2024.11.09【BUG报错】| Fastuniq “Error in Reading pair-end FASTQ sequence!”解决方案
解决 Fastuniq 中“Error in Reading pair-end FASTQ sequence!”报错的指南
在使用 Fastuniq 进行高通量测序数据分析时,用户可能会遇到“Error in Reading pair-end FASTQ sequence!”的错误提示。这通常表明在读取配对的 FASTQ 序列时出现了问题。以下是一些可能的原因及其解决方案。
1. 检查 FASTQ 文件格式
确保你的 FASTQ 文件格式正确。FASTQ 文件应包含四行信息:序列标识符、核酸序列、加号行(通常是与序列标识符相同的行),以及质量分数。任何格式上的错误都可能导致读取失败。
-
四行结构:
- 每个序列应包含四行:
- 序列标识符(以
@开头) - 核酸序列
- 加号行(通常与序列标识符相同)
- 质量分数行(每个字符对应于序列中碱基的质量)
- 序列标识符(以
- 每个序列应包含四行:
-
行数一致性:
- 确保每个序列的四行是完整的。总行数应为 4 的倍数。
-
特殊字符和空行:
- 检查文件中是否存在特殊字符或空行,这可能导致解析错误。
-
质量分数范围:
- 确保质量分数行中的字符在有效范围内(通常为 ASCII 字符)。
-
使用工具验证:
- 可以使用
FastQC等工具对 FASTQ 文件进行质量控制,检查格式和质量问题。
- 可以使用
使用 fastp 质控并去除 unpaired 的 reads
fastp 是一个高效的 FASTQ 文件预处理工具,可以用于质量控制和去除未配对的 reads。以下是使用 fastp 的基本命令:
fastp -i input_R1.fastq -I input_R2.fastq -o output_R1.fastq -O output_R2.fastq --unpaired1 unpaired_R1.fastq --unpaired2 unpaired_R2.fastq
参数说明:
-i input_R1.fastq:输入的配对 read 文件 1。-I input_R2.fastq:输入的配对 read 文件 2。-o output_R1.fastq:输出的配对 read 文件 1(经过质控)。-O output_R2.fastq:输出的配对 read 文件 2(经过质控)。--unpaired1 unpaired_R1.fastq:输出未配对的 read 文件 1。--unpaired2 unpaired_R2.fastq:输出未配对的 read 文件 2。
2. 确认文件路径和权限
确保 Fastuniq 能够访问指定的 FASTQ 文件路径。文件权限设置不当可能会导致读取失败。
解决方案:
- 检查文件路径是否正确。
- 使用
ls -l命令检查文件权限,确保当前用户有读取权限。
3. 配对文件的匹配问题
在处理配对的 FASTQ 文件时,确保两个文件中的序列是匹配的。如果一个文件中缺少序列或序列数量不一致,也会导致此错误。
解决方案:
- 使用
wc -l命令检查两个 FASTQ 文件的行数,确保每个文件的序列数量相同。 - 确认序列标识符(以 ‘@’ 开头的行)在两个文件中是相同的。
4. 文件编码问题
某些情况下,文件的编码格式(如 UTF-8 或 ASCII)可能导致读取错误。
解决方案:
- 使用
file命令检查文件编码。 - 如果文件编码不正确,可以使用
iconv命令进行转换,例如:iconv -f UTF-8 -t ASCII//TRANSLIT input.fastq -o output.fastq
5. Fastuniq 的版本问题
确保你使用的是 Fastuniq 的最新版本。旧版本可能存在已知的错误或不兼容问题。
解决方案:
- 检查 Fastuniq 的官方网站或 GitHub 页面,下载并安装最新版本。
6. 其他调试方法
如果以上方法都未能解决问题,可以考虑以下调试步骤:
- 使用其他工具(如 FastQC)检查 FASTQ 文件的质量和格式。
- 查阅 Fastuniq 的文档或社区论坛,了解其他用户的解决方案。
总结
“Error in Reading pair-end FASTQ sequence!”的错误通常与文件格式、路径、配对关系、编码或软件版本有关。我个人遇到这个问题后发现应该是下机数据有缺失导致fastuniq报错。如果有类似情况的读者,可以用fastqc做个质控,看看会不会报错,如果发生了报错,说明数据确实存在缺失,也就导致了格式的错误,进一步使用fastuniq分析发生报错。有md5文件的话,建议先进行数据完整性的验证再进行分析。如果仍然遇到困难,建议寻求Biostars社区支持或专业帮助。也可以添加下方微信,在我创建的社区进行交流。
希望这篇文章能帮助你解决 Fastuniq 中的相关问题,顺利进行数据分析!
相关文章:
2024.11.09【BUG报错】| Fastuniq “Error in Reading pair-end FASTQ sequence!”解决方案
解决 Fastuniq 中“Error in Reading pair-end FASTQ sequence!”报错的指南 在使用 Fastuniq 进行高通量测序数据分析时,用户可能会遇到“Error in Reading pair-end FASTQ sequence!”的错误提示。这通常表明在读取配对的 FASTQ 序列时出现了问题。以下是一些可能…...
k8s组件原理
文章目录 1、kubernetes控制平面组件1、kube-apiserver2、etcd3、controller-manager4、schedule 2、node组件1、kubelet2、container runtime3、kube-proxy 3、附加组件1、kubedns2、dashboard 4、创建pod的原理 1、kubernetes控制平面组件 1、kube-apiserver 是公开kubernete…...
0基础跟德姆(dom)一起学AI 深度学习02-Pytorch基本使用
1 基本介绍 (1)什么是Pytorch? PyTorch是一个开源机器学习和深度学习框架。PyTorch 允许您使用 Python 代码操作和处理数据并编写深度学习算法,能够在强大的GPU加速基础上实现张量和动态神经网络。 PyTorch是一个基于 Python 的科学计算包…...
九州未来再度入选2024边缘计算TOP100
随着数智化转型的浪潮不断高涨,边缘计算作为推动各行业智能化升级的重要基石,正在成为支持万物智能化的关键点。近日,德本咨询(DBC)联合《互联网周刊》(CIW)与中国社会科学院信息化研究中心(CIS),共同发布《2024边缘计算TOP100》榜…...
《物理化学学报》
《物理化学学报》主要刊载化学学科物理化学领域具有原创性实验和基础理论研究类文章。《物理化学学报》的办刊宗旨是引领物理化学前沿、服务国家战略需求,坚持正确的办刊方针,以促进学术交流及本学科发展为已任,为发现和培养科技人才服务&…...
【数据集】【YOLO】【目标检测】树木倒塌识别数据集 9957 张,YOLO道路树木断裂识别算法实战训练教程!
一、数据集介绍 【数据集】树木倒塌识别数据集 9957 张,目标检测,包含YOLO/VOC格式标注。 数据集中包含2种分类:{0: fallen_tree},代表倒塌或者断裂的树木。 数据集来自国内外图片网站和视频截图; 可用于无人机树木…...
iOS 18.2 六大新功能外媒實測|ChatGPT進化版SIRI、自製Genmoji
iOS 18.2 測試版再次帶來備受矚目的功能,當中包括 Image Playground、Genmoji,以及很多果迷都期待已久的 Siri與ChatGPT 的整合。外媒實測這些新功能的實際效果和操作體驗,發現當中有不少令人滿意的地方。 1)Image Playground-圖像…...
简单介绍一下mvvm mvc mvp以及区别、历史
MVC(Model - View - Controller) 因MVC架构的灵活性,架构图形式很多,仅供参考 历史: MVC 是最早出现的软件架构模式之一,其历史可以追溯到 20 世纪 70 年代,最初被用于 Smalltalk - 80 环境。…...
达梦8-达梦数据实时同步软件(DMHS)配置-Oracle-DM8
1、安装环境 源端目的端IP地址192.168.6.111192.168.6.110系统版本Red Hat 6.4Kylin v10数据库版本Oracle11g达梦 v8系统用户Oracledmdba字符集MERICAN_AMERICA.AL32UTF8UTF-8端口15215236实例名PRODDMSERVER数据库软件目录/u01/app/oracle/opt/dmdbmsDMHS安装目录/u01/dmhs/o…...
mysql常见死锁的分析
概念: 死锁是指两个或多个事务在数据库操作过程中相互等待对方释放资源,而导致无法继续执行的现象。在 MySQL 中,死锁是较为常见的问题,特别是在高并发环境中。 一、识别死锁 当 MySQL 检测到死锁时,会自动中止其中一个事务&am…...
Go Energy 跨平台(GUI)应用编译和安装包制作
构建打包 energy cli 平台介绍描述windowNSIS安装包制作工具可通过 energy cli 安装linuxdpkg 命令系统自带macosenergy 仅生成 xxx.app系统自带 安装包制作 config/energy_[os].json是初始化应用时自动生成的应用配置文件,在编译和制作应用安装包时使用 Windows…...
众测遇到的一些案列漏洞
文章中涉及的敏感信息均已做打码处理,文章仅做经验分享用途,切勿当真,未授权的攻击属于非法行为!文章中敏感信息均已做多层打码处理。传播、利用本文章所提供的信息而造成的任何直接或者间接的后果及损失,均由使用者本人负责,作者不为此承担任何责任,一旦造成后果请自行…...
大华乐橙设备私有平台EasyCVR视频设备轨迹回放平台支持哪些摄像机?摄像机如何选型?
在现代安全监控系统中,视频监控设备扮演着至关重要的角色。视频设备轨迹回放平台EasyCVR以其卓越的兼容性和灵活性,支持接入多种品牌和类型的摄像机。这不仅为用户提供了广泛的选择空间,也使得视频监控系统的构建和管理变得更加高效和便捷。本…...
实战攻略 | ClickHouse优化之FINAL查询加速
【本文作者:擎创科技资深研发 禹鼎侯】 查询时为什么要加FINAL 我们在使用ClickHouse存储数据时,通常会有一些去重的需求,这时候我们可以使用ReplacingMergeTree引擎。这个引擎允许你存储重复数据,但是在merge的时候会根据order …...
5G NR gNB 逻辑架构及其功能拆分选项
5G NR gNB 逻辑架构及其功能拆分选项 中央单元 (CU) 和分布式单元功能拆分选项RAN 分体架构的优势在哪里使用哪个拆分函数?参考: 5G NR gNB Logical Architecture and It’s Functional Split OptionsCentral Unit (CU) and Distributed Unit Functional…...
PyQt入门指南四十六 性能优化策略
在PyQt应用程序中,性能优化是一个重要的考虑因素,尤其是在处理大型数据集或复杂图形界面时。以下是一些常见的性能优化策略: 1. 使用延迟加载(Lazy Loading) 延迟加载是一种优化技术,只在需要时加载资源。…...
【RMA】基于知识注入和模糊学习的多模态歧义分析
abstract 多模态情感分析(MSA)利用互补的多模态特征来预测情感极性,主要涉及语言、视觉和音频三种模态。现有的多模态融合方法主要考虑不同模态的互补性,而忽略了模态之间的冲突所导致的歧义(即文本模态预测积极情绪&…...
CulturalBench :一个旨在评估大型语言模型在全球不同文化背景下知识掌握情况的基准测试数据集
2024-10-04,为了提升大型语言模型在不同文化背景下的实用性,华盛顿大学、艾伦人工智能研究所等机构联合创建了CulturalBench。这个数据集包含1,227个由人类编写和验证的问题,覆盖了包括被边缘化地区在内的45个全球区域。CulturalBench的推出&…...
Git 入门篇(一)
前言 操作系统:win11 64位 与gitee搭配使用 Git 入门篇(一) Git 入门篇(二) Git 入门篇(三) 目录 git下载、安装与配置 下载 安装 配置 git下载、安装与配置 下载 官网:git-…...
一个灵活且功能强大的动画库 Popmotion
一个灵活且功能强大的动画库 Popmotion 什么是 Popmotion? Popmotion 是一个强大的 JavaScript 动画库,提供了一系列简洁的 API,方便开发者创建流畅的动画效果。它支持不同类型的动画,包括 CSS 动画、SVG 动画和 DOM 动画&#…...
利用最小二乘法找圆心和半径
#include <iostream> #include <vector> #include <cmath> #include <Eigen/Dense> // 需安装Eigen库用于矩阵运算 // 定义点结构 struct Point { double x, y; Point(double x_, double y_) : x(x_), y(y_) {} }; // 最小二乘法求圆心和半径 …...
铭豹扩展坞 USB转网口 突然无法识别解决方法
当 USB 转网口扩展坞在一台笔记本上无法识别,但在其他电脑上正常工作时,问题通常出在笔记本自身或其与扩展坞的兼容性上。以下是系统化的定位思路和排查步骤,帮助你快速找到故障原因: 背景: 一个M-pard(铭豹)扩展坞的网卡突然无法识别了,扩展出来的三个USB接口正常。…...
Linux 文件类型,目录与路径,文件与目录管理
文件类型 后面的字符表示文件类型标志 普通文件:-(纯文本文件,二进制文件,数据格式文件) 如文本文件、图片、程序文件等。 目录文件:d(directory) 用来存放其他文件或子目录。 设备…...
遍历 Map 类型集合的方法汇总
1 方法一 先用方法 keySet() 获取集合中的所有键。再通过 gey(key) 方法用对应键获取值 import java.util.HashMap; import java.util.Set;public class Test {public static void main(String[] args) {HashMap hashMap new HashMap();hashMap.put("语文",99);has…...
Netty从入门到进阶(二)
二、Netty入门 1. 概述 1.1 Netty是什么 Netty is an asynchronous event-driven network application framework for rapid development of maintainable high performance protocol servers & clients. Netty是一个异步的、基于事件驱动的网络应用框架,用于…...
并发编程 - go版
1.并发编程基础概念 进程和线程 A. 进程是程序在操作系统中的一次执行过程,系统进行资源分配和调度的一个独立单位。B. 线程是进程的一个执行实体,是CPU调度和分派的基本单位,它是比进程更小的能独立运行的基本单位。C.一个进程可以创建和撤销多个线程;同一个进程中…...
前端工具库lodash与lodash-es区别详解
lodash 和 lodash-es 是同一工具库的两个不同版本,核心功能完全一致,主要区别在于模块化格式和优化方式,适合不同的开发环境。以下是详细对比: 1. 模块化格式 lodash 使用 CommonJS 模块格式(require/module.exports&a…...
计算机系统结构复习-名词解释2
1.定向:在某条指令产生计算结果之前,其他指令并不真正立即需要该计算结果,如果能够将该计算结果从其产生的地方直接送到其他指令中需要它的地方,那么就可以避免停顿。 2.多级存储层次:由若干个采用不同实现技术的存储…...
理想汽车5月交付40856辆,同比增长16.7%
6月1日,理想汽车官方宣布,5月交付新车40856辆,同比增长16.7%。截至2025年5月31日,理想汽车历史累计交付量为1301531辆。 官方表示,理想L系列智能焕新版在5月正式发布,全系产品力有显著的提升,每…...
C++课设:实现本地留言板系统(支持留言、搜索、标签、加密等)
名人说:路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。—— 屈原《离骚》 创作者:Code_流苏(CSDN)(一个喜欢古诗词和编程的Coder😊) 专栏介绍:《编程项目实战》 目录 一、项目功能概览与亮点分析1. 核心功能…...
