读取.nrrd和.dcm文件格式医学图片可视化与预处理
nrrd数据格式
MITK默认会将医学图像保存为格式为NRRD的图像,在这个数据格式中包含:
1、一个单个的数据头文件:为科学可视化和医学图像处理准确地表示N维度的栅格信息。
2、既能分开又能合并的图像文件。
nrrd_options输出
{u’dimension’: 3, # 维度
u’encoding’: ‘raw’, # 编码方式
u’endian’: ‘little’, #
u’keyvaluepairs’: {},
u’kinds’: [‘domain’, ‘domain’, ‘domain’], # 三个维度的类型
u’sizes’: [30, 30, 30], #三个维度的大小
u’space’: ‘left-posterior-superior’, # 空间信息
u’space directions’: [[‘1’, ‘0’, ‘0’], [‘0’, ‘1’, ‘0’], [‘0’, ‘0’, ‘1’]],
u’space origin’: [‘0’, ‘0’, ‘0’],
u’type’: ‘short’}
dcm数据格式
DICOM(DigitalImaging andCommunications inMedicine)是指医疗数字影像传输协定,是用于医学影像处理、储存、打印、传输的一组通用的标准协定。
DCM格式的文件会存储其各类重要信息。其中,常用到
(1)Patient ID : 患者ID (一般与患者的文件夹命名一致);
(2)Series Number : 属于同一三维数据的该序号应当是一样的,例如都是同一CT图像中的某张切片,那么该值是一样,通过该值判断是不是属于同一个三维数据(可能一个患者拍了多张CT图像);
(3)Image Position :该切片左上角像素点的空间位置。简而言之,利用Series Number找出患者文件夹下的所有属于同一三维图像的所有切片,然后利用Image Position对这些切片进行排序并重构成三维数据。
这里仅展示二维读取
代码实现
import nrrd
import pydicom
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt# dicom文件
path = ".dcm"
ds = pydicom.dcmread(path,force=True)
data = np.array(ds.pixel_array)
plt.figure()
plt.imshow(data,cmap='gray')
plt.axis('off')
plt.show()#nrrd文件
nrrd_filename = '.nrrd'
nrrd_data, nrrd_options = nrrd.read(nrrd_filename)
print(nrrd_data.shape)
data =nrrd_data[:,:,50]#取切片
data = np.array(ds.pixel_array)
def WLww(image,WL,WW):min_v = (2 * WL - WW) / 2.0 max_v = (2 * WL + WW) / 2.0img1= (image-min_v)/WWimg1[img1>1] = 1img1[img1<0] = 0img1=img1*255return img1
data = WLww(data,20,400)
plt.figure()
plt.imshow(data,cmap='gray')
plt.axis('off')
plt.show()
结果展示



相关文章:
读取.nrrd和.dcm文件格式医学图片可视化与预处理
nrrd数据格式 MITK默认会将医学图像保存为格式为NRRD的图像,在这个数据格式中包含: 1、一个单个的数据头文件:为科学可视化和医学图像处理准确地表示N维度的栅格信息。 2、既能分开又能合并的图像文件。 nrrd_options输出 {u’dimension’:…...
VS CODE中的筛选器如何打开?
最近更新了vscode1.82版本,发现在git管理界面有一个“筛选器”功能,十分好用,后来关掉了,找了好久都没有找到办法打开这个筛选器功能,今天无意中不知道按到了哪个快捷键,打开了,就是下图这个&am…...
vue 多环境文件配置(开发,测试,生产)
1.经常我们在开发时候会有不同环境,要代理的路由等等都会出现不同 配置一下三个文件打包的时候,执行三个不同的指令就会打包不同的环境 npm run build:dev npm run build:test npm run build:prodpackage.json 中配置scripts 指令 以,env.development…...
在服务器上搭建pulseaudio的运行环境,指定其运行目录、状态目录和模块目录
如果想在搭建 PulseAudio 的服务器上指定其运行目录、状态目录和模块目录,可以通过修改 PulseAudio 的配置文件来实现。一般情况下所涉及的配置文件和相关选项如下所示: 1、配置文件路径:通常情况下,PulseAudio 的配置文件位于 /…...
[Qt]QListView 重绘实例之一:背景重绘
0 环境 Windows 11Qt 5.15.2 MinGW x64 1 系列文章 简介:本系列文章,是以纯代码方式实现 Qt 控件的重构,尽量不使用 Qss 方式。 《[Qt]QListView 重绘实例之一:背景重绘》 《[Qt]QListView 重绘实例之二:列表项覆…...
国庆周《Linux学习第二课》
Linux开篇指南针环境安装(第一课)-CSDN博客 Linux详细的环境安装介绍在上面 第一 环境准备过程 安装过程...
6年前的麒麟980依旧可以再战
麒麟980,使用6年后的今天,我对它进行跑分测试。 在bench旗下的VRMark跑分中,麒麟980荣获5023分,同款跑分APP,要知道同一时期的高通骁龙855只有4937分, 打游戏,以和平精英为例,帧率3…...
JS计算任意多边形的面积
计算任意多边形的面积需要使用一些几何数学公式。具体的计算方法取决于多边形的形状和提供的顶点坐标。下面是一个通用的 JavaScript 函数,用于计算任意多边形的面积,假设你提供多边形的顶点坐标数组: function calculatePolygonArea(vertic…...
ios xcode15 navigationController?.navigationBar.isHidden = false无效
xcode 15 用 navigationController?.setNavigationBarHidden(true, animated: false)隐藏navigationBar后,再调用 navigationController?.navigationBar.isHidden false无效 解决 用 navigationController?.navigationBar.isHidden true隐藏navigationBar...
Python二级 每周练习题20
练习一: 日期计算器 设计一款日期计算程序,能否实现下面的功能: (1)要求用户分别输入年、月、日(分三次输入); (2)程序自动会根据输入的年月日计算出这一天是这一年的第几天; (3)输出格式为:这…...
深度学习-一个简单的深度学习推导
文章目录 前言1.sigmod函数2.sigmoid求导3.损失函数loss4.神经网络1.神经网络结构2.公式表示-正向传播3.梯度计算1.Loss 函数2.梯度1.反向传播第2-3层2.反向传播第1-2层 3.python代码4.MNIST 数据集 前言 本章主要推导一个简单的两层神经网络。 其中公式入口【入口】 1.sigmod…...
ES写入数据报错:retrying failed action with response code: 429
报错: 使用logstash导入分片数量为9的index发生错误,[logstash.outputs.elasticsearch] retrying failed action with response code: 429 ({"type">"es_rejected_execution_exception", "reason">"rejected execution …...
Redis给Lua脚本的调用
Redis给Lua脚本的调用 Redis为Lua提供了一组内置函数,这些函数可用于执行与Redis数据存储和操作相关的任务。这些内置函数可以在Lua脚本中使用,以便在Redis中执行各种操作。以下是一些常用的Redis Lua内置函数: 主要知道call就好了 redis.ca…...
Spring工具类--ReflectUtils的使用
原文网址:Spring工具类系列--ReflectUtils的使用_IT利刃出鞘的博客-CSDN博客 简介 本文介绍Spring的ReflectUtils的使用。 ReflectUtils工具类的作用:便利地进行反射操作。 Spring还有一个工具类:ReflectionUtils,它们在功能上…...
联盟 | 彩漩 X HelpLook,AI技术赋能企业效率提升
近日,AI 驱动的 PPT 协作分享平台「 彩漩 」与 AI 知识库搭建工具「 HelpLook」,携手为用户工作流注入更多智能和创造力,全面拥抱 AIGC 时代带来的机遇,致力于提供前沿的智能解决方案。 彩 漩 彩漩是一个以 AI 技术为基础、贯彻 …...
MATLAB m文件格式化
记录一个网上查到的目前感觉挺好用的格式化方法。 原链接: https://cloud.tencent.com/developer/article/2058259 压缩包: 链接:https://pan.baidu.com/s/1ZpQ9qGLY7sjcvxzjMPAitw?pwd6666 提取码:6666 下载压缩包…...
分拆菜鸟将使阿里巴巴股票迎来新一轮上涨?
来源:猛兽财经 作者:猛兽财经 总结: (1)阿里巴巴(BABA)最近公布的季度财报显示,该公司有能力实现快速盈利。 (2)据报道,阿里巴巴正计划分拆菜鸟集团,并将在香…...
Excel 技巧记录-那些复杂的公式和函数
目标表格的关键字在行和列里,匹配源表格的行和列对应的关键字 **具体需求为:**表A叫Total_202308.xlsx,sheet叫摊销前分析,表B叫data.xlsx,sheet叫总部费用,表A的数据里,A列是科目名称,第9行是…...
vue里使用elementui的级联选择器el-cascader进行懒加载的怎么实现数据回显?
需要实现的懒加载回显效果 比如:后端返回数据 广东省/广州市/天河区 :440000000000/440100000000/440106000000,需要我们自动展开到天河区的下一级,效果如下 代码实现 我的实现思路就是拿到 440000000000/440100000000/44010600…...
Qt raise()问题
项目场景: 需要将一个弹窗提升至最前面,那么弹出时直接使用raise()即可。 问题描述: 使用QDialog::raise()时,偶发界面阻塞卡死现象。 原因分析: QDialog::raise()函数是置于顶部的作用,但是如果使用不当…...
IGP(Interior Gateway Protocol,内部网关协议)
IGP(Interior Gateway Protocol,内部网关协议) 是一种用于在一个自治系统(AS)内部传递路由信息的路由协议,主要用于在一个组织或机构的内部网络中决定数据包的最佳路径。与用于自治系统之间通信的 EGP&…...
AtCoder 第409场初级竞赛 A~E题解
A Conflict 【题目链接】 原题链接:A - Conflict 【考点】 枚举 【题目大意】 找到是否有两人都想要的物品。 【解析】 遍历两端字符串,只有在同时为 o 时输出 Yes 并结束程序,否则输出 No。 【难度】 GESP三级 【代码参考】 #i…...
Linux相关概念和易错知识点(42)(TCP的连接管理、可靠性、面临复杂网络的处理)
目录 1.TCP的连接管理机制(1)三次握手①握手过程②对握手过程的理解 (2)四次挥手(3)握手和挥手的触发(4)状态切换①挥手过程中状态的切换②握手过程中状态的切换 2.TCP的可靠性&…...
Cilium动手实验室: 精通之旅---20.Isovalent Enterprise for Cilium: Zero Trust Visibility
Cilium动手实验室: 精通之旅---20.Isovalent Enterprise for Cilium: Zero Trust Visibility 1. 实验室环境1.1 实验室环境1.2 小测试 2. The Endor System2.1 部署应用2.2 检查现有策略 3. Cilium 策略实体3.1 创建 allow-all 网络策略3.2 在 Hubble CLI 中验证网络策略源3.3 …...
MySQL 8.0 OCP 英文题库解析(十三)
Oracle 为庆祝 MySQL 30 周年,截止到 2025.07.31 之前。所有人均可以免费考取原价245美元的MySQL OCP 认证。 从今天开始,将英文题库免费公布出来,并进行解析,帮助大家在一个月之内轻松通过OCP认证。 本期公布试题111~120 试题1…...
第 86 场周赛:矩阵中的幻方、钥匙和房间、将数组拆分成斐波那契序列、猜猜这个单词
Q1、[中等] 矩阵中的幻方 1、题目描述 3 x 3 的幻方是一个填充有 从 1 到 9 的不同数字的 3 x 3 矩阵,其中每行,每列以及两条对角线上的各数之和都相等。 给定一个由整数组成的row x col 的 grid,其中有多少个 3 3 的 “幻方” 子矩阵&am…...
LeetCode - 199. 二叉树的右视图
题目 199. 二叉树的右视图 - 力扣(LeetCode) 思路 右视图是指从树的右侧看,对于每一层,只能看到该层最右边的节点。实现思路是: 使用深度优先搜索(DFS)按照"根-右-左"的顺序遍历树记录每个节点的深度对于…...
智能AI电话机器人系统的识别能力现状与发展水平
一、引言 随着人工智能技术的飞速发展,AI电话机器人系统已经从简单的自动应答工具演变为具备复杂交互能力的智能助手。这类系统结合了语音识别、自然语言处理、情感计算和机器学习等多项前沿技术,在客户服务、营销推广、信息查询等领域发挥着越来越重要…...
快刀集(1): 一刀斩断视频片头广告
一刀流:用一个简单脚本,秒杀视频片头广告,还你清爽观影体验。 1. 引子 作为一个爱生活、爱学习、爱收藏高清资源的老码农,平时写代码之余看看电影、补补片,是再正常不过的事。 电影嘛,要沉浸,…...
省略号和可变参数模板
本文主要介绍如何展开可变参数的参数包 1.C语言的va_list展开可变参数 #include <iostream> #include <cstdarg>void printNumbers(int count, ...) {// 声明va_list类型的变量va_list args;// 使用va_start将可变参数写入变量argsva_start(args, count);for (in…...
