网络药理学：分子对接之二：PDB数据库的使用（已知PDB ID）、PubChem数据库如果没有3D结构

PDB数据库使用

官方地址：https://www.rcsb.org/

首页如下：

我们以热休克蛋白HSP90AA1为例，其PDB ID为7DHG，所以我们在搜索栏输入7DHG：

主要关注红框里的几个地方。

• Download 下载文件，一般选择PDB Format即可
• Released 发表时间
• Method 一般只有X-Ray（X射线）和NMR两种。其中X射线最常见也最好
• Resolution 分辨率相关的指标，越小说明分辨率越高。一般小于2A就足够好了，具体看论文的指标。

再往下翻，主要看该蛋白有几条链，并且右下角Go to UniProtKB可以直接跳转到UnitProt数据库


可以看到，这里该蛋白是有两条链的。

同时，对于一些有小分子的蛋白也最好看看相关信息，这里我展示另一个7A2O示例：
一般要记住这里的ID，在处理蛋白的时候要去除。

PubChem数据库如果没有3D结构

PubChem数据库如果没有3D结构，只有2D结构的SDF，我们可以下载Chem3D软件，将2D结构的SDF文件导入进去，并且Calculations/MM2/Minimize Energe实现能量最小化。
但是该软件只有windows版本，属于ChemOffice全家桶的一部分，资源比较难找。
推荐直接去其他数据库再找找小分子配体的mol2结构。
然后再通过OpenBabel/mgltools转化为pdbqt的格式。