Neo4j插入数据逐级提升速度4倍又4倍

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背景介绍

待插入数据的背景：

Wikipedia的数据，一个标题title就是一个页面，一个页面下有很多个子章节chapter（我这里称之为section），每个section都是由若干个块chunk组成的（我这里每个块100个token）。

如图所示，红色是title，棕色是section，绿色是chunk（显示的chunkID）

我的三元组，(s,p,o)是三元组主谓宾，

titleOrSection表示主语s是一个标题还是章节：为了标记label

titleName表示这个主语谓语是哪一个title页面下的：为了唯一区分相同的section，比如上面图里"Career"就出现了两个，但是它们的属性是不同的，一个是"Henry->Career"，一个是"Adelina->Career"。就应该分开，举个例子，论文A包含章节"Approach"，“Approach"包含"Retrieval Augmented Generation”，论文B也包含章节"Approach"，“Approach"包含"Bacterial Culture”，如果没有区分"Approach"，那论文A的节点向下探索就会找到论文B的章节块，所以这里会有一个titleName进行区分。

初始方案Node()创建

Node()创建，用的py2neo，是逻辑层面。

def create_node_and_relation_t1(data):for i in tqdm(range(1, len(data))):s = data[i][0]p = data[i][1]o = data[i][2]sLabel = data[i][3]oLabel = "Section" if p == "hasSection" else "Chunk"nameAndTitleNameS = data[i][4] + "->" + snameAndTitleNameO = data[i][4] + "->" + ostart_node = Node(sLabel, name=s, unique_name=nameAndTitleNameS)end_node = Node(oLabel, name=o, unique_name=nameAndTitleNameO)# 使用 MERGE 确保节点不会重复创建graph.merge(start_node, sLabel, "unique_name")# 根据标签和 unique_name 属性进行合并graph.merge(end_node, oLabel, "unique_name")relation = Relationship(start_node, p, end_node)graph.create(relation)

用的数据包含2697个三元组，用时：32s。

事务批量提交

事务开销大

• 每次创建节点和关系都会产生网络开销
• 频繁的单个事务提交会显著降低性能

批量操作不充分

• 没有利用Neo4j的批量写入能力
• 每个节点和关系都单独处理

每次执行 graph.run() 都会发送一个请求给数据库，如果是逐行执行，会非常慢。使用事务可以将多条语句合并到一个请求中，这样能大大减少请求次数。

加事务，batch

def create_node_and_relation_t2_batch(data, batch_size=1000):tx = graph.begin()for i in tqdm(range(1, len(data))):s = data[i][0]p = data[i][1]o = data[i][2]sLabel = data[i][3]oLabel = "Section" if p == "hasSection" else "Chunk"nameAndTitleNameS = data[i][4] + "->" + snameAndTitleNameO = data[i][4] + "->" + ostart_node = Node(sLabel, name=s, unique_name=nameAndTitleNameS)end_node = Node(oLabel, name=o, unique_name=nameAndTitleNameO)# 使用 MERGE 确保节点不会重复创建tx.merge(start_node, sLabel, "unique_name")  # 根据描述和 unique_name 属性进行合并tx.merge(end_node, oLabel, "unique_name")relation = Relationship(start_node, p, end_node)tx.create(relation)# 每 batch_size 条记录提交一次if i % batch_size == 0:graph.commit(tx)tx = graph.begin()  # 开始新的事务# 提交剩余的数据graph.commit(tx)

用的数据包含2697个三元组，用时：20s，快了12秒，快了37.5%。

不同的batchSize不一样的结果，为10的时候最好

记录Node是否存在

如果Node存在，就不用去new了

def create_node_and_relation_batch_exist(data, batch_size=1000):tx = graph.begin()existNode = {}for i in tqdm(range(1, len(data))):s = data[i][0]p = data[i][1]o = data[i][2]sLabel = data[i][3]if p != "hasChunk" and p != "hasSection":logging.error(f"关系类型错误：{p}")breakoLabel = "Section" if p == "hasSection" else "Chunk"nameAndTitleNameS = data[i][4] + "->" + snameAndTitleNameO = data[i][4] + "->" + oif nameAndTitleNameS in existNode:start_node = existNode[nameAndTitleNameS]else:start_node = Node(sLabel, name=s, unique_name=nameAndTitleNameS)existNode[nameAndTitleNameS] = start_nodeif nameAndTitleNameO in existNode:end_node = existNode[nameAndTitleNameO]else:end_node = Node(oLabel, name=o, unique_name=nameAndTitleNameO)existNode[nameAndTitleNameO] = end_noderelation = Relationship(start_node, p, end_node)tx.create(relation)if i % batch_size == 0:graph.commit(tx)tx = graph.begin()  # 开始新的事务graph.commit(tx)

用的数据包含2697个三元组，用时：8s，快了12秒，快了60%。比初始快了75%。

生成Cypher语句执行

cypher语句生成，依然每一个都得tx.run()一次。

tx.run()的批量参数，可惜我这里不适用

def create_cypher(data, batch_size=1000):# 开始一个事务tx = graph.begin()for i in tqdm(range(1, len(data))):s = data[i][0]p = data[i][1]o = data[i][2]sLabel = data[i][3]oLabel = "Section" if p == "hasSection" else "Chunk"nameAndTitleNameS = data[i][4] + "->" + snameAndTitleNameO = data[i][4] + "->" + oparams = {'s': s,'o': o,'nameAndTitleNameS': nameAndTitleNameS,'nameAndTitleNameO': nameAndTitleNameO}query = f"""MERGE (s:{sLabel} {{name: $s, unique_name: $nameAndTitleNameS}})MERGE (o:{oLabel} {{name: $o, unique_name: $nameAndTitleNameO}})MERGE (s)-[:{p}]->(o)"""tx.run(query, params)# 每 batch_size 条记录提交一次if i % batch_size == 0:graph.commit(tx)tx = graph.begin()  # 开始新的事务# 提交剩余的数据graph.commit(tx)

用的数据包含2697个三元组，用时：7s，快了1秒，快了12.5%。比初始快了78%。

数据库参数优化

数据库参数调整。没什么感觉，可能数据量比较小吧

server.memory.heap.initial_size=8g
server.memory.heap.max_size=16g
server.memory.pagecache.size=10g
dbms.memory.transaction.total.max=6g

ChatGPT推荐的

# 确保 neo4j.conf 中的内存配置足够大
dbms.memory.pagecache.size
# 禁用事务日志
dbms.tx_log.rotation.retention_policy=0
dbms.tx_log.rotation.retention_policy=100Mdbms.memory.heap.initial_size=8G
dbms.memory.heap.max_size=16G
dbms.memory.pagecache.size=4G

Claude推荐的

# 堆内存和页缓存
dbms.memory.heap.initial_size=4G
dbms.memory.heap.max_size=16G
dbms.memory.pagecache.size=8G# 并发和事务配置
dbms.tx_log.rotation.size=512M
dbms.tx_log.rotation.retention_policy=keep_latest 3# 索引和约束优化
dbms.index.operational_sampling_enabled=false
dbms.index.background_sampling_enabled=true# 批量导入优化
dbms.import.csv.legacy_quote_escaping=false
dbms.import.csv.multi_line_fields=false

切换成85k个三元组测试

事务批量提交+Node是否存在+数据库参数优化：用的数据包含85661个三元组，

batch_size = 1000 用时：09:25

batch_size = 10 用时：04:40

事务批量提交+Cypher语句+数据库参数优化：用的数据包含85661个三元组，

batch_size = 1000 用时：1:12:57

:::color5
Node是否存在完胜

:::

建索引（很显著！！！）

如果在 MERGE 操作中某些属性（如 unique_name）只是为了保证唯一性，但不会频繁变动，可以通过优化索引和减少查询字段来提高性能。

CREATE CONSTRAINT FOR (s:Title) REQUIRE s.unique_name IS UNIQUE;
CREATE CONSTRAINT FOR (s:Section) REQUIRE s.unique_name IS UNIQUE;
CREATE CONSTRAINT FOR (o:Chunk) REQUIRE o.unique_name IS UNIQUE;

事务批量提交+Node是否存在+数据库参数优化：用的数据包含85661个三元组

batch_size = 1000 用时：09:25

batch_size = 10 用时：04:50

事务批量提交+Cypher语句+数据库参数优化：用的数据包含85661个三元组

batch_size = 1000 用时：03:14

batch_size = 10 用时：02:06

:::color5
Cypher语句完胜，因为索引对Node是否存在没用

batch_size小一点会更好

:::

MATCH替代MERGE

合并操作：当前代码是基于 MERGE 来进行节点的创建和关系的建立。每次都在执行 MERGE 操作，会影响性能。如果确定节点已经存在，可以使用 MATCH 代替 MERGE。python代码里用内存记录是否存在，不用Neo4j记录，if nameAndTitleNameS in alreadyNode:

同步可以改第一种方案不去用MERGE来做判断，而是用内存，并记录存在的Node()对象，直接字典取。理论来说这个应该最快，但是这是py2neo，不是cypher语句层面

• 对于每个源节点和目标节点，首先检查它是否已经在 alreadyNode 中。
• 如果节点已经存在，使用 MATCH 语句来查找它。
• 如果节点不存在，使用 MERGE 来创建它。

if nameAndTitleNameS in alreadyNode:s_query = f"""MATCH (s:{sLabel} {{unique_name: $nameAndTitleNameS}})"""
else:s_query = f"""MERGE (s:{sLabel} {{name: $s, unique_name: $nameAndTitleNameS}})"""alreadyNode.append(nameAndTitleNameS)if nameAndTitleNameO in alreadyNode:o_query = f"""MATCH (o:{oLabel} {{unique_name: $nameAndTitleNameO}})"""
else:o_query = f"""MERGE (o:{oLabel} {{name: $o, unique_name: $nameAndTitleNameO}})"""alreadyNode.append(nameAndTitleNameO)# MERGE 和 MATCH 之间需要有 with
query = f"""
{s_query}
WITH s
{o_query}
WITH s, o
CREATE (s)-[:{p}]->(o)
"""
tx.run(query, params)

batch_size = 1000 用时：04:11

batch_size = 10 用时：03:37

CREATE替代MERGE

使用MERGE或者MATCH，会随着KG里数据的变多而变得缓慢

CREATE 与 MERGE 的区别：

• **CREATE**：直接创建新的节点或关系，不做任何检查。如果节点或关系已经存在，CREATE 不会做任何检查，也不会返回已存在的节点。
• **MERGE**：执行节点或关系的查找（MATCH），如果不存在则创建。如果节点已经存在，MERGE 会进行比 CREATE 更多的检查（例如，索引匹配等），这会增加查询的开销。

因为明确知道了是不存在的Node，可以直接CREATE，不用走MERGE的检查。如果你确定不会出现重复的节点或关系，CREATE 可能更快。

if nameAndTitleNameS in alreadyNode:s_query = f"""MATCH (s:{sLabel} {{unique_name: $nameAndTitleNameS}})"""
else:# s_query = f"""MERGE (s:{sLabel} {{name: $s, unique_name: $nameAndTitleNameS}})"""s_query = f"""CREATE (s:{sLabel} {{name: $s, unique_name: $nameAndTitleNameS}})"""alreadyNode.append(nameAndTitleNameS)if nameAndTitleNameO in alreadyNode:o_query = f"""MATCH (o:{oLabel} {{unique_name: $nameAndTitleNameO}})"""
else:# o_query = f"""MERGE (o:{oLabel} {{name: $o, unique_name: $nameAndTitleNameO}})"""o_query = f"""CREATE (o:{oLabel} {{name: $o, unique_name: $nameAndTitleNameO}})"""alreadyNode.append(nameAndTitleNameO)

batch_size = 10 用时：03:12

总结

当没有建立索引的时候：记录Node是否存在，是最快的。

当建立了索引之后：纯MERGE的Cypher是最快的，各种判断更换为MATCH和CREATE只会减慢速度（与理论分析有点相反）。

事务批量提交不是越大越好，设置为10最佳。

以上总结都针对于我当前的环境和数据，建议选取少部分数据进行实验，针对上述提到的几种方案进行测试，找到适用的。

85647个三元组：用时02:06，平均680条/秒

469101个三元组：用时10:40，平均733条/秒

Other可能的优化

MATCH优化？能不能也存到内存里？每次MATCH也很花时间，能不能把match省略掉，比如能不能把这个节点存到字典里，如果key存在，就直接去取，然后再放到后面的query里？

网上搜的性能对比参考：

• py2neo: 约100-500条/秒
• neo4j-python-driver: 约1000-5000条/秒
• 直接Cypher批量: 可达10000+条/秒

LOAD_CSV方式：如果节点有大量重复数据，先通过 LOAD CSV 等批量导入方式将数据导入到数据库，再通过 MATCH 和 CREATE 或 MERGE 来建立关系。

异步执行：如果你的应用允许，你可以考虑异步提交查询，将多个 tx.run(query, params) 放在异步队列中并并行执行。