单细胞Seurat的umi矩阵-与feature、counts（用于质控）
目录
关于umi矩阵学习
用umi计算feature、counts值
①meta数据查看
②Count和Feature计算（生成Seurat时自动计算）
1）提取UMI矩阵
2）计算
其他指标
评估质量指标（重点）
1）UMI计数
2）基因计数
3）UMIs vs. genes detected
4）线粒体计数比率
5）综合过滤
过滤提取子集
关于umi矩阵学习
10X数据因为有UMI，不需要考虑基因长度的影响，但仍然需要考虑测序深度在不同细胞之间的差异，所以需要用函数LogNormalize进行处理，具体方法是用该基因的UMI/该细胞的全部UMI，再乘以10000，在按列LogNormalize后，又可以按行进行scale，以去除极大值极小值基因对数据的影响。关于单细胞TPM、Count数据的处理_rds文件的umicount和readcount是什么-CSDN博客
用umi计算feature、counts值
scRNA-seq质量控制流程scRNA-seq—质量控制 (qq.com)
①meta数据查看
相关文章：
单细胞Seurat的umi矩阵-与feature、counts（用于质控）
目录 关于umi矩阵学习 用umi计算feature、counts值 ①meta数据查看 ②Count和Feature计算（生成Seurat时自动计算） 1）提取UMI矩阵 2）计算 其他指标 评估质量指标（重点） 1）UMI计数 2）基因计数 3）UMIs vs. genes detected 4）线粒体计数比率 5）综合过滤 过…...
安防视频监控EasyCVR视频汇聚平台设备发送了GPS位置，但是订阅轨迹为空是什么原因？
安防视频监控EasyCVR视频汇聚平台兼容性强、支持灵活拓展，平台可提供视频远程监控、录像、存储与回放、视频转码、视频快照、告警、云台控制、语音对讲、GIS地图、轨迹跟踪、平台级联等视频能力。 用户描述，设备在电子地图中可以查看到定位信息ÿ…...
在 VueJS 中使用事件委托处理点击事件（事件委托，vue事件委托，什么是事件委托，什么是vue的事件委托）
前言 在开发 Vue 项目时，我们经常需要处理大量的点击事件。为每个可点击的元素单独添加事件监听器不仅会增加代码的复杂度，还会降低性能。事件委托是一种有效的优化方式，它可以显著减少事件监听器的数量，提高代码的可维护性和执行…...
密码学简史：时间密语
注：机翻，未校。 A brief history of cryptography: Sending secret messages throughout time Stemming from the Greek words for “hidden writing,” cryptography is the practice of encrypting transmitted information so that it can only b…...
【Java数据结构】---初始数据结构
乐观学习，乐观生活，才能不断前进啊！！！ 我的主页：optimistic_chen 我的专栏：c语言 ，Java 欢迎大家访问~ 创作不易，大佬们点赞鼓励下吧~ 前言 从今天开始我们就要学习Java…...
MySQL--主从复制
前言：本博客仅作记录学习使用，部分图片出自网络，如有侵犯您的权益，请联系删除 一、什么是主从复制 1、定义 主从复制，是用来建立一个和主数据库完全一样的数据库环境，称为从数据库；主数据库一…...
Linux RT调度器之负载均衡
RT调度类的调度策略是：保证TopN（N为系统cpu个数）优先级的任务可以优先获得cpu资源。除了在任务选核时通过基于cpu优先级的选核策略保证这一点外，还有其它流程，我们姑且将这部分流程称作RT调度器的负载均衡（…...
pwn学习笔记（8）--初识Pwn沙箱
初识Pwn沙箱 沙箱机制，英文sandbox，是计算机领域的虚拟技术，常见于安全方向。一般说来，我们会将不受信任的软件放在沙箱中运行，一旦该软件有恶意行为，则禁止该程序的进一步运行，不会对真实系…...
Day18_2--Vue.js Ajax（使用 Axios）基础入门学习
Vue.js 中的 Ajax 请求（使用 Axios） 什么是 Axios？ Axios 是一个基于 Promise 的 HTTP 客户端，可以用于浏览器和 Node.js 环境中。它是现代化的 Ajax 库，用来替代传统的 XMLHttpRequest。 为什么选择 Axios…...
windows11远程桌面如何打开
随着远程办公的普及，选择合适的远程桌面工具变得尤为重要。在Windows 11上，用户可以利用系统自带的远程桌面功能，或选择更专业的第三方解决方案，如Splashtop。本文将详细介绍如何在Windows 11上启用远程桌面，并对比Win…...
qt代码显示，包含文本颜色设置等
QScintilla 安装示例代码参考链接 安装 最近发现了一个有趣的库，qt的插件库，之前一直以为显示代码时是重写QTextEdit来实现的，结果qt有现成的一个库来显示这些东西，在此记录一下 # 安装 QScintilla pip install QScintilla示例代码…...
抽象代数精解【6】
文章目录 简单密码算法模运算数学定义置换移位代换仿射 参考文献 简单密码算法 模运算数学定义 模m剩余类集 Z m Z_m Zm 设∀a,b∈Z（整数），m为正整数 m|b-a ，称a R b R满足反身性、对称性、传递性 1、R为同余关系，…...
如何选择合适的PCB材料？FR4、陶瓷、还是金属基板？
选择合适的PCB材料对于电路板的性能、可靠性和成本至关重要。不同的PCB材料具有不同的特性，适用于不同的应用场景。 01 FR4（玻璃纤维环氧树脂） FR4的特点： 广泛应用：FR4是最常见的PCB基板材料，广泛应用…...
PXE学习及其简单应用
一、PXE 的定义 PXE 是一种基于网络的启动技术，最初由 Intel 开发，旨在提供一种在没有本地存储设备的情况下通过网络启动操作系统的标准。PXE 集成在计算机的 BIOS 或 UEFI 中，允许计算机从网络服务器下载并启动操作系统或其他软件。 二、PX…...
【Python】把list转换成json文件(list中为字典，元素按行写入)
0.前言 数据需要处理成与大模型输入相同类型的数据，从csv文件读出后，想要转换成json文件，看了好多资料都是把整个list写入了json，并不是我想要的格式，这里记录一下最后的按行写入的格式。 1.list转json import json …...
《机器人SLAM导航核心技术与实战》第1季：第8章_激光SLAM系统
视频讲解 【第1季】8.第8章_激光SLAM系统-视频讲解【第1季】8.1.第8章_激光SLAM系统_Gmapping算法-视频讲解【第1季】8.2.第8章_激光SLAM系统_Cartographer算法-视频讲解【第1季】8.3.第8章_激光SLAM系统_LOAM算法-视频讲解 第1季：第8章_激光SLAM系统 先 导 课第…...
【安当产品应用案例100集】005-安当ASP实现Exchange双因素登录认证
Exchange双因素登录通过增加额外的安全验证层，可以有效提高企业邮箱系统的安全性，减少了数据泄露和账号被盗的风险，同时也符合了日益严格的安全合规要求。 其必要性主要体现在以下几个方面： 提高安全性：传统的用户名…...
 15904) exited unexpectedly)
【Bug】Pytorch RuntimeError: DataLoader worker (pid(s) 15904) exited unexpectedly
【Bug1】RuntimeError: DataLoader worker (pid(s) 15904) exited unexpectedly 知乎：https://zhuanlan.zhihu.com/p/712407893 环境 Windows 11 Python 3.10 torch 2.0.1 numpy 1.25.0问题详情 在使用 PyTorch 的 DataLoader 时出现的错误。详情 RuntimeError:A…...
谈谈冯诺依曼体系
我们都知道冯诺依曼体系这张图最为代表性，而接下来我们就来浅谈一下各部分之间的作用~ 输入设备：键盘，磁盘，网卡，话筒等等 输出设备：磁盘，网卡，声卡，显示屏等等 这些硬件…...
第十二章 元数据管理10分
12.1 引言 如果没有元数据，组织可能根本无法管理其数据。 ISO/IEC11179 元数据注册标准。 元数据管理原则：应归尽归，应收尽收。衡量标准：目录是否完整。（去第十二章 元数据管理）。 主数据管理：主…...
模型参数、模型存储精度、参数与显存
模型参数量衡量单位 M：百万（Million） B：十亿（Billion） 1 B 1000 M 1B 1000M 1B1000M 参数存储精度 模型参数是固定的，但是一个参数所表示多少字节不一定，需要看这个参数以什么…...
MFC内存泄露
1、泄露代码示例 void X::SetApplicationBtn() {CMFCRibbonApplicationButton* pBtn GetApplicationButton();// 获取 Ribbon Bar 指针// 创建自定义按钮CCustomRibbonAppButton* pCustomButton new CCustomRibbonAppButton();pCustomButton->SetImage(IDB_BITMAP_Jdp26)…...
关于nvm与node.js
1 安装nvm 安装过程中手动修改 nvm的安装路径， 以及修改 通过nvm安装node后正在使用的node的存放目录【这句话可能难以理解，但接着往下看你就了然了】 2 修改nvm中settings.txt文件配置 nvm安装成功后，通常在该文件中会出现以下配置&…...
Go 语言接口详解
Go 语言接口详解 核心概念 接口定义 在 Go 语言中，接口是一种抽象类型，它定义了一组方法的集合： // 定义接口 type Shape interface {Area() float64Perimeter() float64 } 接口实现 Go 接口的实现是隐式的： // 矩形结构体…...
【论文笔记】若干矿井粉尘检测算法概述
总的来说，传统机器学习、传统机器学习与深度学习的结合、LSTM等算法所需要的数据集来源于矿井传感器测量的粉尘浓度，通过建立回归模型来预测未来矿井的粉尘浓度。传统机器学习算法性能易受数据中极端值的影响。YOLO等计算机视觉算法所需要的数据集来源于…...
ServerTrust 并非唯一
NSURLAuthenticationMethodServerTrust 只是 authenticationMethod 的冰山一角 要理解 NSURLAuthenticationMethodServerTrust, 首先要明白它只是 authenticationMethod 的选项之一, 并非唯一 1 先厘清概念 点说明authenticationMethodURLAuthenticationChallenge.protectionS…...
相机Camera日志分析之三十一：高通Camx HAL十种流程基础分析关键字汇总（后续持续更新中）
【关注我，后续持续新增专题博文，谢谢！！！】 上一篇我们讲了：有对最普通的场景进行各个日志注释讲解，但相机场景太多，日志差异也巨大。后面将展示各种场景下的日志。 通过notepad++打开场景下的日志，通过下列分类关键字搜索，即可清晰的分析不同场景的相机运行流程差异…...
JUC笔记(上)-复习 涉及死锁 volatile synchronized CAS 原子操作
一、上下文切换 即使单核CPU也可以进行多线程执行代码，CPU会给每个线程分配CPU时间片来实现这个机制。时间片非常短，所以CPU会不断地切换线程执行，从而让我们感觉多个线程是同时执行的。时间片一般是十几毫秒(ms)。通过时间片分配算法执行。…...
Redis的发布订阅模式与专业的 MQ（如 Kafka, RabbitMQ）相比，优缺点是什么？适用于哪些场景？
Redis 的发布订阅（Pub/Sub）模式与专业的 MQ（Message Queue）如 Kafka、RabbitMQ 进行比较，核心的权衡点在于：简单与速度 vs. 可靠与功能。 下面我们详细展开对比。 Redis Pub/Sub 的核心特点 它是一个发后…...
视频行为标注工具BehaviLabel（源码+使用介绍+Windows.Exe版本）
前言： 最近在做行为检测相关的模型，用的是时空图卷积网络（STGCN），但原有kinetic-400数据集数据质量较低，需要进行细粒度的标注，同时粗略搜了下已有开源工具基本都集中于图像分割这块，…...