关于RiboSeq分析流程的总结
最近关注了一下RiboSeq的分析方法,方法挺多的,但是无论哪种软件,都会存在或多或少的问题,一点问题不存在的软件不存在,问题的原因出在,1.有的脚本是用python2编写的,目前python2已经不能用了 2.有的没有安装权限 3.有的package过于老旧已经和python3不兼容了
1.RiboTaper
按照官方流程分析
1.1 直接运行:create_annotations_files.bash
1.2 直接运行:create_metaplots.bash
1.3 直接运行:Ribotaper.sh
这一步脚本的步骤比较多,并且中途会报错,接下来就需要自己调整脚本运行了:
3.1
nohup /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec/tracks_analysis_multiprocessing.R nonccds 10 /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec &
nohup /datapool/life-zhanghk/liji/01software/miniconda3/envs/py3.8/libexec/annotate_exons.R ../annotation/ 10 &
相关文章:
关于RiboSeq分析流程的总结
最近关注了一下RiboSeq的分析方法,方法挺多的,但是无论哪种软件,都会存在或多或少的问题,一点问题不存在的软件不存在,问题的原因出在,1.有的脚本是用python2编写的,目前python2已经不能用了 2.…...

NLP任务:情感分析、看图说话
我可不向其他博主那样拖泥带水,我有代码就直接贴在文章里,或者放到gitee供你们参考下载,虽然写的不咋滴,废话少说,上代码。 gitee码云地址: 卢东艺/pytorch_cv_nlp - 码云 - 开源中国 (gitee.com)https:/…...

Linux桌面溯源
X窗口系统(X Window System) Linux起源于X窗口系统(X Window System),亦即常说的X11,因其版本止于11之故。 X窗口系统(X Window System,也常称为X11或X)是一种以位图方式显示的软件窗口系统。…...

深入Linux:权限管理与常用命令详解
文章目录 ❤️Linux常用指令🩷zip/unzip指令🩷tar指令🩷bc指令🩷uname指令🩷shutdown指令 ❤️shell命令以及原理❤️什么是 Shell 命令❤️Linux权限管理的概念❤️Linux权限管理🩷文件访问者的分类&#…...
Mojo 编程语言:AI开发者的新宠儿
Mojo(Meta Object Oriented programming for Java Objects)是一种面向对象的编程语言,旨在简化和加速Java应用程序的开发过程。作为近年来新兴的编程语言,Mojo因其与Java的紧密集成以及AI开发领域的应用潜力而逐渐成为AI开发者的新…...
ARM/Linux嵌入式面经(十):极氪
开篇强调两个事情: pdf文件都在百度网盘群:911289806一定要把超链接里面的文章看了,那都是为了你们写的。老板!!!现在多学点,涨个2k工资,真的很值得。要不吃学习的苦,要不吃生活的苦。 1. 自我介绍 专开新篇,等我! 2. 项目介绍,提问 专开新篇,等我! 3. SPI通信和…...

【PVE】新增2.5G网卡作为主网卡暨iperf测速流程
【PVE】新增2.5G网卡作为主网卡暨iperf测速流程 新增网卡 新增网卡的首先当然需要关闭PVE母机,把新网卡插上,我用淘宝遥现金搞了个红包,花了26元买了块SSU的2.5G网卡。说实话这个价位连散热片都没有,确实挺丐的。稍后测下速度看…...

数学建模美赛入门
数学建模需要的学科知识 高等数学线性代数 有很多算法的掌握是需要高等数学和线代的相关知识 如:灰色预测模型需要微积分知识;神经网络需要用到导数知识;图论和层次分析法等都需要用到矩阵计算的相关知识等; 概率论与数理统计&am…...
两段序列帧动画播放,在ios机型上出现闪屏
使用场景:两段序列帧动画连接播放,先播放第一段播一次,再播放第二段,第二段循环播放,在ios机型上出现动画闪动,播放不正常。 错误的写法:把每一段序列帧动画单独写在了定义的动画里 .gacha-bg…...

【C++深度探索】全面解析多态性机制(二)
🔥 个人主页:大耳朵土土垚 🔥 所属专栏:C从入门至进阶 这里将会不定期更新有关C/C的内容,欢迎大家点赞,收藏,评论🥳🥳🎉🎉🎉 前言 我…...
MySQL配置数据库的连接命令
MySQL配置数据库连接命令 在MySQL中,配置数据库连接的命令涉及创建用户、授予权限、配置主从复制等多个方面。以下是常用的命令及其用途: 创建用户 创建一个新的数据库用户并为其设置密码: CREATE USER usernamehost IDENTIFIED BY passwo…...
[PaddlePaddle飞桨] PaddleSpeech-自动语音识别-小模型部署
PaddleSpeech的GitHub项目地址 环境要求: gcc > 4.8.5 paddlepaddle < 2.5.1 python > 3.8 OS support: Linux(recommend), Windows, Mac OSXpip下载指令: python -m pip install paddlepaddle-gpu2.5.1 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.c…...
redis查询慢,你们是如何排查优化的?(总结篇)
1,先进行基准测试,查看redis是否存在查询过慢情况,根据自己的情况而定 2、检查网络连接是否出现延迟,数据丢包问题(可能性小 3、开启慢查询日志,通过日志可以清楚知道哪些命令比较耗时,同时避…...
Docker 容器出现 IP 冲突
Docker 容器出现 IP 冲突的情况可能由以下几个原因导致: 静态 IP 分配:如果你在 docker-compose.yml 文件中为多个容器手动设置了相同的静态 IP 地址,那么这些容器在启动时就会出现 IP 冲突。确保每个容器分配的静态 IP 地址是唯一的。桥接网…...

paddlepaddle2.6,paddleorc2.8,cuda12,cudnn,nccl,python10环境
1.安装英伟达显卡驱动 首先需要到NAVIDIA官网去查自己的电脑是不是支持GPU运算。 网址是:CUDA GPUs | NVIDIA Developer。打开后的界面大致如下,只要里边有对应的型号就可以用GPU运算,并且每一款设备都列出来相关的计算能力(Compu…...
【D3.js in Action 3 精译】1.3 D3 视角下的数据可视化最佳实践(上)
当前内容所在位置 第一部分 D3.js 基础知识 第一章 D3.js 简介 1.1 何为 D3.js?1.2 D3 生态系统——入门须知 1.2.1 HTML 与 DOM1.2.2 SVG - 可缩放矢量图形1.2.3 Canvas 与 WebGL1.2.4 CSS1.2.5 JavaScript1.2.6 Node 与 JavaScript 框架1.2.7 Observable 记事本 1…...

如何在Linux上如何配置虚拟主机
在Linux上配置虚拟主机可以通过使用Apache HTTP服务器来实现。Apache是一个开源的跨平台的Web服务器软件,可以在多种操作系统上运行并支持虚拟主机的配置。 以下是在Linux上配置虚拟主机的步骤: 安装Apache HTTP服务器 在终端中运行以下命令来安装Apache…...
c语言alpha-beta剪枝六子棋
c语言Alpha-Beta剪枝算法六子棋[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-2i5w8kc1-1720756528545)(https://i-blog.csdnimg.cn/direct/464b9db7d6384a63ab8c3213efff0e99.png)] 1.介绍 Alpha-Beta剪枝算法是一种用于优化博弈树搜索的算法&…...

基于PyTorch深度学习实践技术应用
近年来,Python语言由于其开源、简单等特点,受到了广大程序开发者的偏爱,丰富的函数库使得其在各行各业中得到了广泛的应用。伴随着新一轮人工智能(尤其是深度学习)的快速发展,许多深度学习框架应运而生&…...
数据湖仓一体(五)安装spark
上传安装包到/opt/software目录并解压 [bigdatanode106 software]$ tar -zxvf spark-3.3.1-bin-hadoop3.tgz -C /opt/services/ 重命名文件 [bigdatanode106 services]$ mv spark-3.3.1-bin-hadoop3 spark-3.3.1 配置环境变量 [bigdatanode106 ~]$ sudo vim /etc/profile…...
基于算法竞赛的c++编程(28)结构体的进阶应用
结构体的嵌套与复杂数据组织 在C中,结构体可以嵌套使用,形成更复杂的数据结构。例如,可以通过嵌套结构体描述多层级数据关系: struct Address {string city;string street;int zipCode; };struct Employee {string name;int id;…...

家政维修平台实战20:权限设计
目录 1 获取工人信息2 搭建工人入口3 权限判断总结 目前我们已经搭建好了基础的用户体系,主要是分成几个表,用户表我们是记录用户的基础信息,包括手机、昵称、头像。而工人和员工各有各的表。那么就有一个问题,不同的角色…...

【单片机期末】单片机系统设计
主要内容:系统状态机,系统时基,系统需求分析,系统构建,系统状态流图 一、题目要求 二、绘制系统状态流图 题目:根据上述描述绘制系统状态流图,注明状态转移条件及方向。 三、利用定时器产生时…...
C# SqlSugar:依赖注入与仓储模式实践
C# SqlSugar:依赖注入与仓储模式实践 在 C# 的应用开发中,数据库操作是必不可少的环节。为了让数据访问层更加简洁、高效且易于维护,许多开发者会选择成熟的 ORM(对象关系映射)框架,SqlSugar 就是其中备受…...
HTML前端开发:JavaScript 常用事件详解
作为前端开发的核心,JavaScript 事件是用户与网页交互的基础。以下是常见事件的详细说明和用法示例: 1. onclick - 点击事件 当元素被单击时触发(左键点击) button.onclick function() {alert("按钮被点击了!&…...
MySQL账号权限管理指南:安全创建账户与精细授权技巧
在MySQL数据库管理中,合理创建用户账号并分配精确权限是保障数据安全的核心环节。直接使用root账号进行所有操作不仅危险且难以审计操作行为。今天我们来全面解析MySQL账号创建与权限分配的专业方法。 一、为何需要创建独立账号? 最小权限原则…...
Hive 存储格式深度解析:从 TextFile 到 ORC,如何选对数据存储方案?
在大数据处理领域,Hive 作为 Hadoop 生态中重要的数据仓库工具,其存储格式的选择直接影响数据存储成本、查询效率和计算资源消耗。面对 TextFile、SequenceFile、Parquet、RCFile、ORC 等多种存储格式,很多开发者常常陷入选择困境。本文将从底…...

九天毕昇深度学习平台 | 如何安装库?
pip install 库名 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --user 举个例子: 报错 ModuleNotFoundError: No module named torch 那么我需要安装 torch pip install torch -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --user pip install 库名&#x…...
QT3D学习笔记——圆台、圆锥
类名作用Qt3DWindow3D渲染窗口容器QEntity场景中的实体(对象或容器)QCamera控制观察视角QPointLight点光源QConeMesh圆锥几何网格QTransform控制实体的位置/旋转/缩放QPhongMaterialPhong光照材质(定义颜色、反光等)QFirstPersonC…...

Kafka入门-生产者
生产者 生产者发送流程: 延迟时间为0ms时,也就意味着每当有数据就会直接发送 异步发送API 异步发送和同步发送的不同在于:异步发送不需要等待结果,同步发送必须等待结果才能进行下一步发送。 普通异步发送 首先导入所需的k…...