专栏十九:单细胞大数据时代使用scvi和scanpy整合数据
慢更ing,主要是记录自己在分析中的一些困惑
一、基础知识和解惑
放在最前面,是因为scvi整合不像harmony,傻瓜式操作,很多地方还是要注意一下的。
1.如何正确的寻找HVGs
一般我们使用的函数就是scanpy.pp.highly_variable_genes,里面的参数较为复杂。
Q:输入数据的格式是什么?
A:这涉及到使用count layer还是经过normalize后的.X数据。根据介绍:Expects logarithmized data, except when flavor='seurat_v3'/'seurat_v3_paper', in which count data is expected.
Q:几个flavor的区别?
A:除了官网的介绍(列举了几种模仿seurat流程的代码),还有个重要的问题就是在有batch的情况下,如何挑选。
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