蛋白质结构中pdbx_strand_id和entity_id相互转化
在蛋白质结构中,entity_id
和 pdbx_strand_id
表示的是不同的概念,涉及到不同层次的信息。
1. entity_id
(实体 ID):
- 定义:
entity_id
标识蛋白质结构中的一个“实体”(entity)。一个实体可以是一个多肽链、DNA 链、RNA 链,或者某些小分子(如辅因子、配体等)。 - 特点:每个实体通常对应一种生物分子或者化学物质(如一条完整的蛋白质链、RNA链,或一个配体分子)。如果蛋白质结构中有两个相同的链(序列和构象相同),它们可能会共享同一个
entity_id
。 - 使用场景:
entity_id
常用来表示某个完整的生物分子单位,通常可以在entity
、entity_poly
等类别中找到。
2. pdbx_strand_id
(链标识符):
- 定义:
pdbx_strand_id
是蛋白质或核酸链的标识符,在 PDB 文件中通常是一个字母或数字,用来区分结构中的不同“链”(chain)。通常对应于 PDB 格式中的chain_id
。 - 特点:蛋白质结构中的每条链(例如多肽链、DNA 或 RNA 链&#
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