本地部署pangolin获取谱系,从而达到预测新冠的流行趋势
步骤 1:安装Docker
注:此步骤忽略,可通过Docker官网对于文档进行安装,地址如下
Docker: Accelerated Container Application Development
https://www.docker.com/
步骤 2:拉取Pangolin镜像
docker pull staphb/pangolin:latest
步骤 3:准备输入文件和目录
mkdir -p ./pangolin/input ./pangolin/output ./pangolin/dataset
步骤4:下载数据集
docker run --rm -it \
-v "$(pwd)/pangolin/datadir:/datadir" \
staphb/pangolin:latest \
pangolin --update --datadir /datadir
注:运行前请保证 pangolin/input目录下存在对应的序列文件
步骤 5:运行Pangolin
docker run --rm -it \
-v $(pwd)/pangolin/input:/data/input \
-v $(pwd)/pangolin/output:/data/output \
-v "$(pwd)/pangolin/datadir:/datadir" \
staphb/pangolin:latest \
pangolin /data/input/input.fasta \
--outdir /data/output
--datadir /datadir
相关注释:
-v $(pwd)/pangolin/input:/data/input \ # 挂载本地输入目录
-v $(pwd)/pangolin/dataset:/data/datadir\ # 挂载数据集版本
-v $(pwd)/pangolin/output:/data/output \ # 挂载本地输出目录
staphb/pangolin:latest \ # 指定镜像
pangolin \ # 子命令
--datadir /datadir \ #指定对应的数据集
--outdir /data/output \ # 指定输出目录
/data/input/input.fasta # 输入文件位置参数
步骤 6:运行成功后结果目录出现对应结果

注:如要整合进系统,可通过shell命令进行调用,入库
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