关于RiboSeq分析流程的总结
最近关注了一下RiboSeq的分析方法,方法挺多的,但是无论哪种软件,都会存在或多或少的问题,一点问题不存在的软件不存在,问题的原因出在,1.有的脚本是用python2编写的,目前python2已经不能用了 2.有的没有安装权限 3.有的package过于老旧已经和python3不兼容了
1.RiboTaper
按照官方流程分析
1.1 直接运行:create_annotations_files.bash
1.2 直接运行:create_metaplots.bash
1.3 直接运行:Ribotaper.sh
这一步脚本的步骤比较多,并且中途会报错,接下来就需要自己调整脚本运行了:
3.1
nohup /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec/tracks_analysis_multiprocessing.R nonccds 10 /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec &
nohup /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec/annotate_exons.R ../annotation/ 10 &
相关文章:
关于RiboSeq分析流程的总结
最近关注了一下RiboSeq的分析方法,方法挺多的,但是无论哪种软件,都会存在或多或少的问题,一点问题不存在的软件不存在,问题的原因出在,1.有的脚本是用python2编写的,目前python2已经不能用了 2.…...
NLP任务:情感分析、看图说话
我可不向其他博主那样拖泥带水,我有代码就直接贴在文章里,或者放到gitee供你们参考下载,虽然写的不咋滴,废话少说,上代码。 gitee码云地址: 卢东艺/pytorch_cv_nlp - 码云 - 开源中国 (gitee.com)https:/…...
Linux桌面溯源
X窗口系统(X Window System) Linux起源于X窗口系统(X Window System),亦即常说的X11,因其版本止于11之故。 X窗口系统(X Window System,也常称为X11或X)是一种以位图方式显示的软件窗口系统。…...
深入Linux:权限管理与常用命令详解
文章目录 ❤️Linux常用指令🩷zip/unzip指令🩷tar指令🩷bc指令🩷uname指令🩷shutdown指令 ❤️shell命令以及原理❤️什么是 Shell 命令❤️Linux权限管理的概念❤️Linux权限管理🩷文件访问者的分类&#…...
Mojo 编程语言:AI开发者的新宠儿
Mojo(Meta Object Oriented programming for Java Objects)是一种面向对象的编程语言,旨在简化和加速Java应用程序的开发过程。作为近年来新兴的编程语言,Mojo因其与Java的紧密集成以及AI开发领域的应用潜力而逐渐成为AI开发者的新…...
ARM/Linux嵌入式面经(十):极氪
开篇强调两个事情: pdf文件都在百度网盘群:911289806一定要把超链接里面的文章看了,那都是为了你们写的。老板!!!现在多学点,涨个2k工资,真的很值得。要不吃学习的苦,要不吃生活的苦。 1. 自我介绍 专开新篇,等我! 2. 项目介绍,提问 专开新篇,等我! 3. SPI通信和…...
【PVE】新增2.5G网卡作为主网卡暨iperf测速流程
【PVE】新增2.5G网卡作为主网卡暨iperf测速流程 新增网卡 新增网卡的首先当然需要关闭PVE母机,把新网卡插上,我用淘宝遥现金搞了个红包,花了26元买了块SSU的2.5G网卡。说实话这个价位连散热片都没有,确实挺丐的。稍后测下速度看…...
数学建模美赛入门
数学建模需要的学科知识 高等数学线性代数 有很多算法的掌握是需要高等数学和线代的相关知识 如:灰色预测模型需要微积分知识;神经网络需要用到导数知识;图论和层次分析法等都需要用到矩阵计算的相关知识等; 概率论与数理统计&am…...
两段序列帧动画播放,在ios机型上出现闪屏
使用场景:两段序列帧动画连接播放,先播放第一段播一次,再播放第二段,第二段循环播放,在ios机型上出现动画闪动,播放不正常。 错误的写法:把每一段序列帧动画单独写在了定义的动画里 .gacha-bg…...
【C++深度探索】全面解析多态性机制(二)
🔥 个人主页:大耳朵土土垚 🔥 所属专栏:C从入门至进阶 这里将会不定期更新有关C/C的内容,欢迎大家点赞,收藏,评论🥳🥳🎉🎉🎉 前言 我…...
MySQL配置数据库的连接命令
MySQL配置数据库连接命令 在MySQL中,配置数据库连接的命令涉及创建用户、授予权限、配置主从复制等多个方面。以下是常用的命令及其用途: 创建用户 创建一个新的数据库用户并为其设置密码: CREATE USER usernamehost IDENTIFIED BY passwo…...
[PaddlePaddle飞桨] PaddleSpeech-自动语音识别-小模型部署
PaddleSpeech的GitHub项目地址 环境要求: gcc > 4.8.5 paddlepaddle < 2.5.1 python > 3.8 OS support: Linux(recommend), Windows, Mac OSXpip下载指令: python -m pip install paddlepaddle-gpu2.5.1 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.c…...
redis查询慢,你们是如何排查优化的?(总结篇)
1,先进行基准测试,查看redis是否存在查询过慢情况,根据自己的情况而定 2、检查网络连接是否出现延迟,数据丢包问题(可能性小 3、开启慢查询日志,通过日志可以清楚知道哪些命令比较耗时,同时避…...
Docker 容器出现 IP 冲突
Docker 容器出现 IP 冲突的情况可能由以下几个原因导致: 静态 IP 分配:如果你在 docker-compose.yml 文件中为多个容器手动设置了相同的静态 IP 地址,那么这些容器在启动时就会出现 IP 冲突。确保每个容器分配的静态 IP 地址是唯一的。桥接网…...
paddlepaddle2.6,paddleorc2.8,cuda12,cudnn,nccl,python10环境
1.安装英伟达显卡驱动 首先需要到NAVIDIA官网去查自己的电脑是不是支持GPU运算。 网址是:CUDA GPUs | NVIDIA Developer。打开后的界面大致如下,只要里边有对应的型号就可以用GPU运算,并且每一款设备都列出来相关的计算能力(Compu…...
【D3.js in Action 3 精译】1.3 D3 视角下的数据可视化最佳实践(上)
当前内容所在位置 第一部分 D3.js 基础知识 第一章 D3.js 简介 1.1 何为 D3.js?1.2 D3 生态系统——入门须知 1.2.1 HTML 与 DOM1.2.2 SVG - 可缩放矢量图形1.2.3 Canvas 与 WebGL1.2.4 CSS1.2.5 JavaScript1.2.6 Node 与 JavaScript 框架1.2.7 Observable 记事本 1…...
如何在Linux上如何配置虚拟主机
在Linux上配置虚拟主机可以通过使用Apache HTTP服务器来实现。Apache是一个开源的跨平台的Web服务器软件,可以在多种操作系统上运行并支持虚拟主机的配置。 以下是在Linux上配置虚拟主机的步骤: 安装Apache HTTP服务器 在终端中运行以下命令来安装Apache…...
c语言alpha-beta剪枝六子棋
c语言Alpha-Beta剪枝算法六子棋[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-2i5w8kc1-1720756528545)(https://i-blog.csdnimg.cn/direct/464b9db7d6384a63ab8c3213efff0e99.png)] 1.介绍 Alpha-Beta剪枝算法是一种用于优化博弈树搜索的算法&…...
基于PyTorch深度学习实践技术应用
近年来,Python语言由于其开源、简单等特点,受到了广大程序开发者的偏爱,丰富的函数库使得其在各行各业中得到了广泛的应用。伴随着新一轮人工智能(尤其是深度学习)的快速发展,许多深度学习框架应运而生&…...
数据湖仓一体(五)安装spark
上传安装包到/opt/software目录并解压 [bigdatanode106 software]$ tar -zxvf spark-3.3.1-bin-hadoop3.tgz -C /opt/services/ 重命名文件 [bigdatanode106 services]$ mv spark-3.3.1-bin-hadoop3 spark-3.3.1 配置环境变量 [bigdatanode106 ~]$ sudo vim /etc/profile…...
第19节 Node.js Express 框架
Express 是一个为Node.js设计的web开发框架,它基于nodejs平台。 Express 简介 Express是一个简洁而灵活的node.js Web应用框架, 提供了一系列强大特性帮助你创建各种Web应用,和丰富的HTTP工具。 使用Express可以快速地搭建一个完整功能的网站。 Expre…...
反向工程与模型迁移:打造未来商品详情API的可持续创新体系
在电商行业蓬勃发展的当下,商品详情API作为连接电商平台与开发者、商家及用户的关键纽带,其重要性日益凸显。传统商品详情API主要聚焦于商品基本信息(如名称、价格、库存等)的获取与展示,已难以满足市场对个性化、智能…...
2025年能源电力系统与流体力学国际会议 (EPSFD 2025)
2025年能源电力系统与流体力学国际会议(EPSFD 2025)将于本年度在美丽的杭州盛大召开。作为全球能源、电力系统以及流体力学领域的顶级盛会,EPSFD 2025旨在为来自世界各地的科学家、工程师和研究人员提供一个展示最新研究成果、分享实践经验及…...
23-Oracle 23 ai 区块链表(Blockchain Table)
小伙伴有没有在金融强合规的领域中遇见,必须要保持数据不可变,管理员都无法修改和留痕的要求。比如医疗的电子病历中,影像检查检验结果不可篡改行的,药品追溯过程中数据只可插入无法删除的特性需求;登录日志、修改日志…...
深入浅出:JavaScript 中的 `window.crypto.getRandomValues()` 方法
深入浅出:JavaScript 中的 window.crypto.getRandomValues() 方法 在现代 Web 开发中,随机数的生成看似简单,却隐藏着许多玄机。无论是生成密码、加密密钥,还是创建安全令牌,随机数的质量直接关系到系统的安全性。Jav…...
AtCoder 第409场初级竞赛 A~E题解
A Conflict 【题目链接】 原题链接:A - Conflict 【考点】 枚举 【题目大意】 找到是否有两人都想要的物品。 【解析】 遍历两端字符串,只有在同时为 o 时输出 Yes 并结束程序,否则输出 No。 【难度】 GESP三级 【代码参考】 #i…...
Cilium动手实验室: 精通之旅---20.Isovalent Enterprise for Cilium: Zero Trust Visibility
Cilium动手实验室: 精通之旅---20.Isovalent Enterprise for Cilium: Zero Trust Visibility 1. 实验室环境1.1 实验室环境1.2 小测试 2. The Endor System2.1 部署应用2.2 检查现有策略 3. Cilium 策略实体3.1 创建 allow-all 网络策略3.2 在 Hubble CLI 中验证网络策略源3.3 …...
sqlserver 根据指定字符 解析拼接字符串
DECLARE LotNo NVARCHAR(50)A,B,C DECLARE xml XML ( SELECT <x> REPLACE(LotNo, ,, </x><x>) </x> ) DECLARE ErrorCode NVARCHAR(50) -- 提取 XML 中的值 SELECT value x.value(., VARCHAR(MAX))…...
学校时钟系统,标准考场时钟系统,AI亮相2025高考,赛思时钟系统为教育公平筑起“精准防线”
2025年#高考 将在近日拉开帷幕,#AI 监考一度冲上热搜。当AI深度融入高考,#时间同步 不再是辅助功能,而是决定AI监考系统成败的“生命线”。 AI亮相2025高考,40种异常行为0.5秒精准识别 2025年高考即将拉开帷幕,江西、…...
#Uniapp篇:chrome调试unapp适配
chrome调试设备----使用Android模拟机开发调试移动端页面 Chrome://inspect/#devices MuMu模拟器Edge浏览器:Android原生APP嵌入的H5页面元素定位 chrome://inspect/#devices uniapp单位适配 根路径下 postcss.config.js 需要装这些插件 “postcss”: “^8.5.…...
