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蛋白质结构中pdbx_strand_id和entity_id相互转化

在蛋白质结构中,entity_id 和 pdbx_strand_id 表示的是不同的概念,涉及到不同层次的信息。

1. entity_id (实体 ID)

  • 定义entity_id 标识蛋白质结构中的一个“实体”(entity)。一个实体可以是一个多肽链、DNA 链、RNA 链,或者某些小分子(如辅因子、配体等)。
  • 特点:每个实体通常对应一种生物分子或者化学物质(如一条完整的蛋白质链、RNA链,或一个配体分子)。如果蛋白质结构中有两个相同的链(序列和构象相同),它们可能会共享同一个 entity_id
  • 使用场景entity_id 常用来表示某个完整的生物分子单位,通常可以在 entityentity_poly 等类别中找到。

2. pdbx_strand_id (链标识符)

  • 定义pdbx_strand_id 是蛋白质或核酸链的标识符,在 PDB 文件中通常是一个字母或数字,用来区分结构中的不同“链”(chain)。通常对应于 PDB 格式中的 chain_id
  • 特点:蛋白质结构中的每条链(例如多肽链、DNA 或 RNA 链&#

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