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NCBI 数据下载

news 2025/7/3 19:56:57

网上介绍的那几种直接下载NCBI数据的方法大都下载速度很慢，但是EBI (European Bioinformatics Institute) 下载很快，而且它的数据库和NCBI是共享的，所以我们可以直接从 EBI 下载。

1 、 确定要下载的 SRA 编号；

2 、 EBI (https://www.ebi.ac.uk/) 搜索 SRA 编号（图一），点击搜索结果进入详情页面（图二），然后右键拷贝reads 链接地址，然后修改下前缀，改为如下格式：

修改前：ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR955/SRR955774/SRR955774_1.fastq.gz
修改后：era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR955/SRR955774/SRR955774_1.fastq.gz

3、 ascp下载

ascp -i 密钥路径 -l 100M -P 33001 -k 1 -T era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR955/SRR955774/SRR955774_1.fastq.gz .

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