Gromacs——使用过程中暴露问题分析及学习

1. gromacs——突变残基蛋白电场MD和基本分析
2. 从入门到发SCIENCE：基于Gromacs的蛋白小分子动态模拟全过程解析
3. 水溶性蛋白模拟全过程：从准备蛋白结构文件（top、itp、gro文件生成）到模拟数据分析
4. Gromacs
5. GROMACS 教程：蛋白配体复合物（五）运行MD与结果分析
   最后，我们可能会感兴趣如何定量地表达配体结合模式在整个模拟过程中的变化。创建一个新的编号组，计算JZ4重原子的RMSD值……执行rms模块，选择“Backbone”进行最小二乘拟合，选择"JZ4_Heavy"进行RMSD计算。这样的话，蛋白整体的旋转和平移通过拟合被去除了，报告的RMSD值是JZ4相对于蛋白结构的变化，这可以很好地说明结合模式在整个模拟过程中是否能保持。
6. Gromacs操作笔记
7. g_rms计算的group选择问题
8. Gromacs 如何仅仅计算复合物部分蛋白的rmsd
9. 基于Gromacs的蛋白分子动力学模拟（RMSD、RMSF及蛋白的回旋半径）
10. 关于分子动力学模拟RMSD的group选择
    第一次让你选根据哪个组对轨迹进行叠合消除平动转动，第二次让你选（根据叠合后的轨迹）对哪个组计算RMSD。二者完全是独立的，根据实际需要选择
11. 蛋白配体的rmsd计算，应该怎么选组？
12. GROMACS Tutorial 5-Protein-Ligand Complex
13. Gromacs动力学模拟
14. 一个分子中冻结部分原子的问题
15. 使用freeze冻结分子后模拟报错
    (1)freeze不要和npt联用
    (2)NPT时，要用冻结的情况通常建议用位置限制代替
16. freeze某组分后跑npt
17. gromacs关于分子位置限制的问题
    gmx genrestr -f xxx.gro -o xxx_posre.itp然后根据提示选择要生成的位置限制itp文件
18. GROMACS中的组概念
    冻结组 一般用freeze来操作此组，属于冻结组的原子在模拟过程中始终保持静止. 可以用于固定的原子界面等
19. 动力学模拟时拓扑文件不能被读取
    Invalid input values
    In option s
    Required option was not provided, and the default file ‘topol’ does not exist or is not accessible.
    The following extensions were tried to complete the file name: .tpr
    gmx mdrun -v -deffnm test意味着mdrun用的输入输出文件的名字都是test，即当前目录下得有test.tpr。这跟拓扑文件没关系
20. 蛋白质复合物体系两条链中pdb2gmx的拓扑文件参数设置
    gro格式就不体现链的信息
21. 用make_ndx给分子中结构分组问题
    改成group、加上-n index.ndx，就可以成功算D/A间的RDF了（gmx rdf -f final.xtc -s final.tpr -n index.ndx -ref ‘res_com of group D’ -sel ‘res_com of group A’）
22. gmx select用法求助
23. make_ndx 怎么用
24. Gromacs操作笔记
    pdb2gmx–>editconf–>solvate–>genions–>energy mini–>NVT–>NPT–>MD
25. npt下将固体freeze后还会动
26. freeze纳米管的情况下跑npt报lincs warning错误
    控压和freeze一起用容易出问题，可以尝试用2L方式解决，或者你改成限制(restraint)而非冻结也能解决
27. 用gromacs程序计算出现的错误提示
    In option s
    Required option was not provided, and the default file ‘topol’ does not
    exist or is not accessible.
    The following extensions were tried to complete the file name:
    .tpr
    你没用-s指定.tpr文件名，于是程序自动尝试用topol.tpr作为文件名，但是当前目录下又不存在topol.tpr所以报错。注意理解屏幕提示
28. 蛋白质-共价抑制剂体系(含非标准残基)MD模拟教程
29. Gromacs分析处理-模拟前后蛋白结构差异对比图的制作
30. GROMACS选区(selection)语法及用法
31. VMD里原子选择语句的语法和例子
32. gromacs 选区用法
33. gromacs新手教程
    spc216.gro是gromacs内置自带的一种水分子力场，这种力场下的水分子的力场文件与坐标文件gromacs内置配备了，所以不需要额外添加（如果因科研工作需要，自己去定义一种水分子力场，则需要提供自定义的水分子力场文件.itp和水分子坐标信息文件.pdb/.gro）
34. GROMACS进阶: 膜蛋白体系MD模拟教程
35. 解析gromacs的restraint、constraint和freeze
36. gromacs md simulation tutorial
37. Tutorial: Molecular dynamics (MD) simulation using Gromacs
38. 蛋白质复合物体系两条链中pdb2gmx的拓扑文件参数设置
39. gmx mdrun error: “Error in user input: Invalid input values In option s”
40. Group Non-Protein referenced in the .mdp file was not found in the index file.
41. 【GROMACS进阶】蛋白质-共价抑制剂体系(含非标准残基)MD模拟教程
42. GMX grompp
43. GROMACS教程2：蛋白-配体复合物（Protein-Ligand Complex）
44. GROMACS运行参数整理（二）
45. “Fatal error: Group SOLV referenced in the .mdp file was not found in the index file.” Help with SLURM HPC
46. Gromacs相关基础知识
47. 做蛋白-配体结合报错Group Protein_UNL在index文件中没有找到
48. 用gromacs做伞状采样
49. Fatal error: Group Non-Protein referenced in the .mdp file was not found in the index file. Group names must match either [moleculetype] names or custom index group names, in which case you must supply an index file to the ‘-n’ option of grompp
50. GROMACS中文手册：第八章　分析
51. gromacs命令-gmx make_ndx: 制作索引文件
52. gmx mdx索引文件
53. Gromacs选择某条链作为索引组
54. GROMACS Tutorial
55. 蛋白质配体复合物-分子动力学模拟Gromacs
56. 求助关于Gromacs模拟蛋白质的一些小白问题
57. Gromacs动力学模拟
58. GROMACS Tutorial 5-Protein-Ligand Complex
59. gmx pdb2gmx -f sample52_modelb.pdb -o sample52_processed.gro -water spc -ignh