蛋白质生物学：从序列到结构和疾病 下载并同时打开1LYZ和1H6M的PDB文件(提交图片)。描述这种蛋白质的二级和三级结构。(10分)

Download and open the PDB files of 1LYZ and 1H6M together in one view (submit an image).  Describe the secondary and tertiary structure of this protein.  (10 marks)

下面给出完整详细的解答：

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同时打开1LYZ和1H6M的PDB文件得到：

首先二级结构包括螺旋、薄片、环和弯，形成基本的折叠单元。三级结构是这些元素紧凑的球状排列，通过疏水力和溶菌酶的二硫桥等相互作用稳定。钠离子(Na^+)存在于结构中，在维持蛋白质的稳定性和可能的功能中起作用。

二级结构

1.阿尔法螺旋(α螺旋):

图像显示多个α -螺旋，被描绘成螺旋带。这些螺旋是由主链酰胺氢和羰基氧之间的氢键形成的，形成螺旋结构。α -螺旋是许多蛋白质的共同特征，有助于它们的整体稳定性和功能。
lyz(溶菌酶):已知溶菌酶的结构中有几个α -螺旋。这些螺旋有助于其刚性和紧凑的结构，这对其酶活性至关重要。

该蛋白还含有α -螺旋作为其二级结构的一部分，有助于其稳定性。

2.β折叠(β表):

beta片在图像中以扁平箭头表示。这些结构由氢键横向连接的β链组成，形成片状结构。
溶菌酶含有β -sheet，这是其活性位点的一部分，在底物结合和催化中起着至关重要的作用。

该蛋白质也具有β -薄片，有助于其结构完整性。

3.循环和旋转:

循环和旋转连接了α -螺旋和β -薄片，提供了灵活性，使蛋白质能够采用其功能性的三维形状。

与α -螺旋和β -片相比，这些区域更灵活，通常涉及蛋白质的活性位点或结合位点。
 

三级结构

1.总体折叠:

三级结构代表所有二级结构元素的整体三维排列。这些图像显示了一个复杂的球状结构，其中α -螺旋和β -薄片折叠成一个紧凑的形状。

溶菌酶具有紧凑的球状三级结构，使其能够有效地结合和切割底物。这种折叠是由几个二硫桥稳定的(在图像中没有明确显示，但从其序列中可以知道)。

该蛋白还具有球形三级结构，这对其生物学功能至关重要。

2.活性位点和配体:

钠离子(Na^+)的存在，描绘为紫色球体，表明它在稳定蛋白质结构或参与其功能中的作用。
在溶菌酶(1LYZ)中，这些离子对于维持活性位点的结构或协助催化机制至关重要。

3.二硫桥:

虽然在图像中不可见，但已知溶菌酶含有稳定其三级结构的二硫桥。这些桥梁在半胱氨酸残基之间形成，对维持蛋白质的完整性至关重要。

4.疏水和亲水性相互作用:

三级结构通过疏水相互作用(非极性侧链埋在蛋白质内部)和亲水相互作用(极性侧链暴露在水环境中)来稳定。

这些相互作用对蛋白质的稳定性和功能至关重要。