怎样使用 Juicer tools 的 dump 命令将.hic文件转换为交互矩阵matrix计数文件 (Windows)
创作日志: 万恶的生信…一个scHiC数据集没有提供处理好的计数文件,需要从.hic转换。Github一个个好长的文档看了好久才定位到 juicer tools 的dump命令,使用起来比想象中简单。
一、下载Juicer tools
注意:使用Juicer tools的前提是你的电脑里装了Java哦!
网址:Juicer tools jar包下载官网
我不知道有什么具体区别,下载的是第一个。下载之后也不需要有什么操作,直接就可以用。
二、dump命令讲解
1. juicer_tools dump 用法1——提取观测值或期望值
-
参数:
[ observed/oe ] [ NONE/VC/VC_SQRT/KR ] [ hicFile(s) ] [ chr1 ][:x1:x2] [ chr2 ][:y1:y2] [ BP/FRAG ] [ binsize ] [ outfile (可选) ] -
参数解释:
• [observed/oe]: 选择提取观测值 (observed) 或 观测/期望值 (oe)。
• [NONE/VC/VC_SQRT/KR]: 选择归一化选项:
NONE:无归一化
VC:Vector Correction 归一化
VC_SQRT:Square Root Vector Correction 归一化
KR:Knight-Ruiz 归一化
• [hicFile(s)]: 输入的 .hic 文件路径。
• [chr1][:x1:x2]: 第一个染色体及其范围(例如 chr1:0:100000)。
• [chr2][:y1:y2]: 第二个染色体及其范围(例如 chr2:0:100000),也可以是相同的染色体。
• [BP/FRAG]: 选择单位:基对 (BP) 或 酶切片段 (FRAG)。
• [binsize]: 分辨率,例如 10000 表示 10kb。
• [outfile]: 输出文件路径(可选)。
2. juicer_tools dump 用法2——提取归一化或期望值
- 参数:
[ norm/expected ] [ NONE/VC/VC_SQRT/KR ] [ hicFile(s) ] [ chr ] [ BP/FRAG ] [ binsize ] [ outfile (可选) ] - 参数解释:
• [norm/expected]:选择提取归一化值 (norm) 或 期望值 (expected)。
• [NONE/VC/VC_SQRT/KR]:选择归一化选项(同上)。
• [hicFile(s)]:输入的 .hic 文件路径。
• [chr]:染色体。
• [BP/FRAG]:选择单位:基对 (BP) 或 酶切片段 (FRAG)。
• [binsize]:分辨率。
• [outfile]:输出文件路径(可选)。
3. juicer_tools dump 用法3——提取染色质环loop或域domain信息
- 参数:
[ loops/domains ] [ hicFile URL] [ outfile (可选) ] - 参数解释:
• [loops/domains]:选择提取环 (loops) 或 域 (domains) 信息。
• :输入的 .hic 文件 URL。
• [outfile]:输出文件路径(可选)。
三、使用实例
- 打开Windows cmd
- 输入
java -jar 你的juicer_tools jar包安装路径 dump 以上所需参数
即可完成转换
拿我的举个例子:
最后在我的指定路径中生成了extract_matrix.txt文件:
打开内容是这样的:
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