MINES
MINES
(m)6A (I)dentification Using (N)anopor(E) (S)equencing
Tombo(v1.4) 命令在 MINES 之前执行:
(仅在 fast5 文件中尚未包含 fastq 时需要)
tombo preprocess annotate_raw_with_fastqs --fast5-basedir /fast5_dir/ --fastq-filenames Fastqs --overwrite --processes #tombo resquiggle /fast5_dir/ REF.fa --overwrite --processes #tombo detect_modifications de_novo --fast5-basedirs /fast5_dir/ --statistics-file-basename Stats_Filenametombo text_output browser_files --fast5-basedirs /fast5_dir/ --statistics-filename Stats_Filename.tombo.stats --browser-file-basename output_filename --file-types coverage fraction
MINES 依赖项:
python 3.7.0
pandas 0.23.4
pybedtools 0.8.0
numpy* 1.16.4
scikit-learn 0.19.2
bedops 2.4.35
MINES 使用方法
将 Wig 文件转换为 Bed 文件。
wig2bed < output_filename.fraction_modified_reads.plus.wig > output_filename.fraction_modified_reads.plus.wig.bed
cDNA_MINES 示例:
python cDNA_MINES.py --fraction_modified output_filename.fraction_modified_reads.plus.wig.bed --coverage output_filename.coverage.plus.bedgraph --output m6A_output_filename.bed --ref REF.fa
genomic_MINES 示例:
python genomic_MINES.py --fraction_modified_plus output_filename.fraction_modified_reads.plus.wig.bed --coverage_plus output_filename.coverage.plus.bedgraph --coverage_minus output_filename.coverage.minus.bedgraph --fraction_modified_minus output_filename.fraction_modified_reads.minus.wig.bed --output m6A_output_filename.bed --ref REF.fa
输出文件格式(bed/tab 分隔):
chr, start, stop, 5-mer, unique key, strand, fraction modified^, coverage
^fraction modified 是识别到的 m6A 位点的值。然而,该位置的值应谨慎使用,因为“A”位点被发现是甲基化的不良预测因子。
参考文件可以从以下链接下载:
hg19: http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/ File: hg19.fa.gz 然后运行 gunzip。
cDNA: ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-91/fasta/homo_sapiens/cdna/ File: Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz 然后运行 gunzip。
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