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2023.11.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 下）

news 2025/12/30 5:18:05

目录

  • 6.4 多重序列比对数据库
  • 6.5 基因组区域的多重序列比对
  • 6.6 展望
  • 6.7 常见问题
  • 总结

6.4 多重序列比对数据库

Pfam：基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库
在这里插入图片描述
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SMART：简易分子构型研究工具，与细胞信号传导、细胞外结构域以及染色质功能相关的蛋白质家族数据库

保守结构域数据库（CDD）：基于序列或文本对Pfam和SMART进行查询，鉴别序列中的保守结构域

多序列比对数据库整合平台：InterPro和iProClass
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6.5 基因组区域的多重序列比对

基因组区域与传统多重序列比对的差别
序列数目少，但序列更长
远缘物种通常包含明显的岛状保守区段，产生了关于多重序列比对中“锚”的思想
真核生物存在很多重复区域
出现大片明显的染色体缺失或倒位
基因组的比对没有基准集

使用UCSC分析基因组DNA比对
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使用Galaxy分析基因组DNA比对
比对提取器：检索，裁剪感兴趣的区块进行比对
格式转换器：MAF转FASTA
MAF装订器：连接相邻区块

使用Ensembl分析基因组DNA比对
比对工具：BLASTZ与translated BLAT
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EPO流程
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Alignathon大赛评估各种全基因组比对方法

6.6 展望

多重序列比对是针对可能划分在一起的蛋白质家族的操作
能够满足多种研究目的，包括鉴别保守的有重要功能的残疾
渐进式比对，基于迭代，一致性或结构信息的多重序列比对方式
大多数程序对于近缘物种比对表现较好，而远缘物种则性能差距较大

6.7 常见问题

由于缺乏标准，无法评估哪个程序对于远缘物种与其他近缘物种的比对结果更准确。因此，建立一个合适的多重序列比对对于分子系统发育的研究尤为重要。

总结

欢迎私信加群交流，vx：bbplayer2023。人数不多，但大家学习上进，互帮互助，值得一探究竟。

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