关于RiboSeq分析流程的总结
最近关注了一下RiboSeq的分析方法,方法挺多的,但是无论哪种软件,都会存在或多或少的问题,一点问题不存在的软件不存在,问题的原因出在,1.有的脚本是用python2编写的,目前python2已经不能用了 2.有的没有安装权限 3.有的package过于老旧已经和python3不兼容了
1.RiboTaper
按照官方流程分析
1.1 直接运行:create_annotations_files.bash
1.2 直接运行:create_metaplots.bash
1.3 直接运行:Ribotaper.sh
这一步脚本的步骤比较多,并且中途会报错,接下来就需要自己调整脚本运行了:
3.1
nohup /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec/tracks_analysis_multiprocessing.R nonccds 10 /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec &
nohup /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec/annotate_exons.R ../annotation/ 10 &
相关文章:
关于RiboSeq分析流程的总结
最近关注了一下RiboSeq的分析方法,方法挺多的,但是无论哪种软件,都会存在或多或少的问题,一点问题不存在的软件不存在,问题的原因出在,1.有的脚本是用python2编写的,目前python2已经不能用了 2.…...
NLP任务:情感分析、看图说话
我可不向其他博主那样拖泥带水,我有代码就直接贴在文章里,或者放到gitee供你们参考下载,虽然写的不咋滴,废话少说,上代码。 gitee码云地址: 卢东艺/pytorch_cv_nlp - 码云 - 开源中国 (gitee.com)https:/…...
Linux桌面溯源
X窗口系统(X Window System) Linux起源于X窗口系统(X Window System),亦即常说的X11,因其版本止于11之故。 X窗口系统(X Window System,也常称为X11或X)是一种以位图方式显示的软件窗口系统。…...
深入Linux:权限管理与常用命令详解
文章目录 ❤️Linux常用指令🩷zip/unzip指令🩷tar指令🩷bc指令🩷uname指令🩷shutdown指令 ❤️shell命令以及原理❤️什么是 Shell 命令❤️Linux权限管理的概念❤️Linux权限管理🩷文件访问者的分类&#…...
Mojo 编程语言:AI开发者的新宠儿
Mojo(Meta Object Oriented programming for Java Objects)是一种面向对象的编程语言,旨在简化和加速Java应用程序的开发过程。作为近年来新兴的编程语言,Mojo因其与Java的紧密集成以及AI开发领域的应用潜力而逐渐成为AI开发者的新…...
ARM/Linux嵌入式面经(十):极氪
开篇强调两个事情: pdf文件都在百度网盘群:911289806一定要把超链接里面的文章看了,那都是为了你们写的。老板!!!现在多学点,涨个2k工资,真的很值得。要不吃学习的苦,要不吃生活的苦。 1. 自我介绍 专开新篇,等我! 2. 项目介绍,提问 专开新篇,等我! 3. SPI通信和…...
【PVE】新增2.5G网卡作为主网卡暨iperf测速流程
【PVE】新增2.5G网卡作为主网卡暨iperf测速流程 新增网卡 新增网卡的首先当然需要关闭PVE母机,把新网卡插上,我用淘宝遥现金搞了个红包,花了26元买了块SSU的2.5G网卡。说实话这个价位连散热片都没有,确实挺丐的。稍后测下速度看…...
数学建模美赛入门
数学建模需要的学科知识 高等数学线性代数 有很多算法的掌握是需要高等数学和线代的相关知识 如:灰色预测模型需要微积分知识;神经网络需要用到导数知识;图论和层次分析法等都需要用到矩阵计算的相关知识等; 概率论与数理统计&am…...
两段序列帧动画播放,在ios机型上出现闪屏
使用场景:两段序列帧动画连接播放,先播放第一段播一次,再播放第二段,第二段循环播放,在ios机型上出现动画闪动,播放不正常。 错误的写法:把每一段序列帧动画单独写在了定义的动画里 .gacha-bg…...
【C++深度探索】全面解析多态性机制(二)
🔥 个人主页:大耳朵土土垚 🔥 所属专栏:C从入门至进阶 这里将会不定期更新有关C/C的内容,欢迎大家点赞,收藏,评论🥳🥳🎉🎉🎉 前言 我…...
MySQL配置数据库的连接命令
MySQL配置数据库连接命令 在MySQL中,配置数据库连接的命令涉及创建用户、授予权限、配置主从复制等多个方面。以下是常用的命令及其用途: 创建用户 创建一个新的数据库用户并为其设置密码: CREATE USER usernamehost IDENTIFIED BY passwo…...
[PaddlePaddle飞桨] PaddleSpeech-自动语音识别-小模型部署
PaddleSpeech的GitHub项目地址 环境要求: gcc > 4.8.5 paddlepaddle < 2.5.1 python > 3.8 OS support: Linux(recommend), Windows, Mac OSXpip下载指令: python -m pip install paddlepaddle-gpu2.5.1 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.c…...
redis查询慢,你们是如何排查优化的?(总结篇)
1,先进行基准测试,查看redis是否存在查询过慢情况,根据自己的情况而定 2、检查网络连接是否出现延迟,数据丢包问题(可能性小 3、开启慢查询日志,通过日志可以清楚知道哪些命令比较耗时,同时避…...
Docker 容器出现 IP 冲突
Docker 容器出现 IP 冲突的情况可能由以下几个原因导致: 静态 IP 分配:如果你在 docker-compose.yml 文件中为多个容器手动设置了相同的静态 IP 地址,那么这些容器在启动时就会出现 IP 冲突。确保每个容器分配的静态 IP 地址是唯一的。桥接网…...
paddlepaddle2.6,paddleorc2.8,cuda12,cudnn,nccl,python10环境
1.安装英伟达显卡驱动 首先需要到NAVIDIA官网去查自己的电脑是不是支持GPU运算。 网址是:CUDA GPUs | NVIDIA Developer。打开后的界面大致如下,只要里边有对应的型号就可以用GPU运算,并且每一款设备都列出来相关的计算能力(Compu…...
【D3.js in Action 3 精译】1.3 D3 视角下的数据可视化最佳实践(上)
当前内容所在位置 第一部分 D3.js 基础知识 第一章 D3.js 简介 1.1 何为 D3.js?1.2 D3 生态系统——入门须知 1.2.1 HTML 与 DOM1.2.2 SVG - 可缩放矢量图形1.2.3 Canvas 与 WebGL1.2.4 CSS1.2.5 JavaScript1.2.6 Node 与 JavaScript 框架1.2.7 Observable 记事本 1…...
如何在Linux上如何配置虚拟主机
在Linux上配置虚拟主机可以通过使用Apache HTTP服务器来实现。Apache是一个开源的跨平台的Web服务器软件,可以在多种操作系统上运行并支持虚拟主机的配置。 以下是在Linux上配置虚拟主机的步骤: 安装Apache HTTP服务器 在终端中运行以下命令来安装Apache…...
c语言alpha-beta剪枝六子棋
c语言Alpha-Beta剪枝算法六子棋[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-2i5w8kc1-1720756528545)(https://i-blog.csdnimg.cn/direct/464b9db7d6384a63ab8c3213efff0e99.png)] 1.介绍 Alpha-Beta剪枝算法是一种用于优化博弈树搜索的算法&…...
基于PyTorch深度学习实践技术应用
近年来,Python语言由于其开源、简单等特点,受到了广大程序开发者的偏爱,丰富的函数库使得其在各行各业中得到了广泛的应用。伴随着新一轮人工智能(尤其是深度学习)的快速发展,许多深度学习框架应运而生&…...
数据湖仓一体(五)安装spark
上传安装包到/opt/software目录并解压 [bigdatanode106 software]$ tar -zxvf spark-3.3.1-bin-hadoop3.tgz -C /opt/services/ 重命名文件 [bigdatanode106 services]$ mv spark-3.3.1-bin-hadoop3 spark-3.3.1 配置环境变量 [bigdatanode106 ~]$ sudo vim /etc/profile…...
Python|GIF 解析与构建(5):手搓截屏和帧率控制
目录 Python|GIF 解析与构建(5):手搓截屏和帧率控制 一、引言 二、技术实现:手搓截屏模块 2.1 核心原理 2.2 代码解析:ScreenshotData类 2.2.1 截图函数:capture_screen 三、技术实现&…...
FastAPI 教程:从入门到实践
FastAPI 是一个现代、快速(高性能)的 Web 框架,用于构建 API,支持 Python 3.6。它基于标准 Python 类型提示,易于学习且功能强大。以下是一个完整的 FastAPI 入门教程,涵盖从环境搭建到创建并运行一个简单的…...
iPhone密码忘记了办?iPhoneUnlocker,iPhone解锁工具Aiseesoft iPhone Unlocker 高级注册版分享
平时用 iPhone 的时候,难免会碰到解锁的麻烦事。比如密码忘了、人脸识别 / 指纹识别突然不灵,或者买了二手 iPhone 却被原来的 iCloud 账号锁住,这时候就需要靠谱的解锁工具来帮忙了。Aiseesoft iPhone Unlocker 就是专门解决这些问题的软件&…...
DAY 47
三、通道注意力 3.1 通道注意力的定义 # 新增:通道注意力模块(SE模块) class ChannelAttention(nn.Module):"""通道注意力模块(Squeeze-and-Excitation)"""def __init__(self, in_channels, reduction_rat…...
ETLCloud可能遇到的问题有哪些?常见坑位解析
数据集成平台ETLCloud,主要用于支持数据的抽取(Extract)、转换(Transform)和加载(Load)过程。提供了一个简洁直观的界面,以便用户可以在不同的数据源之间轻松地进行数据迁移和转换。…...
全面解析各类VPN技术:GRE、IPsec、L2TP、SSL与MPLS VPN对比
目录 引言 VPN技术概述 GRE VPN 3.1 GRE封装结构 3.2 GRE的应用场景 GRE over IPsec 4.1 GRE over IPsec封装结构 4.2 为什么使用GRE over IPsec? IPsec VPN 5.1 IPsec传输模式(Transport Mode) 5.2 IPsec隧道模式(Tunne…...
Git 3天2K星标:Datawhale 的 Happy-LLM 项目介绍(附教程)
引言 在人工智能飞速发展的今天,大语言模型(Large Language Models, LLMs)已成为技术领域的焦点。从智能写作到代码生成,LLM 的应用场景不断扩展,深刻改变了我们的工作和生活方式。然而,理解这些模型的内部…...
PostgreSQL——环境搭建
一、Linux # 安装 PostgreSQL 15 仓库 sudo dnf install -y https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/reporpms/EL-$(rpm -E %{rhel})-x86_64/pgdg-redhat-repo-latest.noarch.rpm# 安装之前先确认是否已经存在PostgreSQL rpm -qa | grep postgres# 如果存在࿰…...
Scrapy-Redis分布式爬虫架构的可扩展性与容错性增强:基于微服务与容器化的解决方案
在大数据时代,海量数据的采集与处理成为企业和研究机构获取信息的关键环节。Scrapy-Redis作为一种经典的分布式爬虫架构,在处理大规模数据抓取任务时展现出强大的能力。然而,随着业务规模的不断扩大和数据抓取需求的日益复杂,传统…...
区块链技术概述
区块链技术是一种去中心化、分布式账本技术,通过密码学、共识机制和智能合约等核心组件,实现数据不可篡改、透明可追溯的系统。 一、核心技术 1. 去中心化 特点:数据存储在网络中的多个节点(计算机),而非…...
