一键分析Bulk转录组数据

我们前面介绍了经典的转录组分析流程：Hisat2 + Stringtie，可以帮助用户快速获得基因的表达量矩阵。 云上生信，未来已来 | 转录组标准分析流程重磅上线！ 

RNA STAR 也是一款非常流行的转录组数据分析工具。它不仅可以将测序 Reads 比对到参考基因组上，而且还可以输出类似 HTSeq-count 的定量结果。我们今天就介绍一套以 RNA STAR 为比对工具的新流程。

流程简介

本工作流程接受双端测序的 FASTQ 文件列表作为输入，使用 fastp 软件去除接头和低质量碱基序列。并通过 RNA STAR 软件将测序 reads 比对到参考基因组，同时计算基因比对上的 reads 数（原始 Counts）。Reads 计数结果与 HTSeq-count 的输出类似。最后使用 Stringtie 软件计算 FPKM 值。fastp 和 RNA STAR 相关结果还通过 MultiQC 程序进行了汇总，以方便查看质控报告。

流程预览

点击小眼睛图标，即可预览流程。

运行流程

只需要设置如下参数即可以运行流程：

• • 双端测序数据列表。制作方法请参照前述 Hisat2 + Stringtie 文章。

• • 参考基因组。

• • 基因注释文件。GFF3或GTF格式，可以自行上传，也可以使用平台提供的。

• • 链特异性。有 unstranded、forward、reverse 三个选项，根据实际填写即可。

• • 是否利用Stringtie进行FPKM的计算？若需要FPKM或TPM值，请选择“是”。

结果解读

RNA STAR 会输出：

• • log 文件。即 RNA STAR 运行的日志。

• • bam 文件。即比对文件，后续可用于 IGV 人工检查等。

• • counts 文件。各样本每个基因的 Counts 数。

• • 类 HTSeq-count 文件。

Stringtie 会输出：

• • FPKM/TPM列表

MultiQC 会输出：

• • fastp 和 RNA STAR 的质控结果汇总。

注意事项

本流程适用于 Bulk RNA 测序数据的定量分析，使用 RNA STAR 这款流行的比对和定量工具。如果您习惯使用 Hisat2 进行比对，请参照此前的推文。

云上转录组分析流程（点击图片跳转）

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