怎样使用 Juicer tools 的 dump 命令将.hic文件转换为交互矩阵matrix计数文件 (Windows)
创作日志: 万恶的生信…一个scHiC数据集没有提供处理好的计数文件,需要从.hic转换。Github一个个好长的文档看了好久才定位到 juicer tools 的dump命令,使用起来比想象中简单。
一、下载Juicer tools
注意:使用Juicer tools的前提是你的电脑里装了Java哦!
网址:Juicer tools jar包下载官网
我不知道有什么具体区别,下载的是第一个。下载之后也不需要有什么操作,直接就可以用。
二、dump命令讲解
1. juicer_tools dump 用法1——提取观测值或期望值
-
参数:
[ observed/oe ] [ NONE/VC/VC_SQRT/KR ] [ hicFile(s) ] [ chr1 ][:x1:x2] [ chr2 ][:y1:y2] [ BP/FRAG ] [ binsize ] [ outfile (可选) ] -
参数解释:
• [observed/oe]: 选择提取观测值 (observed) 或 观测/期望值 (oe)。
• [NONE/VC/VC_SQRT/KR]: 选择归一化选项:
NONE:无归一化
VC:Vector Correction 归一化
VC_SQRT:Square Root Vector Correction 归一化
KR:Knight-Ruiz 归一化
• [hicFile(s)]: 输入的 .hic 文件路径。
• [chr1][:x1:x2]: 第一个染色体及其范围(例如 chr1:0:100000)。
• [chr2][:y1:y2]: 第二个染色体及其范围(例如 chr2:0:100000),也可以是相同的染色体。
• [BP/FRAG]: 选择单位:基对 (BP) 或 酶切片段 (FRAG)。
• [binsize]: 分辨率,例如 10000 表示 10kb。
• [outfile]: 输出文件路径(可选)。
2. juicer_tools dump 用法2——提取归一化或期望值
- 参数:
[ norm/expected ] [ NONE/VC/VC_SQRT/KR ] [ hicFile(s) ] [ chr ] [ BP/FRAG ] [ binsize ] [ outfile (可选) ] - 参数解释:
• [norm/expected]:选择提取归一化值 (norm) 或 期望值 (expected)。
• [NONE/VC/VC_SQRT/KR]:选择归一化选项(同上)。
• [hicFile(s)]:输入的 .hic 文件路径。
• [chr]:染色体。
• [BP/FRAG]:选择单位:基对 (BP) 或 酶切片段 (FRAG)。
• [binsize]:分辨率。
• [outfile]:输出文件路径(可选)。
3. juicer_tools dump 用法3——提取染色质环loop或域domain信息
- 参数:
[ loops/domains ] [ hicFile URL] [ outfile (可选) ] - 参数解释:
• [loops/domains]:选择提取环 (loops) 或 域 (domains) 信息。
• :输入的 .hic 文件 URL。
• [outfile]:输出文件路径(可选)。
三、使用实例
- 打开Windows cmd
- 输入
java -jar 你的juicer_tools jar包安装路径 dump 以上所需参数
即可完成转换
拿我的举个例子:
最后在我的指定路径中生成了extract_matrix.txt文件:
打开内容是这样的:
相关文章:

怎样使用 Juicer tools 的 dump 命令将.hic文件转换为交互矩阵matrix计数文件 (Windows)
创作日志: 万恶的生信…一个scHiC数据集没有提供处理好的计数文件,需要从.hic转换。Github一个个好长的文档看了好久才定位到 juicer tools 的dump命令,使用起来比想象中简单。 一、下载Juicer tools 注意:使用Juicer tools的前提…...

【Docker】Docker Desktop - WSL update failed
问题描述 Windows上安装完成docker desktop之后,第一次启动失败,提示:WSL update failed 解决方案 打开Windows PowerShell 手动执行: wsl --set-default-version 2 wsl --update...
基于rsync\unlink 等一套本机备份跨机备份历史备份清理shell 脚本
一 摘要 本文主要介绍一套本地备份、跨机器备份、历史备份清理脚本,使用场景如数据库备份等 二 环境 linux 系列系统 基本都支持,个别命令可能需要微调。 2.1 实验环境 [rootlocalhost rsync]# cat /etc/centos-release CentOS Linux release 7.9.2…...

使用nginx实现一个端口和ip访问多个vue前端
前言:由于安全组要求,前端页面只开放一个端口,但是项目有多个前端,此前一直使用的是一个前端使用单独一个端口进行访问,现在需要调整。 需要实现:这里以80端口为例,两个前端分别是:p…...

Linux云计算 |【第一阶段】SERVICES-DAY5
主要内容: 源码编译安装、rsync同步操作、inotify实时同步、数据库服务基础 实操前骤:(所需tools.tar.gz与users.sql) 1.两台主机设置SELinnx和关闭防火墙 setenforce 0 systemctl stop firewalld.service //停止防火墙 sy…...

IP第一次综合实验
一、实验拓扑 二、实验要求 1、R6为ISP,接口IP地址均为公有地址,该设备只能配置地址之后不能冉对其进行任何配置 2、R1-R5为局域网,私有Ip地址192.168.1.0/24,请合理分配 3、R1、82、R4,各有两个环回IP地址;R5,R6各…...
Could not load dynamic library ‘cudart64_100.dll‘
python代码报错 Could not load dynamic library cudart64_100.dll; dlerror: cudart64_100.dll not found 2024-07-22 14:19:21.931639: I tensorflow/stream_executor/cuda/cudart_stub.cc:29] Ignore above cudart dlerror if you do not have a GPU set up on your machine…...

四大引用——强软弱虚
目录 一、强引用 二、软引用 三、弱引用 四、虚引用 一、强引用 强引用是在程序代码之中普遍存在的,类似于“Object obj new Object()”,obj变量引用Object这个对象,就叫做强引用。当内存空间不足,Java虚拟机宁愿抛出OutOfMe…...

MySQL--索引(2)
InnoDB 1.索引类型 主键索引(Primary Key) 数据表的主键列使用的就是主键索引。 一张数据表有只能有一个主键,并且主键不能为 null,不能重复。 在 mysql 的 InnoDB 的表中,当没有显示的指定表的主键时,InnoDB 会自动先检查表中是…...
JVM类加载机制详解
Java在运行期才对类进行加载到内存、连接、初始化过程。这使得Java应用具有极高的灵活性和拓展性,可以依赖运行期进行动态加载和动态连接。 主要加载哪些?Java中的数据类型分为基本数据类型和引用数据类型,基本数据类型由虚拟机预先定义&…...

【MATLAB实战】基于UNet的肺结节的检测
数据: 训练过程图 算法简介: UNet网络是分割任务中的一个经典模型,因其整体形状与"U"相似而得名,"U"形结构有助于捕获多尺度信息,并促进了特征的精确重建,该网络整体由编码器,解码器以及跳跃连接三部分组成。 编码器由…...

Elasticsearch基础(五):使用Kibana Discover探索数据
文章目录 使用Kibana Discover探索数据 一、添加样例数据 二、数据筛选 三、保存搜索 使用Kibana Discover探索数据 一、添加样例数据 登录Kibana。在Kibana主页的通过添加集成开始使用区域,单击试用样例数据。 在更多添加数据的方式页面下方,单击…...

爬取百度图片,想爬谁就爬谁
前言 既然是做爬虫,那么肯定就会有一些小心思,比如去获取一些自己喜欢的资料等。 去百度图片去抓取图片吧 打开百度图片网站,点击搜索xxx,打开后,滚动滚动条,发现滚动条越来越小,说明图片加载…...

HTTP 缓存
缓存 web缓存是可以自动保存常见的文档副本的HTTP设备,当web请求抵达缓存时,如果本地有已经缓存的副本,就可以从本地存储设备而不是从原始服务器中提取这个文档。使用缓存有如下的优先。 缓存减少了冗余的数据传输缓存环节了网络瓶颈的问题…...
设计模式实战:图形编辑器的设计与实现
简介 本篇文章将介绍如何设计一个图形编辑器系统,系统包括图形对象的创建、组合、操作及撤销等功能。我们将通过这一项目,应用命令模式、组合模式和备忘录模式来解决具体的设计问题。 问题描述 设计一个图形编辑器系统,用户可以创建并操作图形对象,将多个图形对象组合成…...

.NET 情报 | 分析某云系统添加管理员漏洞
01阅读须知 此文所提供的信息只为网络安全人员对自己所负责的网站、服务器等(包括但不限于)进行检测或维护参考,未经授权请勿利用文章中的技术资料对任何计算机系统进行入侵操作。利用此文所提供的信息而造成的直接或间接后果和损失…...
vue检测页面手指滑动距离,执行回调函数,使用混入的语法,多个组件都可以使用
mixin.ts 定义滑动距离的变量和检测触摸开始的方法,滑动方法,并导出两个方法 sendTranslateX.value > 250 && sendTranslateY.value < -100是向上滑动,满足距离后执行回调函数func,并在一秒内不再触发,一…...
opencv 优势
OpenCV(开源计算机视觉库)是一个广泛使用的计算机视觉和机器学习软件框架。它最初由Intel开发,后来由Itseez公司维护,最终于2015年成为非营利组织OpenCV.org的一部分。OpenCV的目的是实现一个易于使用且高效的计算机视觉框架,支持实时视觉应用。 以下是关于OpenCV的一些关…...

1-如何挑选Android编译服务器
前几天,我在我的星球发了一条动态:入手洋垃圾、重操老本行。没错,利用业余时间,我又重新捣鼓捣鼓代码了。在接下来一段时间,我会分享我从服务器的搭建到完成Android产品开发的整个过程。这些东西之前都是折腾过的&…...
【JS逆向课件:第十六课:Scrapy基础2】
ImagePipeLines的请求传参 环境安装:pip install Pillow USER_AGENT Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10_15_7) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/98.0.4758.109 Safari/537.36需求:将图片的名称和详情页中图片的数据进行爬取&a…...
vscode里如何用git
打开vs终端执行如下: 1 初始化 Git 仓库(如果尚未初始化) git init 2 添加文件到 Git 仓库 git add . 3 使用 git commit 命令来提交你的更改。确保在提交时加上一个有用的消息。 git commit -m "备注信息" 4 …...
逻辑回归:给不确定性划界的分类大师
想象你是一名医生。面对患者的检查报告(肿瘤大小、血液指标),你需要做出一个**决定性判断**:恶性还是良性?这种“非黑即白”的抉择,正是**逻辑回归(Logistic Regression)** 的战场&a…...

LeetCode - 394. 字符串解码
题目 394. 字符串解码 - 力扣(LeetCode) 思路 使用两个栈:一个存储重复次数,一个存储字符串 遍历输入字符串: 数字处理:遇到数字时,累积计算重复次数左括号处理:保存当前状态&a…...
Objective-C常用命名规范总结
【OC】常用命名规范总结 文章目录 【OC】常用命名规范总结1.类名(Class Name)2.协议名(Protocol Name)3.方法名(Method Name)4.属性名(Property Name)5.局部变量/实例变量(Local / Instance Variables&…...
【解密LSTM、GRU如何解决传统RNN梯度消失问题】
解密LSTM与GRU:如何让RNN变得更聪明? 在深度学习的世界里,循环神经网络(RNN)以其卓越的序列数据处理能力广泛应用于自然语言处理、时间序列预测等领域。然而,传统RNN存在的一个严重问题——梯度消失&#…...

376. Wiggle Subsequence
376. Wiggle Subsequence 代码 class Solution { public:int wiggleMaxLength(vector<int>& nums) {int n nums.size();int res 1;int prediff 0;int curdiff 0;for(int i 0;i < n-1;i){curdiff nums[i1] - nums[i];if( (prediff > 0 && curdif…...

ESP32 I2S音频总线学习笔记(四): INMP441采集音频并实时播放
简介 前面两期文章我们介绍了I2S的读取和写入,一个是通过INMP441麦克风模块采集音频,一个是通过PCM5102A模块播放音频,那如果我们将两者结合起来,将麦克风采集到的音频通过PCM5102A播放,是不是就可以做一个扩音器了呢…...
Xen Server服务器释放磁盘空间
disk.sh #!/bin/bashcd /run/sr-mount/e54f0646-ae11-0457-b64f-eba4673b824c # 全部虚拟机物理磁盘文件存储 a$(ls -l | awk {print $NF} | cut -d. -f1) # 使用中的虚拟机物理磁盘文件 b$(xe vm-disk-list --multiple | grep uuid | awk {print $NF})printf "%s\n"…...

算法岗面试经验分享-大模型篇
文章目录 A 基础语言模型A.1 TransformerA.2 Bert B 大语言模型结构B.1 GPTB.2 LLamaB.3 ChatGLMB.4 Qwen C 大语言模型微调C.1 Fine-tuningC.2 Adapter-tuningC.3 Prefix-tuningC.4 P-tuningC.5 LoRA A 基础语言模型 A.1 Transformer (1)资源 论文&a…...

Docker 本地安装 mysql 数据库
Docker: Accelerated Container Application Development 下载对应操作系统版本的 docker ;并安装。 基础操作不再赘述。 打开 macOS 终端,开始 docker 安装mysql之旅 第一步 docker search mysql 》〉docker search mysql NAME DE…...