医学图像分析工具09.1：Brainstorm安装教程

1. 安装前准备

• **官方安装包和数据：**https://neuroimage.usc.edu/bst/download.php

• **官方安装教程：**https://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Installation

• Matlab 版本要求：

  • 有 Matlab： R2009b (7.9) 或更高版本
  • 没有 Matlab： Matlab Runtime R2023a (9.14)，可以从 MathWorks 网站免费下载

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2. 下载 Brainstorm

1. 访问下载页面：
   注册并完成下载。若未收到确认邮件，请检查垃圾邮件。

2. 选择下载包：

   • 源代码包： brainstorm_yymmdd_src.zip（适用于 Matlab）
   • 二进制包： brainstorm_yymmdd_bin.zip（无需 Matlab 许可）
   • 源代码 + 二进制包： brainstorm_yymmdd.zip（包含源代码和二进制文件）

3. 解压文件：

   • Windows: 解压到 My Documents\brainstorm3
   • Linux: 解压到 /usr/local/brainstorm3 或 ~/brainstorm3（如果没有管理员权限）
   • MacOS: 解压到 Applications/brainstorm3

4. 创建 Brainstorm 数据库：

   • Windows: My Documents\brainstorm_db
   • Linux: /home/username/brainstorm_db
   • MacOS: Documents/brainstorm_db

   注意： 切勿在 brainstorm3 文件夹内创建 brainstorm_db，否则更新时可能会删除该文件夹。

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3. 安装步骤

3.1. 有 Matlab 的安装流程

1. 启动 Matlab：
   不需要手动添加 brainstorm3 文件夹到 Matlab 路径，系统会自动添加。
2. 进入 Brainstorm 文件夹：
   进入解压后的 brainstorm3 文件夹。
3. 运行 Brainstorm：
   • 在 Matlab 命令窗口中输入 brainstorm 并回车。
   • 当系统提示选择 Brainstorm 数据库时，选择你创建的 brainstorm_db 文件夹。
4. 完成设置：
   按照 “入门教程” 完成设置并开始使用。
   
   

3.2. 没有 Matlab 的安装流程

1. 下载 Matlab Runtime：
   访问 MathWorks 网站下载适用于你的操作系统的 Matlab Runtime R2023a (9.14)。

2. 安装 Matlab Runtime：

   • Windows: 双击 .exe 文件并按照提示完成安装。
   • MacOS: 解压 .zip 文件并运行 InstallForMacOSX。
   • Linux: 在终端中解压 .zip 文件并运行 ./install。

3. 运行 Brainstorm：

   • 进入

     brainstorm3/bin/R2023a/
     

     目录：

     • Windows: 双击 brainstorm3.bat。

     • MacOS: 双击 brainstorm3.command 并按照提示操作。

     • Linux:

       在终端中运行：

       cd brainstorm3/bin/R2023a/
       ./brainstorm3.command
       

4. 完成设置：
   当系统提示选择 Brainstorm 数据库时，选择你创建的 brainstorm_db 文件夹。

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4. 故障排除（可选）

4.1. 常见问题解决

• MacOS：

  • 若出现 “应用程序无法打开，因为它来自未认证的开发者” 错误，右键点击应用程序 > 选择 打开，并点击 打开 确认。
  • 更多 MacOS 支持信息可参考 MacOS BigSur 支持。

• Linux：

  • 某些用户可能会遇到界面问题，尝试更换操作系统的图形主题。

  • 确保

    brainstorm3.command
    

    文件具有可执行权限：

    chmod a+x brainstorm3.command
    

• Windows：

  • 如果没有管理员权限，尝试右键点击 brainstorm3.bat 并选择 以管理员身份运行。
  • 如果 Matlab 或 Runtime 安装路径不标准，手动编辑 brainstorm3.bat 文件，指定正确的路径。

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5. 离线安装（可选）

如果没有互联网连接，可以在另一台计算机上下载必要的文件（例如 SPM 模板和插件），然后将它们复制到安装了 Brainstorm 的计算机。

1. 下载并安装 SPM 模板和插件
   将 SPM_TPM.zip 文件解压到 $HOME/.brainstorm/defaults/spm，并将解剖学模板文件复制到 $HOME/.brainstorm/defaults/anatomy。
2. 插件安装： 将下载的插件解压到 Brainstorm 文件夹外的任何位置，然后在 Brainstorm 中通过 插件菜单 > 自定义安装 安装插件。

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6. 代理配置（可选）

如果计算机通过代理连接互联网，Matlab 和 Brainstorm 可能无法自动检测到该代理。你可以手动配置 Matlab 使用代理。详细步骤请参考 Matlab 代理设置文档。

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7. 源码目录结构

brainstorm3/
├── bin/
├── defaults/
├── deploy/
├── doc/
├── external/
├── java/
├── python/
├── toolbox/
├── github/workflows/
├── gitignore
├── CITATION.cff
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── README.md
└── brainstorm.m

• bin/：包含项目所需的二进制文件和运行时环境（ R2023a 版本的运行时文件）。
• defaults/：包含项目的默认配置文件。
• deploy/：存放与项目部署相关的文件。
• doc/：包含项目的文档文件。
• external/：包含项目依赖的外部库和工具。
• java/：包含项目的 Java 代码。
• python/：包含项目的 Python 代码。
• toolbox/：存放项目的工具箱文件。
• github/workflows/：包含 GitHub Actions 的工作流配置文件。
• gitignore：Git 忽略文件配置，定义了哪些文件和目录在版本控制中应被忽略。
• CITATION.cff：提供项目的引用格式文件，便于引用和引用管理。
• CONTRIBUTING.md：项目贡献指南，说明如何参与和贡献代码。
• LICENSE：项目的许可证文件，定义了项目的使用和分发条款。
• README.md：项目的简介和使用说明，提供了项目概览、安装及使用指南。
• brainstorm.m：项目的主启动文件，用于初始化和运行 Brainstorm。