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【R语言】边缘概率密度图

边缘概率密度图是一种在多变量数据分析中常用的图形工具,用于显示每个单独变量的概率密度估计。它通常用于散点图的边缘,以便更好地理解单个变量的分布情况,同时保留了散点图的相关性信息。

在边缘概率密度图中,每个变量的概率密度估计通常通过直方图或核密度估计(KDE)进行计算。直方图将变量的值范围分成若干个区间,并统计每个区间中观察值的数量,然后将数量除以总观察值数量得到概率密度。而核密度估计则是通过在每个数据点周围放置核函数,并根据核函数的形状和宽度来估计概率密度。

边缘概率密度图通常与散点图一起显示,其中散点图展示了两个变量之间的关系,而边缘概率密度图则展示了每个变量的分布情况。这有助于发现变量之间的相关性以及每个变量的个体特征。如下图所示:

 代码如下:

library("ggExtra")
library("ggplot2")piris <- ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width, colour = Species)) +geom_point()
ggMarginal(piris, groupColour = TRUE, groupFill = TRUE)
  • piris <- ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width, colour = Species)) + geom_point():首先,创建了一个散点图 piris,其中 x 轴表示 Sepal.Length(花萼长度),y 轴表示 Sepal.Width(花萼宽度),并根据 Species(鸢尾花种类)变量进行颜色编码。

  • ggMarginal(piris, groupColour = TRUE, groupFill = TRUE):然后,使用 ggMarginal() 函数对 piris 图进行了包装,以创建带有边际图的散点图。参数 groupColour = TRUEgroupFill = TRUE 用于在边际图中反映颜色组。这意味着对于每个不同的鸢尾花种类,都会生成一个单独的边际图,以反映该组中的数据分布情况。

iris的数据集形式如下:

 

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