专栏十九：单细胞大数据时代使用scvi和scanpy整合数据

慢更ing，主要是记录自己在分析中的一些困惑

一、基础知识和解惑

放在最前面，是因为scvi整合不像harmony，傻瓜式操作，很多地方还是要注意一下的。

1.如何正确的寻找HVGs

一般我们使用的函数就是scanpy.pp.highly_variable_genes，里面的参数较为复杂。

Q：输入数据的格式是什么？

A：这涉及到使用count layer还是经过normalize后的.X数据。根据介绍：Expects logarithmized data, except when flavor='seurat_v3'/'seurat_v3_paper', in which count data is expected.

Q：几个flavor的区别？

A：除了官网的介绍（列举了几种模仿seurat流程的代码），还有个重要的问题就是在有batch的情况下，如何挑选。