当前位置: 首页 > news >正文

JCTC | 利用几何深度学习对蛋白质-配体结合pose进行等变灵活建模

Overview

该论文解决了药物开发中蛋白质-配体复合结构灵活建模的挑战。作者提出了一种名为FlexPose的新型深度学习框架,它可以直接对复杂结构进行建模,而不需要传统的采样和评分策略。 该模型结合了标量-向量双特征表示SE(3)等变网络设计来处理动态结构变化。 它还利用构象感知预训练和弱监督学习策略来提高模型在看不见的化学空间中的通用性。 作者证明 FlexPose 的性能优于流行的对接工具和最新的深度学习方法,特别是在涉及蛋白质构象变化的任务中。 该模型还为后期分析提供亲和力估计和模型置信度。 该研究的主要发现包括 FlexPose 在预测配体结合构象方面的卓越性能以及蛋白质和配体相似性对模型性能的影响。

Highlights

  • FlexPose通过将蛋白质-配体对表示为带有标量和向量特征的图(节点和边),然后通过编码器-解码器风格的网络处理。它能够直接预测和优化复合物结构,而不需要预先生成的构象。(实现的功能类似于**“柔性对接”**)

  • FlexPose在预测蛋白质构象变化的任务中,特别是在涉及蛋白质构象变化的任务中,显著优于所有测试的流行对接工具和最近的深度学习方法。它在某些任务中的准确率比第二佳方法高出37.58%。

  • 通过构象感知预训练和弱监督学习,FlexPose能够在数据稀缺的情况下,通过使用低置信度结构(例如,由对接工具采样的结构)来扩展学习到的化学空间。此外,FlexPose提供了亲和力估计模型置信度,这对于蛋白质-配体相互作用的后期分析非常有用。模型置信度(ENS因子)可以帮助专家在结构预测中识别潜在的错误。

  • 在多种测试集上,FlexPose展示了其在预测配体结合构象、蛋白质构象变化以及亲和力估计方面的高效性和准确性。它在处理蛋白质构象变化时的效率尤其突出,比传统的对接工具快得多。

总之这份工作展示了FlexPose在药物发现和设计领域的潜力,特别是在处理蛋白质-配体相互作用和结构预测方面的应用。

项目地址:https://github.com/tiejundong/FlexPose

相关文章:

JCTC | 利用几何深度学习对蛋白质-配体结合pose进行等变灵活建模

Overview 该论文解决了药物开发中蛋白质-配体复合结构灵活建模的挑战。作者提出了一种名为FlexPose的新型深度学习框架,它可以直接对复杂结构进行建模,而不需要传统的采样和评分策略。 该模型结合了标量-向量双特征表示和 SE(3)等变网络设计来处理动态结…...

执行 terraform init 命令时 timeout 的解决方法

terrafrom 是一款常用来实现 IaC(基础设施即代码)的工具。通常的第一个命令往往是 terrafrom init。在执行此命令时,terrafrom 会根据已经配置好的 provdier 信息去下载安装对应云厂商的 provider。比如下面是一个腾讯云的 provider&#xff…...

Docker Arthas 实战指南

Arthas 是一款强大的 Java 诊断和调试工具,它能够在生产环境中实时诊断 Java 应用,提供强大的调试功能,帮助开发者和运维人员解决各种 Java 应用的性能问题和调试挑战。本指南将介绍如何在 Docker 环境中使用 Arthas 进行实战。 ​​官方文档​​ ​​GitHub地址​​ ​​…...

freertos 源码分析四 任务创建的简单分析

任务创建xTaskCreate 为TCB和TCB栈分配空间, 初始化,加入就绪任务链表 #if ( configSUPPORT_DYNAMIC_ALLOCATION 1 )BaseType_t xTaskCreate( TaskFunction_t pxTaskCode,const char * const pcName,const configSTACK_DEPTH_TYPE usStackDepth,void *…...

二叉树的锯齿形遍历,力扣

目录 题目: 我们直接看题解吧: 快速理解解题思路小建议: 解题方法: 相似题目对比分析: 解题分析: 解题思路: 补充说明: 思路优化: 代码实现(层序遍历倒序): 题…...

避免Arrays.asList陷阱:优雅处理结构性修改的方法

临近年终,项目交付排期比较紧张,导致很多时候,Code Review 往往是走马观花,没有严格执行。最近,一个实习生就产生了一个十分低级的代码BUG。笔者感觉这个问题,对于实习生,尤其是刚入职的 应届 J…...

微信小程序(三十六)事件传参

注释很详细&#xff0c;直接上代码 上一篇 新增内容&#xff1a; 1.传参步骤 2.传参接收解构步骤 源码&#xff1a; index.wxml <button type"primary" bind:tap"onclick" mark:index"{{0}}" mark:remb"{{1}}" class"But&quo…...

编译原理与技术(三)——语法分析(二)自顶向下-递归下降

一、语法分析的两种方法 自顶向下&#xff08;Top-down&#xff09;&#xff1a; 针对输入串&#xff0c;从文法的开始符号出发&#xff0c;尝试根据产生式规则推导&#xff08;derive&#xff09;出该输入串。 从根部开始构造语法树。 自底向上&#xff08;Bottom-up&#…...

okhttp 的 拦截器

拦截器有很多作用&#xff0c;实现就是责任链模式&#xff0c;细节&#xff0c;等我有时间补上。 后面有时间更新一下。 OkHttp最核心的工作是在 getResponseWithInterceptorChain() 中进行&#xff0c;在进入这个方法分析之前&#xff0c;我们先来了 解什么是责任链模式&…...

Android:多线程下载网络图片

3.12 网络图片操作 1、通过URL请求获取网络图片 示例: 创建t_picture.xml,页面layout布局文件,一个Button按钮和一个ImageView容器显示图片。 <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?><LinearLayout xmlns:android="http://schemas.a…...

跟着GPT学设计模式之原型模式

如果对象的创建成本比较大&#xff0c;而同一个类的不同对象之间差别不大&#xff08;大部分字段都相同&#xff09;&#xff0c;在这种情况下&#xff0c;我们可以利用对已有对象&#xff08;原型&#xff09;进行复制&#xff08;或者叫拷贝&#xff09;的方式来创建新对象&a…...

博客|基于Springboot的个人博客系统设计与实现(源码+数据库+文档)

个人博客系统目录 目录 基于Springboot的个人博客系统设计与实现 一、前言 二、系统功能设计 三、系统实现 1、管理员功能实现 &#xff08;1&#xff09;用户管理 &#xff08;2&#xff09;文章分类管理 &#xff08;3&#xff09;公告信息管理 &#xff08;4&#…...

【gcc】webrtc发送侧计算 丢包率

大神的分析 : 提到: 每当收到cc-feedback或者收到RR-report的时候就能统计出丢包率,在cc-controller中就会调用SendSideBandwidthEstimation::UpdatePacketsLost()去更新丢包率,同时进行码率预估 G:\CDN\rtcCli\m98\src\modules\congestion_controller\goog_cc\send_side_b…...

elementui上传文件不允许重名

需求&#xff1a; 用户可以多文件上传 &#xff0c;在上传到服务器之前需要检查服务器中有无重名的文件&#xff0c;如果有会返回重名文件的名称数组&#xff0c;这些文件需要一个一个的向用户确认是否要覆盖重传。确认完毕后再上传到服务器。 检查文件重名&#xff1a; //上传…...

鸿蒙(HarmonyOS)项目方舟框架(ArkUI)之Video媒体组件

鸿蒙&#xff08;HarmonyOS&#xff09;项目方舟框架&#xff08;ArkUI&#xff09;之Video媒体组件 一、操作环境 操作系统: Windows 10 专业版、IDE:DevEco Studio 3.1、SDK:HarmonyOS 3.1 二、Video媒体组件 用于播放视频文件并控制其播放状态的组件。 子组件 无 接口…...

Linux操作系统运维-Docker的基础知识梳理总结

Linux操作系统运维-Docker的基础知识梳理总结 docker用来解决不同开发人员软件调试时环境不统一的问题&#xff0c;保证了程序调试时运行环境的一致性。docker的设计理念便是一处镜像&#xff0c;处处运行&#xff0c;即通过产生用户软件&#xff0c;运行环境及其运行配置的统一…...

PMP考试成绩如何查询?

PMP考试成绩已经陆续出来了&#xff0c;出成绩时间大概一周左右&#xff0c;没收到的别着急&#xff0c;先把如何查询成绩路径弄清楚。 【如何查询成绩】 1、输入网址&#xff08;PMI官网&#xff0c;不知道网址的私戳&#xff09;&#xff0c;点击 Log In 如果忘记 PMI 的账…...

【Scala】 2. 函数

2. 函数 scala运算符、if … else …两部分和C语言类型&#xff0c;这里不再赘述&#xff0c;这里从for循环开始讲讲scala和c/c的不同之处。 2.1 for循环 scala中主要包含to和until两个关键字&#xff0c;下面分别看看两者的用法&#xff0c;看例子就行了。 (1) to的用法 …...

14.0 Zookeeper环球锁实现原理

全局锁是控制全局系统之间同步访问共享资源的一种方式。 下面介绍zookeeper如何实现全民锁&#xff0c;讲解他锁和共享锁两类全民锁。 排他锁 排他锁&#xff08;Exclusive Locks&#xff09;&#xff0c;又被称为写锁或独占锁&#xff0c;如果事务T1对数据对象O1加上排他锁…...

课时16:本地变量_普通变量

2.2.2 普通变量 学习目标 这一节&#xff0c;我们从 基础知识、简单实践、小结 三个方面来学习。 基础知识 变量分类 所谓的本地变量就是&#xff1a;在当前系统的某个环境下才能生效的变量&#xff0c;作用范围小。本地变量按照变量值的生成方式包含两种&#xff1a;普通…...

AviatorScript函数扩展避坑指南:固定参数vs可变参数的选择与实现差异

AviatorScript函数扩展避坑指南&#xff1a;固定参数vs可变参数的选择与实现差异 在AviatorScript的深度开发中&#xff0c;函数扩展是提升脚本灵活性的核心手段。但许多开发者在面对固定参数&#xff08;AbstractFunction&#xff09;和可变参数&#xff08;AbstractVariadicF…...

解决企业知识孤岛挑战:Outline多平台文档迁移架构与技术实现方案

解决企业知识孤岛挑战&#xff1a;Outline多平台文档迁移架构与技术实现方案 【免费下载链接】outline Outline 是一个基于 React 和 Node.js 打造的快速、协作式团队知识库。它可以让团队方便地存储和管理知识信息。你可以直接使用其托管版本&#xff0c;也可以自己运行或参与…...

RK806与RK3588的电源设计最佳实践:如何优化BUCK和LDO布局布线

RK806与RK3588电源设计实战指南&#xff1a;从BUCK到LDO的全面优化策略 在嵌入式系统设计中&#xff0c;电源管理往往是最容易被忽视却又至关重要的环节。RK3588作为一款高性能处理器&#xff0c;其稳定运行高度依赖于RK806电源管理芯片的精准供电。我曾参与过多个采用这套方案…...

MoE大模型入门指南:小白也能掌握的AI核心技术(收藏学习)

混合专家模型&#xff08;Mixture-of-Experts&#xff0c; MoE&#xff09;是机器学习和深度学习中的一种流行架构&#xff0c;目前被广泛应用于大模型领域。MoE的基本原理是通过门控&#xff08;Gating&#xff09;机制&#xff0c;加权集成各专家&#xff08;Experts&#xf…...

LFM2.5-1.2B-Thinking-GGUF集成Python爬虫实战:智能数据采集与清洗

LFM2.5-1.2B-Thinking-GGUF集成Python爬虫实战&#xff1a;智能数据采集与清洗 1. 当爬虫遇上大模型&#xff1a;数据采集的新思路 传统爬虫开发就像在迷宫里摸索前行——你需要手动解析每个网站的HTML结构&#xff0c;针对不同反爬机制编写特定规则&#xff0c;还要处理杂乱…...

Nunchaku-flux-1-dev在Typora文档中的自动插图生成

Nunchaku-flux-1-dev在Typora文档中的自动插图生成 1. 引言 写技术文档最头疼的是什么&#xff1f;对我来说&#xff0c;一定是配图。每次写到关键的技术概念或者流程说明&#xff0c;都得停下来去找合适的示意图&#xff0c;或者打开绘图工具手动制作。不仅打断思路&#xf…...

AIGlasses_for_navigation网络通信基础:TCP/IP协议栈与实时数据传输优化

AIGlasses_for_navigation网络通信基础&#xff1a;TCP/IP协议栈与实时数据传输优化 最近和几个做智能眼镜导航项目的朋友聊天&#xff0c;他们都在为一个问题头疼&#xff1a;眼镜端看到的导航画面&#xff0c;有时候会卡顿一下&#xff0c;或者指令响应慢半拍。这听起来是小…...

7大监控场景+4步部署:Intel PCM性能监控全攻略

7大监控场景4步部署&#xff1a;Intel PCM性能监控全攻略 【免费下载链接】pcm Intel Performance Counter Monitor (Intel PCM) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pc/pcm Intel Performance Counter Monitor (Intel PCM) 是一款由Intel官方开发的系统性能分析…...

模拟IC设计中的‘效率’权衡:深入理解gm/ID如何平衡增益、带宽与噪声

模拟IC设计中的‘效率’权衡&#xff1a;深入理解gm/ID如何平衡增益、带宽与噪声 在模拟电路设计的浩瀚海洋中&#xff0c;gm/ID参数犹如一座灯塔&#xff0c;指引着工程师们在增益、带宽与噪声的复杂权衡中寻找最优解。这个看似简单的比值背后&#xff0c;蕴含着晶体管工作的…...

如何用3层智能架构构建你的AI开发助手:从零到精通的完整指南

如何用3层智能架构构建你的AI开发助手&#xff1a;从零到精通的完整指南 【免费下载链接】superpowers Claude Code superpowers: core skills library 项目地址: https://gitcode.com/GitHub_Trending/su/superpowers 你是否曾想过&#xff0c;为什么有些开发者能快速完…...