孟德尔随机化、R语言，报错，如何解决？

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问题描述

  孟德尔随机化、R语言。因为最近写孟德尔随机化的论文，用的R包比较频繁，结果extract_instructments 的线上功能用不了，一直报错，后来也去github上报错，写信给数据库，没啥实际进展。后来下载了GWAS数据本地做，但在这一步时报错：

输入代码：

set.seed(114514)
res<-mr(data)
mr_ratio<-generate_odds_ratios(res)
setwd("E:/GWAS")
set.seed(114514)
res_single <- mr_singlesnp(res)

报错：

res_single <- mr_singlesnp(res)
错误于mr_singlesnp(res): 不是所有的"beta.exposure" %in% names(dat)都是TRUE
> View(exposure_clumped)

我Harmonized后的数据是这样的：

友情提示：
  如上问题有的来自我自身项目开发，有的收集网站，有的来自读者…如有侵权，立马删除。再者，针对此专栏中部分问题及其问题的解答思路或步骤等，存在少部分搜集于全网社区及人工智能问答等渠道，若最后实在是没能帮助到你，还望见谅！并非所有的解答都能解决每个人的问题，在此希望屏幕前的你能够给予宝贵的理解，而不是立刻指责或者抱怨！如果你有更优解，那建议你出教程写方案，一同学习！共同进步。

解决方案

  如下是上述问题的解决方案，仅供参考：

  孟德尔随机化（Mendelian randomization, MR）是一种利用遗传变异作为工具变量来评估因果关系的统计方法。在 R 语言中，进行 MR 分析通常涉及到使用特定的包和函数，比如 TwoSampleMR 包。从你提供的错误信息来看，问题出现在使用 mr_singlesnp 函数时，提示说 beta.exposure 不是数据集 dat 中的所有列名。

首先，确保你的数据集 res 是正确的格式。mr 函数通常期望数据集包含某些特定的列，比如 exposure, outcome, beta.exposure, beta.outcome 等。错误信息表明 beta.exposure 不在 dat 的列名中，这可能是因为数据集的列名不匹配或者数据没有正确地加载。

以下是一些可能的解决步骤：

1. 检查数据集列名：确保 res 数据集中的列名与 mr_singlesnp 函数所期望的列名一致。

# 查看数据集列名
names(res)

2. 数据清洗：如果列名不匹配，你可能需要重命名列。

# 假设你的列名是 'beta_exposure' 而不是 'beta.exposure'
names(res)[names(res) == 'beta_exposure'] <- 'beta.exposure'

3. 检查数据完整性：确保所有必要的列都存在于数据集中，并且没有缺失值。

4. 查看 mr 函数的帮助文档：了解 mr 函数的输入要求。

?mr

5. 检查 mr_ratio 的生成：如果 mr_ratio 的生成没有问题，那么可能问题出在 mr_singlesnp 的调用上。

6. 使用 TwoSampleMR 包的示例数据：尝试使用 TwoSampleMR 包提供的示例数据来运行 mr_singlesnp，以确定问题是否与你的特定数据集有关。

7. 更新 R 和包：确保你的 R 和所有相关包都是最新版本。

8. 查看错误报告：如果你已经在 GitHub 上报告了错误，检查是否有任何更新或建议。

9. 寻求社区帮助：如果问题仍然无法解决，可以在 R 社区论坛或相关的 MR 分析社区寻求帮助。

  最后，如果你需要进一步的帮助来解决这个问题，你可以提供更多的上下文信息，比如 res 数据集的结构，以及你使用的 TwoSampleMR 包的版本等。这样社区成员或开发者可以更准确地诊断问题所在。

  希望如上措施及解决方案能够帮到有需要的你。

  PS：如若遇到采纳如下方案还是未解决的同学，希望不要抱怨&&急躁，毕竟影响因素众多，我写出来也是希望能够尽最大努力帮助到同类似问题的小伙伴，即把你未解决或者产生新Bug黏贴在评论区，我们大家一起来努力，一起帮你看看，可以不咯。

  若有对当前Bug有与如下提供的方法不一致，有个不情之请，希望你能把你的新思路或新方法分享到评论区，一起学习，目的就是帮助更多所需要的同学，正所谓「赠人玫瑰，手留余香」。

☀️写在最后

  ok，以上就是我这期的Bug修复内容啦，如果还想查找更多解决方案，你可以看看我专门收集Bug及提供解决方案的专栏《CSDN问答解惑-专业版》，都是实战中碰到的Bug，希望对你有所帮助。到此，咱们下期拜拜。

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