医学图像分析工具09.1:Brainstorm安装教程
1. 安装前准备
-
**官方安装包和数据:**https://neuroimage.usc.edu/bst/download.php
-
**官方安装教程:**https://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Installation
-
Matlab 版本要求:
- 有 Matlab: R2009b (7.9) 或更高版本
- 没有 Matlab: Matlab Runtime R2023a (9.14),可以从 MathWorks 网站免费下载
2. 下载 Brainstorm
-
访问下载页面:
注册并完成下载。若未收到确认邮件,请检查垃圾邮件。 -
选择下载包:
- 源代码包:
brainstorm_yymmdd_src.zip(适用于 Matlab) - 二进制包:
brainstorm_yymmdd_bin.zip(无需 Matlab 许可) - 源代码 + 二进制包:
brainstorm_yymmdd.zip(包含源代码和二进制文件)
- 源代码包:
-
解压文件:
- Windows: 解压到
My Documents\brainstorm3 - Linux: 解压到
/usr/local/brainstorm3或~/brainstorm3(如果没有管理员权限) - MacOS: 解压到
Applications/brainstorm3
- Windows: 解压到
-
创建 Brainstorm 数据库:
- Windows:
My Documents\brainstorm_db - Linux:
/home/username/brainstorm_db - MacOS:
Documents/brainstorm_db
注意: 切勿在
brainstorm3文件夹内创建brainstorm_db,否则更新时可能会删除该文件夹。 - Windows:
3. 安装步骤
3.1. 有 Matlab 的安装流程
- 启动 Matlab:
不需要手动添加brainstorm3文件夹到 Matlab 路径,系统会自动添加。 - 进入 Brainstorm 文件夹:
进入解压后的brainstorm3文件夹。 - 运行 Brainstorm:
- 在 Matlab 命令窗口中输入
brainstorm并回车。 - 当系统提示选择 Brainstorm 数据库时,选择你创建的
brainstorm_db文件夹。
- 在 Matlab 命令窗口中输入
- 完成设置:
按照 “入门教程” 完成设置并开始使用。


3.2. 没有 Matlab 的安装流程
-
下载 Matlab Runtime:
访问 MathWorks 网站下载适用于你的操作系统的 Matlab Runtime R2023a (9.14)。 -
安装 Matlab Runtime:
- Windows: 双击
.exe文件并按照提示完成安装。 - MacOS: 解压
.zip文件并运行InstallForMacOSX。 - Linux: 在终端中解压
.zip文件并运行./install。
- Windows: 双击
-
运行 Brainstorm:
-
进入
brainstorm3/bin/R2023a/目录:
-
Windows: 双击
brainstorm3.bat。 -
MacOS: 双击
brainstorm3.command并按照提示操作。 -
Linux:
在终端中运行:
cd brainstorm3/bin/R2023a/ ./brainstorm3.command
-
-
-
完成设置:
当系统提示选择 Brainstorm 数据库时,选择你创建的brainstorm_db文件夹。
4. 故障排除(可选)
4.1. 常见问题解决
-
MacOS:
- 若出现 “应用程序无法打开,因为它来自未认证的开发者” 错误,右键点击应用程序 > 选择 打开,并点击 打开 确认。
- 更多 MacOS 支持信息可参考 MacOS BigSur 支持。
-
Linux:
-
某些用户可能会遇到界面问题,尝试更换操作系统的图形主题。
-
确保
brainstorm3.command文件具有可执行权限:
chmod a+x brainstorm3.command
-
-
Windows:
- 如果没有管理员权限,尝试右键点击
brainstorm3.bat并选择 以管理员身份运行。 - 如果 Matlab 或 Runtime 安装路径不标准,手动编辑
brainstorm3.bat文件,指定正确的路径。
- 如果没有管理员权限,尝试右键点击
5. 离线安装(可选)
如果没有互联网连接,可以在另一台计算机上下载必要的文件(例如 SPM 模板和插件),然后将它们复制到安装了 Brainstorm 的计算机。
- 下载并安装 SPM 模板和插件
将 SPM_TPM.zip 文件解压到$HOME/.brainstorm/defaults/spm,并将解剖学模板文件复制到$HOME/.brainstorm/defaults/anatomy。 - 插件安装: 将下载的插件解压到 Brainstorm 文件夹外的任何位置,然后在 Brainstorm 中通过 插件菜单 > 自定义安装 安装插件。
6. 代理配置(可选)
如果计算机通过代理连接互联网,Matlab 和 Brainstorm 可能无法自动检测到该代理。你可以手动配置 Matlab 使用代理。详细步骤请参考 Matlab 代理设置文档。
7. 源码目录结构
brainstorm3/
├── bin/
├── defaults/
├── deploy/
├── doc/
├── external/
├── java/
├── python/
├── toolbox/
├── github/workflows/
├── gitignore
├── CITATION.cff
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── README.md
└── brainstorm.m
- bin/:包含项目所需的二进制文件和运行时环境( R2023a 版本的运行时文件)。
- defaults/:包含项目的默认配置文件。
- deploy/:存放与项目部署相关的文件。
- doc/:包含项目的文档文件。
- external/:包含项目依赖的外部库和工具。
- java/:包含项目的 Java 代码。
- python/:包含项目的 Python 代码。
- toolbox/:存放项目的工具箱文件。
- github/workflows/:包含 GitHub Actions 的工作流配置文件。
- gitignore:Git 忽略文件配置,定义了哪些文件和目录在版本控制中应被忽略。
- CITATION.cff:提供项目的引用格式文件,便于引用和引用管理。
- CONTRIBUTING.md:项目贡献指南,说明如何参与和贡献代码。
- LICENSE:项目的许可证文件,定义了项目的使用和分发条款。
- README.md:项目的简介和使用说明,提供了项目概览、安装及使用指南。
- brainstorm.m:项目的主启动文件,用于初始化和运行 Brainstorm。
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