【WRF工具】服务器上安装convert_geotiff

将 GeoTIFF 转换为标准 TIFF 文件（WRF所需的二进制文件），涉及剥离与 GeoTIFF 格式关联的地理空间元数据，需要在服务器上编译安装convert_geotiff。

convert_geotiff简介

convert_geotiff依赖安装 GeoTIFF和LibTIFF，各种库的安装还是configure、make、make install这三板斧，另外在安装好相关库以后记得设置环境变量。

在安装时存在依赖关系为：

有两种安装方式，一是老老实实安装各依赖库，二是直接利用conda完成geotiff和libtiff库的安装，随后完成convert_geotiff安装。此处推荐后者，方便快捷，何乐而不为？

方法1：下载安装包后下载

convert_geotiff依赖库安装

库1：libtiff

在Linux系统中安装libtiff库是一项常见的操作，尤其对于需要处理TIFF格式文件的用户来说，这一步是必不可少的。libtiff是一个开源的软件库，用于处理TIFF格式文件的读取和写入，许多图形处理软件和打印机驱动都会用到这个库。因此，安装libtiff库可以帮助用户更方便地处理和操作TIFF格式的文件。

方法1：安装包下载
libTIFF安装包下载路径：Index of /libtiff/

安装代码：

cd /home/wanzhou/Packages
tar -xvf tiff-4.3.0.tar.gz
cd tiff-4.3.0/
./configure --prefix=your_install_dir/tiff
./configure --prefix=$DIR/tiff
make
make check
make install

终端界面如下：

库2：sqlite

sqlite安装包下载地址：SQLite Download Page

安装代码：

tar -xvf sqlite-autoconf-3460100.tar.gz
cd sqlite-autoconf-3460100/
./configure --prefix=your_install_dir/sqlite
make
make install

库3：curl

curl安装包下载地址：curl Releases and Downloads

安装代码：

 tar -xvf curl-7.82.0.tar.gzcd curl-7.82.0/./configure --prefix=your_install_dir/curl --without-sslmakemake install

库4：proj

proj安装包下载地址：Index of /proj/

最新的9.0.0版本需要使用cmake安装的。

由于出现error: downloading ‘https://github.com/google/googletest/archive/release-1.11.0.zip’ failed错误，因此在cmake步骤中选择取消测试选项，安装方法如下：

tar -xvf proj-9.0.0.tar.gz 
cd proj-9.0.0/
mkdir build
cd build
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=your_install_dir/proj \
-DSQLITE3_INCLUDE_DIR=$SQLITE3_HOME/include \
-DSQLITE3_LIBRARY=$SQLITE3_HOME/lib/libsqlite3.so \
-DTIFF_INCLUDE_DIR=$TIFF_HOME/include \
-DTIFF_LIBRARY_RELEASE=$TIFF_HOME/lib/libtiff.so.5 \
-DCURL_INCLUDE_DIR=$CURL_HOME/lib \
-DCURL_INCLUDE_DIR=$CURL_HOME/lib \
-DBUILD_TESTING=OFF \
..
make
make install

其中 $SQLITE{3}_{H}OME、$TIFF_HOME、$CURL_HOME为.bashrc环境变量中的设置量。

这里发现只有make、make install才能在指定安装目录生成lib，bin等文件夹，官网的cmake …、cmake --build .步骤则不行。

其中需要注意的是sqlite3和tiff的lib库连接需要详细到xxx.so相关库，否则会报如下错误。

cmake更新（可选）

如果在执行cmake安装中出现如下报错，则需要安装新版的cmake，若没有问题则跳过cmake的安装这一步。

CMake Error at CMakeLists.txt:12 (cmake_minimum_required):
CMake 3.9 or higher is required.  You are running version 2.8.12.2

安装包下载地址：Index of /files/v3.23

安装代码：

tar -xvf cmake-3.23.0.tar.gz 
cd cmake-3.23.0/
./configure --prefix=your_install_dir/cmake
make
make install

其中在make这一步比较长，半小时还多。安装结束后在指定安装目录下会出现：bin，doc， share这3个文件夹。

由于需要使用cmake来编译proj，需要为cmake设置好环境变量。

# 加载cmake
export CMAKE_HOME=your_install_dir/cmake
export PATH=$CMAKE_HOME/bin:$PATH

其中PATH中需要把新装的路径放在最前面，否则执行cmake还是显示原来的安装位置。

$ cmake --version
cmake version 3.23.0

库5：geotiff

geotiff包下载路径：Index of /geotiff/libgeotiff/

安装代码：

tar -xvf libgeotiff-1.7.1.tar.gz 
cd libgeotiff-1.7.1/
./configure --prefix=your_install_dir/geotiff \
--with-libtiff=your_install_dir/tiff \
--with-proj=your_install_dir/proj \
--with-zlib --with-jpeg
make
make check
make install

tips：记得把${GeoTIFF_PATH}/lib加到LD_LIBRARY_PATH，否则运行convert_geotiff找不到库

convert_geotiff库安装

convert_geotiff安装包下载地址为：openwfm/convert_geotiff

安装代码：

export CPPFLAGS="-I/your_install_dir/tiff/include -I/your_install_dir/geotiff/include"
export LDFLAGS="-L/your_install_dir/tiff/lib -L/your_install_dir/geotiff/lib"./configure --prefix=your_install_dir/convert_geotiff
make
make install

运行成功在安装目录中会自动生成bin文件夹，其中存在convert_geotiff可执行程序。

$ ./bin/convert_geotiff 
Missing FileName.
Usage: ./bin/convert_geotiff [OPTIONS] FileNameConverts geotiff file `FileName' into geogrid binary format
into the current directory.Options:
-h         : Show this help message and exit
-c NUM     : Indicates categorical data (NUM = number of categories)
-b NUM     : Tile border width (default 3)
-w [1,2,4] : Word size in output in bytes (default 2)
-z         : Indicates unsigned data (default FALSE)
-t NUM     : Output tile size (default 100)
-s SCALE   : Scale factor in output (default 1.)
-m MISSING : Missing value in output (default 0., ignored for categorical data)
-u UNITS   : Units of the data (default "NO UNITS")
-d DESC    : Description of data set (default "NO DESCRIPTION")

将convert_geotiff加入$PATH环境变量即可随意调用了。

错误总结

• 如果在make阶段碰到如下问题，然后打开Makefile文件，找到207行LIBS = -lgeotiff -ltiff，在后面添加-lm，接着继续运行make。

/usr/bin/ld: geogrid_tiles.o: undefined reference to symbol 'ceil@@GLIBC_2.2.5'
//usr/lib64/libm.so.6: error adding symbols: DSO missing from command line
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [convert_geotiff] Error 1

• 如果安装结束后运行./convert_geotiff出现如下错误：

./convert_geotiff: error while loading shared libraries: libgeotiff.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

可能是geotiff的LD_LIBRARY_PATH环境变量设置错误，修改后再重新编译即可运行。

• 在configure步骤，出现了如下warning，虽然也不影响最终可执行程序的编译生成和运行，就先留个坑，如果后续发生报错再回头梳理。

checking for libproj... checking whether HAVE_LIBPROJ is declared... no
configure: WARNING: libproj support is not compiled into geotiff.  convert_geotiff will not be able to work with projected files.

方法2：使用Conda进行安装

convert_geotiff依赖库安装

还可以通过conda直接安装GeoTIFF and LibTIFF

conda install -c conda-forge geotiff
conda install -c conda-forge libtiff
conda install libgeotiff-dev

终端界面如下：

查看版本，代码如下：

conda list geotiff
conda list libtiff

查看geotiff，终端界面如下：

查看libtiff，终端界面如下：

环境变量配置代码：

export LIBTIFF_HOME=/home/wanzhou/miniconda3/pkgs/libtiff-4.7.0-h6565414_0
export PATH=$LIBTIFF_HOME/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=${LIBTIFF_HOME}/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export INCLUDE=${LIBTIFF_HOME}/include:$INCLUDE

报错： configure: error: Cannot find TIFF library. Try setting CFLAGS and LDFLAGS if it is installed in a non-standard location.

CFLAGS： 指定头文件（.h文件）的路径，如：CFLAGS=-I/usr/include -I/path/include。同样地，安装一个包时会在安装路径下建立一个include目录，当安装过程中出现问题时，试着把以前安装的包的include目录加入到该变量中来。

LDFLAGS：gcc 等编译器会用到的一些优化参数，也可以在里面指定库文件的位置。用法：LDFLAGS=-L/usr/lib -L/path/to/your/lib。每安装一个包都几乎一定的会在安装目录里建立一个lib目录。如果明明安装了某个包，而安装另一个包时，它愣是说找不到，可以抒那个包的lib路径加入的LDFALGS中试一下。

./configure --prefix=安装目录 CFLAGS="yourpath/include" LDFLAGS="yourpath/lib"

convert_geotiff库安装

1、编译安装convert_geotiff库：

cd /home/wanzhou/Packages/convert_geotiff-0.1
cd convert_geotiff
# 设置安装路径
./configure --prefix=/home/wanzhou/convert_geotiff
./configure --prefix=`pwd`/build CPPFLAGS=-I${GeoTIFF_PATH}/include LDFLAGS=-L${GeoTIFF_PATH}/lib
# 若Permission is denied
chmod +x ./configure
./configure --prefix=/home/wanzhou/convert_geotiff
./configure --prefix=/home/wanzhou/convert_geotiff CFLAGS="/home/wanzhou/miniconda3/pkgs/libtiff-4.5.0-h6adf6a1_2/include" LDFLAGS="/home/wanzhou/miniconda3/pkgs/libtiff-4.5.0-h6adf6a1_2/lib"
make
make install

终端界面如下：

2、convert_geotiff使用
方式1：将convert_geotiff加入$PATH环境变量，如下：

GeoTIFF_PATH=/home/wanzhou/miniconda3/envs/gdal
export LD_LIBRARY_PATH=${GeoTIFF_PATH}/lib:$LD_LIBRARY_PATH

方式2：或者移动到/usr/local/bin，如下：

mv /yourpath/convert_geotiff /usr/local/bin

3、测试convert_geotiff

convert_geotiff -h

另：GeoTIFF 和标准 TIFF 文件有什么区别？

• GeoTIFF 是嵌入地理空间元数据的 TIFF 文件。此元数据包括坐标系、地图投影以及将图像链接到地球上特定位置的其他数据等信息。
• 标准 TIFF 文件只是一种图像格式，没有附加的地理空间信息。它通常用于存储光栅图形。

将 GeoTIFF 转换为标准 TIFF 通常不会影响图像的视觉质量或分辨率。转换过程仅删除地理空间元数据。

参考

1、安装convert_geotiff步骤详解