当前位置： 首页 > news >正文

生信初学者教程（二十八）：单细胞数据标准化

news 2026/2/8 21:32:17

文章目录

    • 介绍
    • 加载R包
    • 导入数据
    • 消除测序深度影响
    • 评估细胞周期的影响
    • 识别高度可变的特征
    • 缩放数据
    • 降维聚类
    • 输出结果
    • 总结

介绍

在这里插入图片描述

scRNA-seq的标准化是一个重要的预处理步骤，目的是消除技术变异（比如比如测序深度和基因长度等因素），使基因表达和/或样本之间的比较更加可靠。标准化方法可以是简单的全局缩放和统一转换，也可以是更复杂的基于每个基因的校正。重要的是要认识到不同方法可能适用于不同的数据集和研究目标，并且了解这些方法的假设和局限性对于正确解释结果至关重要。

  1. **标准化（scaling）**的第一步是将每个UMI（唯一分子标识符）计数乘以一个特定于细胞的因子，以使所有细胞具有相同的UMI计数。我们为什么要这样做？不同的细胞含有不同量的mRNA；这可能是由于细胞类型之间的差异，或者是同一细胞类型内由于一滴中的化学作用效果与另一滴不同而产生的变化。在任何情况下，我们都不关心比较这些细胞之间的绝对计数。相反，我们感兴趣的是比较浓度，而缩放有助于实现这一点。

  2. 下一步是转换（Transformation），简单的转换是对每个单独测量应用相同函数的方法。常见的例子包括对数转换（在原始Seurat工作流程中应

相关文章：

生信初学者教程（二十八）：单细胞数据标准化

文章目录 介绍加载R包导入数据消除测序深度影响评估细胞周期的影响识别高度可变的特征缩放数据降维聚类输出结果总结介绍 scRNA-seq的标准化是一个重要的预处理步骤，目的是消除技术变异（比如比如测序深度和基因长度等因素），使基因表达和/或样本之间的比较更加可靠。标准化方…...

编程日记 2024/10/12 14:38:26

【OceanBase诊断调优】—— 错误码 5065 和 5066 的区别

适用版本：V2.1.x、V2.2.x、V3.1.x、V3.2.x 5065 与 5066 是两个近似的报错。 OB_ERR_QUERY_INTERRUPTED(-5065): Message: Query execution was interrupted。 含义为执行中断, 例如终端执行 SQL 过程中按 ctrlc 终止 SQL 执行会报 -5065。 OB_ERR_SESSION_INTER…...

编程日记 2024/10/12 14:33:20

Spring Boot RESTful API开发教程

一、RESTful API简介 RESTful API是一种基于HTTP协议的Web API，其设计原则是简单、可扩展、轻量级、可缓存、可靠、可读性强。RESTful API通常使用HTTP请求方法（GET、POST、PUT、DELETE等）来操作资源，使用HTTP状态码来表示操作结…...

编程日记 2024/10/12 14:32:19

＜Rust＞iced库（0.13.1）学习之番外：如何为窗口添加初始值？

前言 本专栏是学习Rust的GUI库iced的合集，将介绍iced涉及的各个小部件分别介绍，最后会汇总为一个总的程序。 iced是RustGUI中比较强大的一个，目前处于发展中（即版本可能会改变），本专栏基于版本0.12.1. 注：新版本已更新为0.13 概述 这是本专栏的番外篇，主要介绍一下新…...

编程日记 2024/10/12 14:31:17

Redis：list类型

Redis：list类型 list命令非阻塞LPUSHLRANGELPUSHXRPUSHRPUSHXLPOPRPOPLINDEXLINSERTLLENLREMLTRIMLSET 阻塞BLPOPBRPOP 内部编码ziplistlinkedlistquicklist 几乎每种语言都有顺序表、数组、链表这样的顺序结构，Redis也做出了相应的支持。 如图&#xff…...

编程日记 2024/10/12 14:30:15

政府采购方式有哪些，竞争性谈判和竞争性磋商的区别

政府采购的方式主要包括公开招标、邀请招标、竞争性谈判、竞争性磋商、询价、单一来源采购和框架协议采购等几种。以下是对这些方式的具体介绍： 公开招标 定义：公开招标是指采购单位依法以招标公告的方式邀请不特定的供应商参与投标的采购方式。适用情形…...

编程日记 2024/10/12 14:27:11

【JavaScript】移动色块案例 实现一个可以拖动并且在拖动过程中会自动改变颜色的色块（JS 事件监听器）

移动色块案例 实现一个可以拖动并且在拖动过程中会自动改变颜色的色块。 移动色块：用户可以通过鼠标按住并拖动页面上的红色方块（#blocks）。当用户按下鼠标左键时，色块开始跟随鼠标的移动而移动；当用户释放鼠标左键时…...

编程日记 2024/10/12 14:25:09

[Linux#62][TCP] 首位长度：封装与分用 | 序号：可靠性原理 | 滑动窗口：流量控制

目录 一. 认识TCP协议的报头 1.TCP头部格式 2. TCP协议的特点 二. TCP如何封装与分用 TCP 报文封装与解包 如何封装解包，如何分用 分离有效载荷 隐含问题：TCP 与 UDP 报头的区别 封装和解包的逆向过程 如何分用 TCP 报文 如何通过端口号找到绑…...

编程日记 2024/10/12 14:24:08

【中短文】区分神经网络中 表征特征、潜层特征、低秩 概念

1. 表征特征（Representational Feature）： 表征特征通常指的是输入数据经过NN处理就得到的中间表示或输出表示。 这些特征由NN经学习过程自动提取，能更好捕捉输入数据的本质属性。 例如：在图像识别任务中&…...

编程日记 2024/10/12 14:22:05

MySQL8.0环境部署+Navicat17激活教程

安装MySQL 下载MySQL MySQL官网下载当前最新版本，当前是8.0.39。 选择No thanks, just start my download等待下载即可。 安装MySQL 下载完成后，双击安装进入安装引导页面。选择Custom自定义安装。 选择MySQL Server 8.0.39 - X64安装。 点击Execute执…...

编程日记 2024/10/12 14:20:03

每日读则推(十)——Elon Musk‘s speech on self-driving at Tesla‘s annual meeting

Elon Musk: You cant solve self-driving unless you have millions of cars on the road. n.自动驾驶 v.限制,约束,强迫,迫使“We are no longer compute-constrained for training. 不再 n/v.估算,计…...

编程日记 2024/10/12 14:18:01

C++新特性——外部模板

1、What C++11标准引入的一种机制，允许在头文件中声明模板，但仅在一个单独的源文件中显式实例化这些模板。这一机制使得编译器只需要在源文件中实例化模板一次，其它源文件引用已经实例化的模板，从而减少编译时间和生成的二进制文件大小。 2、Why 2.1 优化编译时间 模板实…...

编程日记 2024/10/12 14:16:59

字节跳动青训营开始报名了！

关于青训营： 青训营是字节跳动技术团队发起的技术系列培训 &人才选拔项目;面向高校在校生，旨在培养优秀且具有职业竞争力的开发工程师。 本次技术训练营由掘金联合豆包MarsCode 团队主办课程包含前端、后端和 A 方向，在这个飞速发…...

编程日记 2024/10/12 14:14:58

从SQL Server过渡到PostgreSQL：理解模式的差异

前言 随着越来越多的企业转向开源技术，商业数据库管理员和开发者也逐渐面临向PostgreSQL迁移的需求。 虽然SQL Server和PostgreSQL共享许多数据库管理系统（RDBMS）的基本概念，但它们在处理某些结构上的差异可能会让人感到困惑&…...

编程日记 2024/10/12 14:13:56

刷题 排序算法

912. 排序数组 注意这道题目所有 O(n^2) 复杂度的算法都会超过时间限制&#xff0c;只有 O(nlogn) 的可以通过 快速排序空间复杂度为 O(logn)是由于递归的栈的调用归并排序空间复杂度为 O(n) 是由于需要一个临时数组 (当然也需要栈的调用&#xff0c;但是 O(logn) < O(n) 的…...

编程日记 2024/10/12 14:09:53

【python3】tornado高性能编程

使用多进程充分利用cpu使用异步编程 asyncio import asyncio import time from abc import ABC from concurrent.futures import ProcessPoolExecutor from tornado import web, ioloop, genasync def async_task(name):print(f"start: {name}")st int(time.time()…...

编程日记 2024/10/12 14:07:46

构建高效购物推荐系统：SpringBoot实战

1系统概述 1.1 研究背景 如今互联网高速发展&#xff0c;网络遍布全球&#xff0c;通过互联网发布的消息能快而方便的传播到世界每个角落&#xff0c;并且互联网上能传播的信息也很广&#xff0c;比如文字、图片、声音、视频等。从而&#xff0c;这种种好处使得互联网成了信息传…...

编程日记 2024/10/12 14:06:45

docker tar包安装 docker-26.1.4.tgz

一、docker安装 1.先将docker安装包&#xff08;docker-26.1.4.tgz&#xff09;拷贝到DM系统中。 下载地址 Index of linux/static/stable/x86_64/ 1.先将docker安装包&#xff08;docker-26.1.4.tgz&#xff09;拷贝到DM系统中。 2.解压docker安装包 tar zxf docker-26.1.…...

编程日记 2024/10/12 14:03:38

Github 2024-10-12 Rust开源项目日报 Top10

根据Github Trendings的统计，今日(2024-10-12统计)共有10个项目上榜。根据开发语言中项目的数量，汇总情况如下： 开发语言项目数量Rust项目10JavaScript项目1Svelte项目1TypeScript项目1Rust: 构建可靠高效软件的开源项目 创建周期：5064 天开发语言：Rust协议类型：OtherSta…...

编程日记 2024/10/12 13:58:30

Spring Cloud 微服务架构及其应用：设计、实现与优化

引言 随着互联网技术的不断发展，传统的单体应用架构逐渐暴露出了一些问题，如扩展性差、维护复杂、部署不灵活等。为了解决这些问题，微服务架构应运而生。微服务是一种将应用程序分解为一组小的、自治的服务的架构模式，服务之间通过轻量级的通信协议（如HTTP）进行交互。Sp…...

编程日记 2024/10/12 13:57:29

React 第五十五节 Router 中 useAsyncError的使用详解

前言 useAsyncError 是 React Router v6.4 引入的一个钩子&#xff0c;用于处理异步操作&#xff08;如数据加载&#xff09;中的错误。下面我将详细解释其用途并提供代码示例。 一、useAsyncError 用途 处理异步错误&#xff1a;捕获在 loader 或 action 中发生的异步错误替…...

编程新知 2025/11/25 10:36:53

CTF show Web 红包题第六弹

提示 1.不是SQL注入 2.需要找关键源码 思路 进入页面发现是一个登录框&#xff0c;很难让人不联想到SQL注入&#xff0c;但提示都说了不是SQL注入&#xff0c;所以就不往这方面想了 ​ 先查看一下网页源码&#xff0c;发现一段JavaScript代码&#xff0c;有一个关键类ctfs…...

编程新知 2026/2/5 4:33:58

为什么需要建设工程项目管理？工程项目管理有哪些亮点功能？

在建筑行业&#xff0c;项目管理的重要性不言而喻。随着工程规模的扩大、技术复杂度的提升&#xff0c;传统的管理模式已经难以满足现代工程的需求。过去&#xff0c;许多企业依赖手工记录、口头沟通和分散的信息管理&#xff0c;导致效率低下、成本失控、风险频发。例如&#…...

编程新知 2026/2/4 12:35:34

cf2117E

原题链接&#xff1a;https://codeforces.com/contest/2117/problem/E 题目背景&#xff1a; 给定两个数组a,b&#xff0c;可以执行多次以下操作&#xff1a;选择 i (1 < i < n - 1)&#xff0c;并设置 或&#xff0c;也可以在执行上述操作前执行一次删除任意 和 。求…...

编程新知 2026/2/4 15:29:40

Java面试专项一-准备篇

一、企业简历筛选规则 一般企业的简历筛选流程&#xff1a;首先由HR先筛选一部分简历后&#xff0c;在将简历给到对应的项目负责人后再进行下一步的操作。 HR如何筛选简历 例如&#xff1a;Boss直聘&#xff08;招聘方平台&#xff09; 直接按照条件进行筛选 例如&#xff1a…...

编程新知 2026/1/26 19:10:48

项目部署到Linux上时遇到的错误（Redis，MySQL，无法正确连接，地址占用问题）

Redis无法正确连接 在运行jar包时出现了这样的错误 查询得知问题核心在于Redis连接失败&#xff0c;具体原因是客户端发送了密码认证请求&#xff0c;但Redis服务器未设置密码 1.为Redis设置密码&#xff08;匹配客户端配置&#xff09; 步骤&#xff1a; 1&#xff09;.修…...

编程新知 2026/2/8 14:19:47

AspectJ 在 Android 中的完整使用指南

一、环境配置&#xff08;Gradle 7.0 适配&#xff09; 1. 项目级 build.gradle // 注意&#xff1a;沪江插件已停更&#xff0c;推荐官方兼容方案 buildscript {dependencies {classpath org.aspectj:aspectjtools:1.9.9.1 // AspectJ 工具} } 2. 模块级 build.gradle plu…...

编程新知 2025/7/7 22:33:57

网站指纹识别

网站指纹识别 网站的最基本组成&#xff1a;服务器&#xff08;操作系统&#xff09;、中间件&#xff08;web容器&#xff09;、脚本语言、数据厍 为什么要了解这些&#xff1f;举个例子&#xff1a;发现了一个文件读取漏洞&#xff0c;我们需要读/etc/passwd&#xff0c;如…...

编程新知 2026/2/2 17:06:29

scikit-learn机器学习

# 同时添加如下代码, 这样每次环境(kernel)启动的时候只要运行下方代码即可: # Also add the following code, # so that every time the environment (kernel) starts, # just run the following code: import sys sys.path.append(/home/aistudio/external-libraries)机…...

编程新知 2026/2/1 17:50:36

Golang——9、反射和文件操作

反射和文件操作 1、反射1.1、reflect.TypeOf()获取任意值的类型对象1.2、reflect.ValueOf()1.3、结构体反射 2、文件操作2.1、os.Open()打开文件2.2、方式一&#xff1a;使用Read()读取文件2.3、方式二&#xff1a;bufio读取文件2.4、方式三&#xff1a;os.ReadFile读取2.5、写…...

编程新知 2026/1/30 6:20:08