代谢组学分析平台(二)
GC/MS分析生物样本为何要衍生化处理?有哪些衍生化的方法?
- GC的流动相为气体(通常为高纯氦),这就要求被分析物必须能够气化,而生物样本中很多内源性代谢物都含有极性基团,具有沸点高、不易气化特点。衍生化能够降低这些代谢物的沸点,增加它们的热稳定性,以便分析能够顺利进行。
- 衍生化方法及试剂种类繁多,根据不同的分析目标,需选择合适的衍生化方法。如分析脂肪酸,我们可以采用甲酯化衍生。在GC/MS代谢平台上,最常用的衍生化方法是硅烷化衍生,因为它的广谱高效。在进行硅烷化衍生之前,还需添加甲氧胺吡啶溶液,以封闭羰基(针对α-酮酸和糖类,保护作用),减少衍生化副产物的生成。
GC/MS能检测到哪些类别的代谢物?
- 衍生化极大地拓展了GC/MS的检测分析范围。GC/MS能检测到有机酸、氨基酸、单糖、糖醇、胺类、脂肪酸、吲哚、单甘油酯、核苷、二糖、生育酚、甾醇和胆汁酸等代谢物。
保留指数是什么?其目的是什么?
- 保留指数(Retention Index)又称科瓦茨(kovats)指数,是重要的定性指标。它需要采用一系列保留指数基准物质(如脂肪酸甲酯和正构烷烃)作为参考,将保留时间转换为指数。
- 相比于保留时间,保留指数的特点是它只和色谱柱类型有关,而和其他仪器参数无关。例如,针对不同的生物样品,我们可能需要不同的升温程序,以达到最佳的色谱分离。此时,代谢物的保留时间就会发生改变,无法和质谱库中的标准时间进行匹配。
- 再比如,色谱柱使用较长时间后,柱前端容易被严重污染,从而影响柱效。我们一般会将柱前端截断30-50公分(更好的方法是色谱柱前添加保护芯片)以恢复柱效。此时,所有代谢物的保留时间都会提前。保留指数不会受到这些实验条件的影响,依然可以用于准确定性。
GC/MS如何提高定性准确度?
- GC/MS的定性有双重标准,一是上文提到的保留指数,二是质谱信息的相似度(similarity)。
- 不同于LC/MS的软电离源,GC/MS使用的EI源属于硬电离,能量较强且稳定,在将代谢物分子电离后,分子离子峰进一步碎裂产生丰富的碎片离子。因此,我们很难在GC/MS上看到分子离子峰。
- GC/MS提供的是代谢物的“指纹图谱”,将仪器得到的实际指纹图谱和质谱库(如NIST库)进行比对后,我们将会得到一个叫相似度的指标。
- 保留指数和相似度都必须满足设定的阈值,软件才会给出色谱峰的定性结果。最后采用标准品质谱信息进行完全比对定性,也就是说只有经过标准品比对,代谢物才是被百分之百定性。
什么是解卷积?
- 总离子流色谱图(TIC)其实是软件根据质谱采集到的一个个数据点拟合出来的。每一个数据点背后就有一张质谱图。
- 当两个或多个色谱峰没有分离开而共流出时,质谱采集到的数据点就是一张混杂的质谱图,包含了多个组分的碎片信息。如果直接用于定性分析会导致物质相似度的降低和组分的丢失。
- 解卷积(Deconvolution)就是利用数学算法将色谱未分离的组分重新解析开,还原它们最真实的质谱信息。需要指出的是,解卷积不是万能的,好的色谱分离依然十分重要。
代谢物的峰面积是如何计算的?
软件会对原始质谱数据做基线计算、平滑、峰查找和解卷积。在解卷积之后,软件会考察代谢物所有碎片的信噪比、碎片提取离子流图(EIC)的对称性以及碎片色谱峰的纯度(共流出干扰的程度),最终自动挑选出一个最优的定量离子(Quant Mass)。最终的峰面积是对定量离子进行积分所得。
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