【数据分析】转录组基因表达的KEGG通路富集分析教程
禁止商业或二改转载，仅供自学使用，侵权必究，如需截取部分内容请后台联系作者!
文章目录
- 介绍
- 差异分析（limma）
- KEGG富集分析（enrichKEGG）
- 可视化
- 加载R包
- 数据下载
- 导入数据
- 基因差异分析
- 火山图
- KEGG通路富集分析
- 可视化通路结果
- 另一个案例
- 总结
- 系统信息
- 参考
介绍
KEGG富集分析，可以发现差异基因所涉及的生物学通路，从而深入了解在特定生物学过程中起关键作用的分子机制。例如，在疾病发生发展过程中，哪些代谢通路或信号通路发生了改变，有助于揭示疾病的发病机制。
富集分析结果可以为后续的实验研究提供方向和依据。研究人员可以根据富集的通路选择相关的基因或通路进行深入的功能验证实验，如基因敲除、过表达等，进一步探索其在生物学过程中的具体作用。
在疾病相关的转录组研究中，KEGG富集分析有助于发现与疾病发生发展密切相关的通路和基因，这些通路和基因可能成为潜在的治疗靶点，为药物研发和治疗策略的制定提供参考。通过对比不同样本或处理组间的KEGG富集结果，可以直观地了解它们在生物学通路层面的差异，有助于理解不同因素对生物系统的影响。
差异分析（limma）
- 原理：limma（linear models fo
相关文章：
【数据分析】转录组基因表达的KEGG通路富集分析教程
禁止商业或二改转载，仅供自学使用，侵权必究，如需截取部分内容请后台联系作者! 文章目录 介绍差异分析（limma）KEGG富集分析（enrichKEGG）可视化加载R包数据下载导入数据基因差异分析火山图KEGG通路富集分析可视化通路结果另一个案例总结系统信息参考介绍 KEGG富集分析，可…...
【由技及道】API契约的量子纠缠术：响应封装的十一维通信协议（全局的返回结果封装）【人工智障AI2077的开发日志012】
摘要：在API通信的量子混沌中，30种返回格式如同平行宇宙的物理定律相互碰撞。本文构建的十一维通信协议，通过时空锚点（ApiResult）、量子过滤器（ResponseWrapper）和湮灭防护罩（Jackson…...
STM32 ——系统架构
3个被动单元 SRAM 存储程序运行时用到的变量 Flash（内部闪存存储器） 存储下载的程序 程序执行时用到的常量 桥接1和桥接2 AHB到APB的桥（AHBtoAPBx) 桥1 通过APB2总线连接到APB2上的外设。 高速外设，最高72MHz。 桥2 通过…...
算法 之 树形dp 树的中心、重心
文章目录 重心实践题目小红的陡峭值 在树的算法中，求解树的中心和重心是一类十分重要的算法 求解树的重心 树的重心的定义：重心是树中的一个节点，如果将这个点删除后，剩余各个连通块中点数的最大值最小，那么这个节点…...
如何利用 Excel 表格实现精准文件批量重命名教程
在处理大量文件时，有时需要根据特定规则对文件名进行调整。如果您的文件名和新名称之间存在一对多的关系，并且这种关系可以通过 Excel 表格来管理，那么使用“简鹿文件批量重命名”软件中的“匹配对应名称命名”功能将是一个高效的选择。接下来…...
ACE协议学习1
在多核系统或复杂SoC（System on Chip）中，不同处理器核心或IP（Intellectual Property）模块之间需要保持数据的一致性。常用的是ACE协议or CHI。 先对ACE协议进行学习 ACE协议（Advanced Microcontroller Bu…...
【实战ES】实战 Elasticsearch：快速上手与深度实践-5.1.1热点分片识别与均衡策略
👉 点击关注不迷路 👉 点击关注不迷路 👉 点击关注不迷路 文章大纲 5.1.1 Filebeat Logstash ES Kibana 全链路配置实1. 架构设计与组件选型1.1 技术栈对比分析1.2 硬件配置推荐 2. Filebeat 高级配置2.1 多输入源配置2.2 性能优化参数 3.…...
Kubernetes 的正式安装
1.基础的网络结构说明 软件路由器 ikuai 当然同一个仅主机模式 相当于在 同一个我们所谓的广播域内 所以相当于它们的几张网卡 是被连接起来的 为了防止出现问题 我们可以把第二块网卡临时关闭一下 2.准备路由器 ikuai 爱快 iKuai-商业场景网络解决方案提供商 (ikuai8.com)…...
初阶数据结构（C语言实现）——4.2队列
目录 2.队列2.1队列的概念及结构2.2队列的实现2.2.1 初始化队列2.2.2 销毁队列2.2.3 队尾入队列2.2.4 队头出队列2.2.5获取队列头部元素2.2.6 获取队列队尾元素2.2.7获取队列中有效元素个数2.2.8 检测队列是否为空，如果为空返回非零结果，如果非空返回0 3…...
Mysql主从复制和Mysql高可用以及负载均衡配置
需要先配置MySQL主从复制，然后再在主MySQL服务器上配置MySQL Router。以下是详细说明和步骤： 1. 为什么需要先配置MySQL主从复制？ MySQL主从复制是MySQL高可用性和负载均衡的基础，通过将数据从主服务器实时同步到从服务器&#…...
c#中使用时间戳转换器
在C#中，时间戳转换器通常用于将时间戳（通常是一个表示自某一特定时间点（如1970年1月1日UTC）以来的毫秒数的长整型值）转换为DateTime对象，或者将DateTime对象转换回时间戳。以下是几种实现这一功能的方法： 1. 使用DateTime的构造函数 将时间戳转换为DateTime long tim…...
杂项知识笔记搜集
1.pygame pygame可以画出来图形界面，pygame Python仓库 PyGame游戏编程_游戏程序设计csdn-CSDN博客 2.V4L2库 V4L2是Linux上的Camera采集器的框架 Video for Linux ，是从Linux2.1版本开始支持的。HDMI视频采集卡采集到的视频通过USB3.0输出࿰…...
rust语言match模式匹配涉及转移所有权Error Case
struct S{data:String, }//注意：因为String默认是移动语义，从而决定结构体S也是移动语义，可采用(1)或(2)两种方法解决编译错误；关键思路：放弃获取结构体S的字段data的所有权，改为借用。fn process(s_ref:&a…...
golang从入门到做牛马:第十一篇-Go语言变量作用域：变量的“生活圈”
在Go语言中，变量的作用域决定了它在程序中的可见性和生命周期。理解变量的作用域对于编写清晰、高效的代码至关重要。Go语言中的变量可以在三个主要地方声明：函数内、函数外和函数定义中。接下来，让我们深入探讨局部变量、全局变量和形式参数的作用域。 局部变量：函数内的“…...
【Linux】37.网络版本计算器
文章目录 1. Log.hpp-日志记录器2. Daemon.hpp-守护进程工具3. Protocol.hpp-通信协议解析器4. ServerCal.hpp-计算器服务处理器5. Socket.hpp-Socket通信封装类6. TcpServer.hpp-TCP服务器框架7. ClientCal.cc-计算器客户端8. ServerCal.cc-计算器服务器9. 代码时序1. 服务器启…...
linux安装Mariadb10.5并修改端口
首先配置yum源 进入下方的文件进行配置 vim /etc/yum.repos.d/MariaDB.repo填写下方内容 [mariadb]name MariaDBbaseurl https:///mirrors.aliyun.com/mariadb/yum/10.5/centos8-amd64/gpgkeyhttps:///mirrors.aliyun.com/mariadb/yum/RPM-GPG-KEY-MariaDBmodule_hotfixes…...
从Windows到ARM Linux：Qt程序的交叉编译与移植指南
引言 在嵌入式开发中，我们经常需要将桌面端开发的Qt程序部署到ARM架构的Linux设备。本文详细介绍如何将Windows平台开发的Qt程序，通过Linux虚拟机交叉编译为ARM架构可执行文件的完整过程 环境准备 需要特别注意的是，对于CentOS 7 默认支持…...
【微信小程序】uniapp开发微信小程序
uniapp开发微信小程序 1、上拉加载 下拉刷新 import { onReachBottom, onPullDownRefresh } from dcloudio/uni-app;配置允许下拉刷新： {"path" : "pages/pet/pet","style" : {"navigationBarTitleText" : ""…...
多视图几何--结构恢复--三角测量
三角测量 1. 核心公式推导 假设两个相机的投影矩阵为 P P P 和 P ′ P P′，对应的匹配图像点(同名点)为 ( u , v ) (u, v) (u,v) 和 ( u ′ , v ′ ) (u, v) (u′,v′)，目标是求解三维点 X [ X x , X y , X z , 1 ] T X [X_x, X_y, X_z, 1]^T X…...
【Linux三剑客】awk命令使用
AWK 编程语言中的变量 AWK 提供了许多可在模式和操作中使用的内置变量。最常用的变量是 - NR - 表示当前记录（行）号 NF - 表示输入记录中的字段总数。 $0 - 整个当前记录。 $1, $2, $3, … - 当前记录中的第一个、第二个、第三个…字段。 查找passwd中…...
（十）学生端搭建
本次旨在将之前的已完成的部分功能进行拼装到学生端，同时完善学生端的构建。本次工作主要包括： 1.学生端整体界面布局 2.模拟考场与部分个人画像流程的串联 3.整体学生端逻辑 一、学生端 在主界面可以选择自己的用户角色 选择学生则进入学生登录界面…...
k8s从入门到放弃之Ingress七层负载
k8s从入门到放弃之Ingress七层负载 在Kubernetes（简称K8s）中，Ingress是一个API对象，它允许你定义如何从集群外部访问集群内部的服务。Ingress可以提供负载均衡、SSL终结和基于名称的虚拟主机等功能。通过Ingress，你可…...
PHP和Node.js哪个更爽?
先说结论，rust完胜。 php：laravel，swoole，webman，最开始在苏宁的时候写了几年php，当时觉得php真的是世界上最好的语言，因为当初活在舒适圈里，不愿意跳出来，就好比当初活在…...
华为OD机试-食堂供餐-二分法
import java.util.Arrays; import java.util.Scanner;public class DemoTest3 {public static void main(String[] args) {Scanner in new Scanner(System.in);// 注意 hasNext 和 hasNextLine 的区别while (in.hasNextLine()) { // 注意 while 处理多个 caseint a in.nextIn…...
VTK如何让部分单位不可见
最近遇到一个需求，需要让一个vtkDataSet中的部分单元不可见，查阅了一些资料大概有以下几种方式 1.通过颜色映射表来进行，是最正规的做法 vtkNew<vtkLookupTable> lut; //值为0不显示，主要是最后一个参数，透明度…...
优选算法第十二讲：队列 + 宽搜 优先级队列
优选算法第十二讲：队列 宽搜 && 优先级队列 1.N叉树的层序遍历2.二叉树的锯齿型层序遍历3.二叉树最大宽度4.在每个树行中找最大值5.优先级队列 -- 最后一块石头的重量6.数据流中的第K大元素7.前K个高频单词8.数据流的中位数 1.N叉树的层序遍历 2.二叉树的锯…...
Linux --进程控制
本文从以下五个方面来初步认识进程控制： 目录 进程创建 进程终止 进程等待 进程替换 模拟实现一个微型shell 进程创建 在Linux系统中我们可以在一个进程使用系统调用fork()来创建子进程，创建出来的进程就是子进程，原来的进程为父进程。…...
React---day11
14.4 react-redux第三方库 提供connect、thunk之类的函数 以获取一个banner数据为例子 store： 我们在使用异步的时候理应是要使用中间件的，但是configureStore 已经自动集成了 redux-thunk，注意action里面要返回函数 import { configureS…...
Caliper 配置文件解析：fisco-bcos.json
config.yaml 文件 config.yaml 是 Caliper 的主配置文件，通常包含以下内容： test:name: fisco-bcos-test # 测试名称description: Performance test of FISCO-BCOS # 测试描述workers:type: local # 工作进程类型number: 5 # 工作进程数量monitor:type: - docker- pro…...
 error)
【前端异常】JavaScript错误处理：分析 Uncaught (in promise) error
在前端开发中，JavaScript 异常是不可避免的。随着现代前端应用越来越多地使用异步操作（如 Promise、async/await 等），开发者常常会遇到 Uncaught (in promise) error 错误。这个错误是由于未正确处理 Promise 的拒绝（r…...