关于RiboSeq分析流程的总结
最近关注了一下RiboSeq的分析方法,方法挺多的,但是无论哪种软件,都会存在或多或少的问题,一点问题不存在的软件不存在,问题的原因出在,1.有的脚本是用python2编写的,目前python2已经不能用了 2.有的没有安装权限 3.有的package过于老旧已经和python3不兼容了
1.RiboTaper
按照官方流程分析
1.1 直接运行:create_annotations_files.bash
1.2 直接运行:create_metaplots.bash
1.3 直接运行:Ribotaper.sh
这一步脚本的步骤比较多,并且中途会报错,接下来就需要自己调整脚本运行了:
3.1
nohup /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec/tracks_analysis_multiprocessing.R nonccds 10 /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec &
nohup /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec/annotate_exons.R ../annotation/ 10 &
相关文章:
关于RiboSeq分析流程的总结
最近关注了一下RiboSeq的分析方法,方法挺多的,但是无论哪种软件,都会存在或多或少的问题,一点问题不存在的软件不存在,问题的原因出在,1.有的脚本是用python2编写的,目前python2已经不能用了 2.…...
NLP任务:情感分析、看图说话
我可不向其他博主那样拖泥带水,我有代码就直接贴在文章里,或者放到gitee供你们参考下载,虽然写的不咋滴,废话少说,上代码。 gitee码云地址: 卢东艺/pytorch_cv_nlp - 码云 - 开源中国 (gitee.com)https:/…...
Linux桌面溯源
X窗口系统(X Window System) Linux起源于X窗口系统(X Window System),亦即常说的X11,因其版本止于11之故。 X窗口系统(X Window System,也常称为X11或X)是一种以位图方式显示的软件窗口系统。…...
深入Linux:权限管理与常用命令详解
文章目录 ❤️Linux常用指令🩷zip/unzip指令🩷tar指令🩷bc指令🩷uname指令🩷shutdown指令 ❤️shell命令以及原理❤️什么是 Shell 命令❤️Linux权限管理的概念❤️Linux权限管理🩷文件访问者的分类&#…...
Mojo 编程语言:AI开发者的新宠儿
Mojo(Meta Object Oriented programming for Java Objects)是一种面向对象的编程语言,旨在简化和加速Java应用程序的开发过程。作为近年来新兴的编程语言,Mojo因其与Java的紧密集成以及AI开发领域的应用潜力而逐渐成为AI开发者的新…...
ARM/Linux嵌入式面经(十):极氪
开篇强调两个事情: pdf文件都在百度网盘群:911289806一定要把超链接里面的文章看了,那都是为了你们写的。老板!!!现在多学点,涨个2k工资,真的很值得。要不吃学习的苦,要不吃生活的苦。 1. 自我介绍 专开新篇,等我! 2. 项目介绍,提问 专开新篇,等我! 3. SPI通信和…...
【PVE】新增2.5G网卡作为主网卡暨iperf测速流程
【PVE】新增2.5G网卡作为主网卡暨iperf测速流程 新增网卡 新增网卡的首先当然需要关闭PVE母机,把新网卡插上,我用淘宝遥现金搞了个红包,花了26元买了块SSU的2.5G网卡。说实话这个价位连散热片都没有,确实挺丐的。稍后测下速度看…...
数学建模美赛入门
数学建模需要的学科知识 高等数学线性代数 有很多算法的掌握是需要高等数学和线代的相关知识 如:灰色预测模型需要微积分知识;神经网络需要用到导数知识;图论和层次分析法等都需要用到矩阵计算的相关知识等; 概率论与数理统计&am…...
两段序列帧动画播放,在ios机型上出现闪屏
使用场景:两段序列帧动画连接播放,先播放第一段播一次,再播放第二段,第二段循环播放,在ios机型上出现动画闪动,播放不正常。 错误的写法:把每一段序列帧动画单独写在了定义的动画里 .gacha-bg…...
【C++深度探索】全面解析多态性机制(二)
🔥 个人主页:大耳朵土土垚 🔥 所属专栏:C从入门至进阶 这里将会不定期更新有关C/C的内容,欢迎大家点赞,收藏,评论🥳🥳🎉🎉🎉 前言 我…...
MySQL配置数据库的连接命令
MySQL配置数据库连接命令 在MySQL中,配置数据库连接的命令涉及创建用户、授予权限、配置主从复制等多个方面。以下是常用的命令及其用途: 创建用户 创建一个新的数据库用户并为其设置密码: CREATE USER usernamehost IDENTIFIED BY passwo…...
[PaddlePaddle飞桨] PaddleSpeech-自动语音识别-小模型部署
PaddleSpeech的GitHub项目地址 环境要求: gcc > 4.8.5 paddlepaddle < 2.5.1 python > 3.8 OS support: Linux(recommend), Windows, Mac OSXpip下载指令: python -m pip install paddlepaddle-gpu2.5.1 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.c…...
redis查询慢,你们是如何排查优化的?(总结篇)
1,先进行基准测试,查看redis是否存在查询过慢情况,根据自己的情况而定 2、检查网络连接是否出现延迟,数据丢包问题(可能性小 3、开启慢查询日志,通过日志可以清楚知道哪些命令比较耗时,同时避…...
Docker 容器出现 IP 冲突
Docker 容器出现 IP 冲突的情况可能由以下几个原因导致: 静态 IP 分配:如果你在 docker-compose.yml 文件中为多个容器手动设置了相同的静态 IP 地址,那么这些容器在启动时就会出现 IP 冲突。确保每个容器分配的静态 IP 地址是唯一的。桥接网…...
paddlepaddle2.6,paddleorc2.8,cuda12,cudnn,nccl,python10环境
1.安装英伟达显卡驱动 首先需要到NAVIDIA官网去查自己的电脑是不是支持GPU运算。 网址是:CUDA GPUs | NVIDIA Developer。打开后的界面大致如下,只要里边有对应的型号就可以用GPU运算,并且每一款设备都列出来相关的计算能力(Compu…...
【D3.js in Action 3 精译】1.3 D3 视角下的数据可视化最佳实践(上)
当前内容所在位置 第一部分 D3.js 基础知识 第一章 D3.js 简介 1.1 何为 D3.js?1.2 D3 生态系统——入门须知 1.2.1 HTML 与 DOM1.2.2 SVG - 可缩放矢量图形1.2.3 Canvas 与 WebGL1.2.4 CSS1.2.5 JavaScript1.2.6 Node 与 JavaScript 框架1.2.7 Observable 记事本 1…...
如何在Linux上如何配置虚拟主机
在Linux上配置虚拟主机可以通过使用Apache HTTP服务器来实现。Apache是一个开源的跨平台的Web服务器软件,可以在多种操作系统上运行并支持虚拟主机的配置。 以下是在Linux上配置虚拟主机的步骤: 安装Apache HTTP服务器 在终端中运行以下命令来安装Apache…...
c语言alpha-beta剪枝六子棋
c语言Alpha-Beta剪枝算法六子棋[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-2i5w8kc1-1720756528545)(https://i-blog.csdnimg.cn/direct/464b9db7d6384a63ab8c3213efff0e99.png)] 1.介绍 Alpha-Beta剪枝算法是一种用于优化博弈树搜索的算法&…...
基于PyTorch深度学习实践技术应用
近年来,Python语言由于其开源、简单等特点,受到了广大程序开发者的偏爱,丰富的函数库使得其在各行各业中得到了广泛的应用。伴随着新一轮人工智能(尤其是深度学习)的快速发展,许多深度学习框架应运而生&…...
数据湖仓一体(五)安装spark
上传安装包到/opt/software目录并解压 [bigdatanode106 software]$ tar -zxvf spark-3.3.1-bin-hadoop3.tgz -C /opt/services/ 重命名文件 [bigdatanode106 services]$ mv spark-3.3.1-bin-hadoop3 spark-3.3.1 配置环境变量 [bigdatanode106 ~]$ sudo vim /etc/profile…...
rknn优化教程(二)
文章目录 1. 前述2. 三方库的封装2.1 xrepo中的库2.2 xrepo之外的库2.2.1 opencv2.2.2 rknnrt2.2.3 spdlog 3. rknn_engine库 1. 前述 OK,开始写第二篇的内容了。这篇博客主要能写一下: 如何给一些三方库按照xmake方式进行封装,供调用如何按…...
Java 8 Stream API 入门到实践详解
一、告别 for 循环! 传统痛点: Java 8 之前,集合操作离不开冗长的 for 循环和匿名类。例如,过滤列表中的偶数: List<Integer> list Arrays.asList(1, 2, 3, 4, 5); List<Integer> evens new ArrayList…...
相机Camera日志实例分析之二:相机Camx【专业模式开启直方图拍照】单帧流程日志详解
【关注我,后续持续新增专题博文,谢谢!!!】 上一篇我们讲了: 这一篇我们开始讲: 目录 一、场景操作步骤 二、日志基础关键字分级如下 三、场景日志如下: 一、场景操作步骤 操作步…...
蓝牙 BLE 扫描面试题大全(2):进阶面试题与实战演练
前文覆盖了 BLE 扫描的基础概念与经典问题蓝牙 BLE 扫描面试题大全(1):从基础到实战的深度解析-CSDN博客,但实际面试中,企业更关注候选人对复杂场景的应对能力(如多设备并发扫描、低功耗与高发现率的平衡)和前沿技术的…...
LLM基础1_语言模型如何处理文本
基于GitHub项目:https://github.com/datawhalechina/llms-from-scratch-cn 工具介绍 tiktoken:OpenAI开发的专业"分词器" torch:Facebook开发的强力计算引擎,相当于超级计算器 理解词嵌入:给词语画"…...
【C语言练习】080. 使用C语言实现简单的数据库操作
080. 使用C语言实现简单的数据库操作 080. 使用C语言实现简单的数据库操作使用原生APIODBC接口第三方库ORM框架文件模拟1. 安装SQLite2. 示例代码:使用SQLite创建数据库、表和插入数据3. 编译和运行4. 示例运行输出:5. 注意事项6. 总结080. 使用C语言实现简单的数据库操作 在…...
用docker来安装部署freeswitch记录
今天刚才测试一个callcenter的项目,所以尝试安装freeswitch 1、使用轩辕镜像 - 中国开发者首选的专业 Docker 镜像加速服务平台 编辑下面/etc/docker/daemon.json文件为 {"registry-mirrors": ["https://docker.xuanyuan.me"] }同时可以进入轩…...
Java求职者面试指南:Spring、Spring Boot、MyBatis框架与计算机基础问题解析
Java求职者面试指南:Spring、Spring Boot、MyBatis框架与计算机基础问题解析 一、第一轮提问(基础概念问题) 1. 请解释Spring框架的核心容器是什么?它在Spring中起到什么作用? Spring框架的核心容器是IoC容器&#…...
推荐 github 项目:GeminiImageApp(图片生成方向,可以做一定的素材)
推荐 github 项目:GeminiImageApp(图片生成方向,可以做一定的素材) 这个项目能干嘛? 使用 gemini 2.0 的 api 和 google 其他的 api 来做衍生处理 简化和优化了文生图和图生图的行为(我的最主要) 并且有一些目标检测和切割(我用不到) 视频和 imagefx 因为没 a…...
LRU 缓存机制详解与实现(Java版) + 力扣解决
📌 LRU 缓存机制详解与实现(Java版) 一、📖 问题背景 在日常开发中,我们经常会使用 缓存(Cache) 来提升性能。但由于内存有限,缓存不可能无限增长,于是需要策略决定&am…...
