功能 1.处理机管理功能 1.1 进程控制 1.2 进程同步 1.3 进程通信 1.4 调度 2. 内…...

【Linux】 shell if的[]和[[]]区别

文章目录[]和test[]和[[]]区别总结参考[]和test Shell中的 test 命令用于检查某个条件是否成立&#xff0c;它可以进行数值、字符和文件三个方面的测试 test常用于 if &#xff0c;作为判断条件&#xff0c;if test等价于 if [ ]&#xff0c;因此&#xff0c;test和[] 内的内…...

利用flask解析海康摄像头视频

利用flask解析海康摄像头视频利用flask解析海康摄像头和大华摄像头的视频一、安装依赖包二、获取海康摄像头视频流三、将视频流输出到Web页面四、 创建HTML模板文件利用flask解析海康摄像头和大华摄像头的视频 作为AI智能的一种应用场景&#xff0c;视频监控系统已经在各个行业…...

./docker-compose.yml‘ is invalid

文章目录前言提示原因版本太低解决方法更新删除原来不能执行的/usr/local/bin/docker-compose下载安装docker-compose添加权限前言 安装ctfd过程中的一些报错 rootubuntu:/CTFd# docker-compose up -d ERROR: The Compose file ./docker-compose.yml is invalid because: net…...

Visual Studio 项目属性页开发完全教程:从基础到高级

Visual Studio 项目属性页开发完全教程&#xff1a;从基础到高级 【免费下载链接】project-system The .NET Project System for Visual Studio 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/project-system Visual Studio 项目属性页是开发者管理项目配置的核心界面&a…...

Python基础语法:访问器@property和修改器@xxx.setter

一、简介 访问器和修改器也是装饰器的一种。 property: 访问器&#xff0c;getter xxx.setter: 修改器&#xff0c;setter 访问器和修改器的根本目的是想将属性私有化&#xff0c;提供getter&setter去访问。 访问器和修改器能够做到访问属性其实在调用getter方法&#xff0…...

浅聊26上半年软考架构师

2026年上半年架构师考试已然落幕&#xff0c;大家都考的如何&#xff1f;架构师共有三门考试&#xff0c;上午综合知识&#xff08;75道选择题&#xff09;案例分析&#xff0c;时间为8.30-12.30&#xff1b;下午论文&#xff0c;时间为14.30-16.30。下面说说我整体的备考过程。…...

论文创新点像挤牙膏?导师强推这几个AI论文平台

想写论文又快又好&#xff0c;关键是用对 AI 工具、走对流程——资深教授普遍推荐&#xff1a;千笔AI&#xff08;中文全流程首选&#xff09; 豆包学术版&#xff08;轻量高效&#xff09; DeepSeek 学术版&#xff08;理工 / 长文本&#xff09; Grammarly Academic&#xff…...

MySQL GROUP BY 原理与优化

我刚工作的时候&#xff0c;有次统计每个用户的订单总金额&#xff0c;写了 SELECT user_id, SUM(amount) FROM orders GROUP BY user_id&#xff0c;结果执行了 60 秒还没出结果。DBA 帮我一看执行计划&#xff0c;发现没走索引&#xff0c;导致 Using temporary&#xff08;用…...

UE5 Mac环境搭好了,然后呢?给新手的第一个5分钟:创建、操控并理解你的第一个角色

UE5 Mac环境搭好了&#xff0c;然后呢&#xff1f;给新手的第一个5分钟&#xff1a;创建、操控并理解你的第一个角色当你第一次打开UE5的Mac版本&#xff0c;面对那个闪烁着光芒的启动界面&#xff0c;内心可能既兴奋又忐忑。安装只是第一步&#xff0c;真正的旅程现在才开始。…...

phpMyAdmin CVE-2018-12613:从文件读取到RCE的伪协议利用链

1. 这个漏洞不是“能读文件”那么简单&#xff0c;而是后台权限的彻底失守phpMyAdmin 4.8.1里那个CVE-2018-12613&#xff0c;很多人扫到就报个“存在文件包含”&#xff0c;顺手贴个?targetphp://filter/convert.base64-encode/resource/etc/passwd截图完事。我去年在给一家教…...

Vue2-Verify:解决前端验证码安全性与用户体验平衡问题的技术方案实现

Vue2-Verify&#xff1a;解决前端验证码安全性与用户体验平衡问题的技术方案实现 【免费下载链接】vue2-verify vue的验证码插件 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/vu/vue2-verify 在当今Web应用开发中&#xff0c;验证码作为防止自动化攻击的关键安全组件&…...

如何深度定制索尼相机:Sony-PMCA-RE逆向工程工具完整指南

如何深度定制索尼相机&#xff1a;Sony-PMCA-RE逆向工程工具完整指南 【免费下载链接】Sony-PMCA-RE Reverse Engineering Sony Digital Cameras 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/so/Sony-PMCA-RE 索尼相机逆向工程工具Sony-PMCA-RE是一款专业的开源工具&…...

如何快速掌握MPC视频渲染器:面向初学者的完整教程

如何快速掌握MPC视频渲染器&#xff1a;面向初学者的完整教程 【免费下载链接】VideoRenderer Внешний видео-рендерер 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/vi/VideoRenderer 想要在Windows系统上获得影院级的视频播放体验吗&#xff1f;MPC…...