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代谢组数据分析（二十六）：LC-MS/MS代谢组学和脂质组学数据的分析流程

article 2025/6/4 16:57:47

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文章目录

    • 介绍
    • 加载R包
      • 依赖包
      • 安装包
      • 加载需要的R包
    • 数据下载以及转换mzML
    • 数据预处理
    • 代谢物注释
    • LipidFinder过滤
    • MultiABLER数据预处理
      • 过滤
      • 补缺失值
      • 对数变换
    • 数据标准化
    • 下游数据分析
    • 总结
    • 系统信息
    • 参考

介绍

LC-MS/MS（液相色谱-串联质谱）分析在代谢组学和脂质组学中扮演着至关重要的角色。整个分析流程从样本的采集和提取开始。首先，需要从生物样本中提取代谢物或脂质，这一步骤通常涉及使用特定的溶剂和方法来分离目标化合物。接下来，提取的样本通过液相色谱系统进行分离，该系统能够根据化合物的化学性质（如极性和分子大小）对其进行分离。分离后的化合物随后进入质谱仪进行检测，质谱仪通过测量离子化后的化合物的质量/电荷比（m/z）来识别和定量这些化合物。

在质谱分析过程中，峰识别是一个关键步骤，它涉及到从质谱数据中识别出特定的峰，这些峰对应于特定的化合物。通过序列分配，可以将这些峰与已知的化合物或数据库中的条目进行匹配，从而实现化合物的鉴定。随后，特征注释步骤将这些识别出的化合物与数据库中的信息进行关联，以获取更多关于这些化合物的详细信息，如其生物功能或参与的代谢途径。

最后，为了确保数据的可靠性和可比性&

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