重叠区间的求和
#摘抄 GetGeneLength/src/GetGeneLength/GetGeneLength.py at main · PoShine/GetGeneLength · GitHub
def main():
"""
Extract gene length based on featureCount calculation gene nonredundant exon length method.
"""
# 引入库
import argparse
parser = argparse.ArgumentParser(usage="GetGeneLength --database ensembl --gtffile gencode.v38.annotation_human.gtf --lengthfile gene_length.txt",
description="Get gene length from GTF annotation file.",
epilog="Thank your for your support, if you have any questions or suggestions please contact me: 3219030654@stu.cpu.edu.cn.")
parser.add_argument('-v','--version', action='version', version='%(prog)s 0.0.1')
# 读取注释类型文件
parser.add_argument('-d','--database',type=str,action="store",dest="database",choices=['ucsc','ensembl','gencode'],
default="ensembl",help='which annotation database you choose. (default="ensembl")')
# 读取gtf文件
parser.add_argument('-g','--gtffile', type=str,action="store",dest="gtffile",help='input your GTF file. (ucsc/ensembl/gencode)')
# 导出文件名称
parser.add_argument('-l','--lengthfile', type=str,action="store",dest="length_info",help='output your gene lenth file. (gene_length.txt)')
# 解析参数
args = parser.parse_args()
# 获取参数
database = args.database
gtffile = args.gtffile
length_info = args.length_info
# main fuction
print("Your job is running, please wait...\n")
# 打开测试 gtf 文件
with open(gtffile,'r') as gtf:
# 信息保存在字典里
info = {}
for line in gtf:
# 跳过注释行
if line.startswith('#'):
continue
# 分割
fields = line.split()
# 类型
type = fields[2]
# database
if database == "ucsc":
if type == 'exon':
# 名称
gene_name = fields[17].replace('"','').replace(';','')
gene_id = fields[9].replace('"','').replace(';','')
# 连接名称
key = gene_name + '|' + gene_id
# 计算多个外显子长度
start = int(fields[3])
end = int(fields[4]) + 1
tmpfield = list(range(start,end))
# 储存所有exon位置信息
info.setdefault(key,[])
info[key] += tmpfield
else:
pass
else:
if type == 'exon':
# 名称
gene_name = fields[15].replace('"','').replace(';','')
gene_id = fields[9].replace('"','').replace(';','')
gene_type = fields[13].replace('"','').replace(';','')
# 连接名称
key = gene_name + '|' + gene_id + '|' + gene_type
# 计算多个外显子长度
start = int(fields[3])
end = int(fields[4]) + 1
tmpfield = list(range(start,end))
# 储存所有exon位置信息
info.setdefault(key,[])
info[key] += tmpfield
else:
pass
# 取并集(删除重复元素)
# final_res = {}
# loop for every gene
# for key,val in info.items():
# length = len(list(set(val)))
# final_res[key] = length
# 计算长度
final_res = {key:len(list(set(val))) for key,val in info.items()}
# 导出保存
res = open(length_info,'w')
# database
if database == "ucsc":
for key,val in final_res.items():
ids = key.split(sep='|')
res.write(ids[0] + '\t' + ids[1] + '\t' + str(val) + '\n')
else:
for key,val in final_res.items():
ids = key.split(sep='|')
res.write(ids[0] + '\t' + ids[1] + '\t' + str(val) + '\n')
# 关闭文件
res.close()
print("Your job is done!")
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