当前位置: 首页 > news >正文

关于RiboSeq分析流程的总结

最近关注了一下RiboSeq的分析方法,方法挺多的,但是无论哪种软件,都会存在或多或少的问题,一点问题不存在的软件不存在,问题的原因出在,1.有的脚本是用python2编写的,目前python2已经不能用了 2.有的没有安装权限 3.有的package过于老旧已经和python3不兼容了

1.RiboTaper

按照官方流程分析

1.1 直接运行:create_annotations_files.bash

1.2 直接运行:create_metaplots.bash

1.3 直接运行:Ribotaper.sh

这一步脚本的步骤比较多,并且中途会报错,接下来就需要自己调整脚本运行了:
3.1

nohup /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec/tracks_analysis_multiprocessing.R nonccds 10 /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec &
nohup /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec/annotate_exons.R ../annotation/ 10 &

相关文章:

关于RiboSeq分析流程的总结

最近关注了一下RiboSeq的分析方法,方法挺多的,但是无论哪种软件,都会存在或多或少的问题,一点问题不存在的软件不存在,问题的原因出在,1.有的脚本是用python2编写的,目前python2已经不能用了 2.…...

NLP任务:情感分析、看图说话

我可不向其他博主那样拖泥带水,我有代码就直接贴在文章里,或者放到gitee供你们参考下载,虽然写的不咋滴,废话少说,上代码。 gitee码云地址: 卢东艺/pytorch_cv_nlp - 码云 - 开源中国 (gitee.com)https:/…...

Linux桌面溯源

X窗口系统(X Window System) Linux起源于X窗口系统(X Window System),亦即常说的X11,因其版本止于11之故。 X窗口系统(X Window System,也常称为X11或X)是一种以位图方式显示的软件窗口系统。…...

深入Linux:权限管理与常用命令详解

文章目录 ❤️Linux常用指令🩷zip/unzip指令🩷tar指令🩷bc指令🩷uname指令🩷shutdown指令 ❤️shell命令以及原理❤️什么是 Shell 命令❤️Linux权限管理的概念❤️Linux权限管理🩷文件访问者的分类&#…...

Mojo 编程语言:AI开发者的新宠儿

Mojo(Meta Object Oriented programming for Java Objects)是一种面向对象的编程语言,旨在简化和加速Java应用程序的开发过程。作为近年来新兴的编程语言,Mojo因其与Java的紧密集成以及AI开发领域的应用潜力而逐渐成为AI开发者的新…...

ARM/Linux嵌入式面经(十):极氪

开篇强调两个事情: pdf文件都在百度网盘群:911289806一定要把超链接里面的文章看了,那都是为了你们写的。老板!!!现在多学点,涨个2k工资,真的很值得。要不吃学习的苦,要不吃生活的苦。 1. 自我介绍 专开新篇,等我! 2. 项目介绍,提问 专开新篇,等我! 3. SPI通信和…...

【PVE】新增2.5G网卡作为主网卡暨iperf测速流程

【PVE】新增2.5G网卡作为主网卡暨iperf测速流程 新增网卡 新增网卡的首先当然需要关闭PVE母机,把新网卡插上,我用淘宝遥现金搞了个红包,花了26元买了块SSU的2.5G网卡。说实话这个价位连散热片都没有,确实挺丐的。稍后测下速度看…...

数学建模美赛入门

数学建模需要的学科知识 高等数学线性代数 有很多算法的掌握是需要高等数学和线代的相关知识 如:灰色预测模型需要微积分知识;神经网络需要用到导数知识;图论和层次分析法等都需要用到矩阵计算的相关知识等; 概率论与数理统计&am…...

两段序列帧动画播放,在ios机型上出现闪屏

使用场景:两段序列帧动画连接播放,先播放第一段播一次,再播放第二段,第二段循环播放,在ios机型上出现动画闪动,播放不正常。 错误的写法:把每一段序列帧动画单独写在了定义的动画里 .gacha-bg…...

【C++深度探索】全面解析多态性机制(二)

🔥 个人主页:大耳朵土土垚 🔥 所属专栏:C从入门至进阶 这里将会不定期更新有关C/C的内容,欢迎大家点赞,收藏,评论🥳🥳🎉🎉🎉 前言 我…...

MySQL配置数据库的连接命令

MySQL配置数据库连接命令 在MySQL中,配置数据库连接的命令涉及创建用户、授予权限、配置主从复制等多个方面。以下是常用的命令及其用途: 创建用户 创建一个新的数据库用户并为其设置密码: CREATE USER usernamehost IDENTIFIED BY passwo…...

[PaddlePaddle飞桨] PaddleSpeech-自动语音识别-小模型部署

PaddleSpeech的GitHub项目地址 环境要求&#xff1a; gcc > 4.8.5 paddlepaddle < 2.5.1 python > 3.8 OS support: Linux(recommend), Windows, Mac OSXpip下载指令&#xff1a; python -m pip install paddlepaddle-gpu2.5.1 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.c…...

redis查询慢,你们是如何排查优化的?(总结篇)

1&#xff0c;先进行基准测试&#xff0c;查看redis是否存在查询过慢情况&#xff0c;根据自己的情况而定 2、检查网络连接是否出现延迟&#xff0c;数据丢包问题&#xff08;可能性小 3、开启慢查询日志&#xff0c;通过日志可以清楚知道哪些命令比较耗时&#xff0c;同时避…...

Docker 容器出现 IP 冲突

Docker 容器出现 IP 冲突的情况可能由以下几个原因导致&#xff1a; 静态 IP 分配&#xff1a;如果你在 docker-compose.yml 文件中为多个容器手动设置了相同的静态 IP 地址&#xff0c;那么这些容器在启动时就会出现 IP 冲突。确保每个容器分配的静态 IP 地址是唯一的。桥接网…...

paddlepaddle2.6,paddleorc2.8,cuda12,cudnn,nccl,python10环境

1.安装英伟达显卡驱动 首先需要到NAVIDIA官网去查自己的电脑是不是支持GPU运算。 网址是&#xff1a;CUDA GPUs | NVIDIA Developer。打开后的界面大致如下&#xff0c;只要里边有对应的型号就可以用GPU运算&#xff0c;并且每一款设备都列出来相关的计算能力&#xff08;Compu…...

【D3.js in Action 3 精译】1.3 D3 视角下的数据可视化最佳实践(上)

当前内容所在位置 第一部分 D3.js 基础知识 第一章 D3.js 简介 1.1 何为 D3.js&#xff1f;1.2 D3 生态系统——入门须知 1.2.1 HTML 与 DOM1.2.2 SVG - 可缩放矢量图形1.2.3 Canvas 与 WebGL1.2.4 CSS1.2.5 JavaScript1.2.6 Node 与 JavaScript 框架1.2.7 Observable 记事本 1…...

如何在Linux上如何配置虚拟主机

在Linux上配置虚拟主机可以通过使用Apache HTTP服务器来实现。Apache是一个开源的跨平台的Web服务器软件&#xff0c;可以在多种操作系统上运行并支持虚拟主机的配置。 以下是在Linux上配置虚拟主机的步骤&#xff1a; 安装Apache HTTP服务器 在终端中运行以下命令来安装Apache…...

c语言alpha-beta剪枝六子棋

c语言Alpha-Beta剪枝算法六子棋[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-2i5w8kc1-1720756528545)(https://i-blog.csdnimg.cn/direct/464b9db7d6384a63ab8c3213efff0e99.png)] 1.介绍 Alpha-Beta剪枝算法是一种用于优化博弈树搜索的算法&…...

基于PyTorch深度学习实践技术应用

近年来&#xff0c;Python语言由于其开源、简单等特点&#xff0c;受到了广大程序开发者的偏爱&#xff0c;丰富的函数库使得其在各行各业中得到了广泛的应用。伴随着新一轮人工智能&#xff08;尤其是深度学习&#xff09;的快速发展&#xff0c;许多深度学习框架应运而生&…...

数据湖仓一体(五)安装spark

上传安装包到/opt/software目录并解压 [bigdatanode106 software]$ tar -zxvf spark-3.3.1-bin-hadoop3.tgz -C /opt/services/ 重命名文件 [bigdatanode106 services]$ mv spark-3.3.1-bin-hadoop3 spark-3.3.1 配置环境变量 [bigdatanode106 ~]$ sudo vim /etc/profile…...

OpenClaw+GLM-4.7-Flash:自动化会议纪要生成实践

OpenClawGLM-4.7-Flash&#xff1a;自动化会议纪要生成实践 1. 为什么需要自动化会议纪要 每周三下午的团队例会是我最头疼的时刻。作为技术负责人&#xff0c;我需要同时参与讨论、记录关键决策点、跟踪行动项&#xff0c;最后还要整理成文档发给全员。手忙脚乱的结果往往是…...

基于python+Vue的高校课程考勤成绩管理系统

目录功能模块划分技术实现要点数据库设计扩展功能建议安全与合规项目技术支持源码获取详细视频演示 &#xff1a;文章底部获取博主联系方式&#xff01;同行可合作功能模块划分 Python后端核心功能 用户认证与权限管理&#xff1a;基于JWT或Session实现多角色&#xff08;管理…...

程序员成长之路:从技术热爱到工程艺术

1. 程序人生&#xff1a;从技术热爱到工程艺术1.1 技术启蒙与早期实践1987年进入武汉大学计算机系标志着一段技术人生的开始。最初接触的是Motorola 68000处理器系统&#xff0c;配置540KB内存&#xff0c;运行UNIX操作系统。这种八人共享的计算环境成为编程技术的第一课堂。大…...

OpenClaw 的模型推理是否支持异步非阻塞调用?如何实现?

在讨论OpenClaw模型推理是否支持异步非阻塞调用之前&#xff0c;不妨先回想一下日常生活中的一个场景。假设你需要同时处理几件事&#xff1a;一边用洗衣机洗衣服&#xff0c;一边在厨房煮汤&#xff0c;同时还在回复工作邮件。如果这三件事必须一件接一件地做&#xff0c;等衣…...

从文档智能处理到自动化工作流:现代开发技能的全栈实践

从文档智能处理到自动化工作流&#xff1a;现代开发技能的全栈实践 【免费下载链接】skills 本仓库包含的技能展示了Claude技能系统的潜力。这些技能涵盖从创意应用到技术任务、再到企业工作流。 项目地址: https://gitcode.com/GitHub_Trending/skills3/skills 在日常开…...

dry容器管理实战:从创建、启动到停止删除的全流程操作

dry容器管理实战&#xff1a;从创建、启动到停止删除的全流程操作 【免费下载链接】dry moncho/dry: dry&#xff08;Docker Run Commands&#xff09;是一款命令行工具&#xff0c;旨在简化对Docker容器的操作管理&#xff0c;提供了一种简洁的方式创建、启动、停止和删除Dock…...

leetcode-hot100-15动态规划

4.动态规划 文章目录 4.动态规划 70.爬楼梯 方法一:c 方法一:js 方法一:java 118. 杨辉三角 方法一:c 方法一:js 方法一:java 198. 打家劫舍 方法一:c 方法一:js 方法一:java 279. 完全平方数 方法一:c 方法一:js 方法一:java 322. 零钱兑换 方法一:c 方法一:js …...

RISC-V开发工具链技术解析与选型指南

1. RISC-V开发工具链技术解析1.1 RISC-V生态发展背景随着处理器架构领域对开放性和灵活性的需求增长&#xff0c;RISC-V指令集架构凭借其开源特性获得了广泛关注。与传统架构相比&#xff0c;RISC-V免除了授权费用&#xff0c;降低了开发门槛&#xff0c;这使得芯片厂商和工具链…...

2025版等离子体期刊分区解析:从PRL到PPAP的投稿指南

1. 2025版等离子体期刊分区概览 对于从事等离子体研究的科研人员来说&#xff0c;选择合适的期刊投稿是研究成果传播的关键一步。2025版中科院期刊分区将等离子体相关期刊划分为三个主要层级&#xff0c;每个层级都有其独特的定位和特点。 先说说最顶级的中科院一区期刊。这个层…...

如何利用Outline构建现代化团队知识管理体系

如何利用Outline构建现代化团队知识管理体系 【免费下载链接】outline Outline 是一个基于 React 和 Node.js 打造的快速、协作式团队知识库。它可以让团队方便地存储和管理知识信息。你可以直接使用其托管版本&#xff0c;也可以自己运行或参与开发。源项目地址&#xff1a;ht…...