2023.11.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 下）

6.4 多重序列比对数据库

Pfam：基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库

SMART：简易分子构型研究工具，与细胞信号传导、细胞外结构域以及染色质功能相关的蛋白质家族数据库

保守结构域数据库（CDD）：基于序列或文本对Pfam和SMART进行查询，鉴别序列中的保守结构域

多序列比对数据库整合平台：InterPro和iProClass

6.5 基因组区域的多重序列比对

基因组区域与传统多重序列比对的差别
序列数目少，但序列更长
远缘物种通常包含明显的岛状保守区段，产生了关于多重序列比对中“锚”的思想
真核生物存在很多重复区域
出现大片明显的染色体缺失或倒位
基因组的比对没有基准集

使用UCSC分析基因组DNA比对

使用Galaxy分析基因组DNA比对
比对提取器：检索，裁剪感兴趣的区块进行比对
格式转换器：MAF转FASTA
MAF装订器：连接相邻区块

使用Ensembl分析基因组DNA比对
比对工具：BLASTZ与translated BLAT

EPO流程

Alignathon大赛评估各种全基因组比对方法

6.6 展望

多重序列比对是针对可能划分在一起的蛋白质家族的操作
能够满足多种研究目的，包括鉴别保守的有重要功能的残疾
渐进式比对，基于迭代，一致性或结构信息的多重序列比对方式
大多数程序对于近缘物种比对表现较好，而远缘物种则性能差距较大

6.7 常见问题

由于缺乏标准，无法评估哪个程序对于远缘物种与其他近缘物种的比对结果更准确。因此，建立一个合适的多重序列比对对于分子系统发育的研究尤为重要。

总结

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