【3D Slicer】的小白入门使用指南八

3D Slicer DMRI(Diffusion MRI)-扩散磁共振认识和使用

0、简介

大脑解剖

● 白质约占大脑的 45%

● 有髓神经纤维（大约10微米轴突直径）

白质探索

朱尔斯·约瑟夫·德杰林（Jules Joseph Dejerine，《神经中心解剖学》（巴黎，1890-1901）：基于髓磷脂染色标本的神经解剖图谱）
 

扩散张量成像（DTI）

• 首次非侵入性地观察白质解剖结构
• 使用MRI技术测量水分子的运动。
• 三维重建白质束的轨迹。

 扩散加权成像（DWI）

• 在这个例子中，DWI扫描使用了12个扩散敏感梯度方向（S1-S12）和2个非扩散敏感梯度（S0）。

 纤维束成像

• DTI纤维束成像提供了白质通路轨迹的三维重建。
   

教程大纲

本教程是对扩散MRI分析基础的介绍，从扩散张量的估计到纤维束的交互式3D可视化。
 

教程数据集

• 教程数据集 SlicerDiffusionMRI TutorialData 是一份大脑的扩散加权MR扫描，采集了41个梯度方向和一个基线。
• 扩散敏感梯度-》扩散加权图像
   

SlicerDMRI扩展包

一个旨在改进和扩展3D Slicer中扩散磁共振成像软件的开源项目：

SlicerDMRI

学习目标

完成本教程后，你将能够：
1) 从一组扩散加权图像估计一个张量体积。
2) 理解扩散椭球的形状和大小。
3) 从预定义的兴趣区域重建DTI纤维束。
4) 从基准点交互式可视化DTI纤维束。

磁共振扩散分析流程

• DWI采集
• 张量计算
• 标量图
• 三维可视化
   

1、安装SlicerDMRI扩展包

1）选择Diffusion模块，并选择install

得到下图后，点击install（好像我的PC电脑卡死了，但是重新关闭软件并打开发现安装好了；也可以通过扩展包搜索方式查看）

 

2）再次选择Diffusion模块，发现出来了后面几部分，证明已经安装成功

2、DWI采集：从DWI图像到张量