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科研绘图系列：R语言STAMP图（STAMP Plot）

news 2025/9/15 12:56:11

介绍

STAMP图（STAMP plot）并非一个广泛认知的、具有特定名称的图表类型，而是可能指在STAMP（Statistical Analysis of Metagenomic Profiles：“STAMP: statistical analysis of taxonomic and functional profiles”）软件使用过程中生成的各种统计和可视化图表的总称。STAMP是一款用于分析宏基因组（metagenomic）数据（如物种注释和功能注释）的软件包，它支持统计假设检验、提供多种探索性图表，并鼓励使用效应大小和置信区间来评估生物学重要性。通常我们会在两组比较采用下图方式（现在我们使用ggplot2实现该软件的这项功能）：
在这里插入图片描述

该STAMP图可以提供以下信息：

  1. 效应大小的可视化：通过条形图或点图展示不同组或条件下的效应大小。
  2. 置信区间：通过误差条或点的垂直线展示效应大小的不确定性或可信度。
  3. 组间比较：通过并排展示不同组的数据，可以直观地比较它们之间的差异。
  4. 统计显著性：通常通过星号或其他标记来表示统计显著性水平。

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