生信软件管家——conda vs pip

pip vs conda：

安装过python包的人自然两种管理软件都用过，

Pip install和Conda install在Python环境中用于安装第三方库和软件包，但它们在多个方面存在显著的区别

总的来说：
pip是包管理软件，conda既是包管理软件，又是环境管理软件

管理环境用conda，安装python相关包用pip，麻烦点再用conda（在装python包上conda比pip少）

参考：
https://mp.weixin.qq.com/s/CsiVdclmAyugNdL9T60UzQ

https://mp.weixin.qq.com/s/SbRV5rRnHbB5aStYb0MZcg

01

写在前面

大家拿到自己的服务器后可能需要安装很多的软件与包(生信分析为什么要使用服务器？)，Linux中许多包的安装依赖过多、安装复杂。而conda作为一个能够直接安装超过90%软件的"管家"，能够像Windows和手机中的应用商店那样一键为你解决安装软件的烦恼。conda 是一个开源的软件包管理和环境管理系统，用于简化在不同平台上安装、运行和管理软件包。该工具用于支持 Python 语言，但也能够管理非 Python 的软件。

以下是 Conda 的一些主要特点和功能：

1. 跨平台性： Conda 可以在 Windows、Linux 和 macOS 等多个操作系统上运行，支持跨平台的软件包管理。
2. 软件包管理： Conda 提供了一个强大的软件包管理系统，可以轻松安装、更新和删除软件包。这些软件包可以包含 Python 库、工具、依赖项等。
3. 环境管理： Conda 允许用户创建、导出、列出、删除和更新虚拟环境，以便在不同项目中隔离和管理依赖项。
4. 依赖项解决： Conda 能够自动解决和管理软件包之间的依赖关系，确保安装的软件包能够正确地工作。
5. 多版本支持： Conda 允许用户同时安装多个版本的软件包，并在不同的环境中使用这些版本。
6. 快速的安装： Conda 使用二进制包进行安装，因此安装速度较快，无需重新编译源代码。
7. 大型软件仓库： Anaconda 发布了一个庞大的软件仓库，包含了许多常用的科学计算、数据分析、机器学习等领域的软件包。
8. 易于使用： Conda 提供了简单的命令行接口，使用户可以轻松地执行软件包和环境的管理操作。

02

安装conda

1.下载 conda 的安装脚本（这里使用清华大学的镜像）

cd ~  # 推荐将 conda 安装在家目录下
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh

如果链接失效自行去官网下载安装脚本即可

2.执行conda安装脚本

bash Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh

3.阅读并同意conda的相关协议，不停地回车然后输入yes再回车就安装成功了, 执行脚本后输入的文字的顺序可以参考这个

回车
q
yes
回车
yes

4.为了让安装立即生效，需要执行 .bashrc 脚本，这样会立即进入到 conda 的 base 环境下

source ~/.bashrc

5.添加官方源和国内源，这几乎是提速 conda 的唯一方式了

# 添加官方源
conda config --add channels r # R软件包
conda config --add channels conda-forge # Conda社区维护的不在默认通道中的软件
conda config --add channels bioconda # 生物信息学类工具# 添加国内源头 （选其一添加即可）
# 添加中科大源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes# 添加清华大学源（偶尔抽风，此时需要换其他国内源）
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes# 添加阿里云源
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

6.查看 conda 源是否配置成功，可以看出各 channel 的优先级（从上到下优先级依次增加）

conda config --get channels

安装完成！

03

使用conda

（1）虚拟环境管理

conda env list （列出虚拟环境信息）

conda create -n (创建虚拟环境)

# 命令示例
conda create -n py38 -y
conda create -n py39 python=3.9 -y  # 官方推荐使用这种方式
conda create -n py39_2 -y && conda install -n py39_2 python=3.9 -y# 比较两种创建方式有何不同，并无任何不同
diff miniconda3/envs/py39 miniconda3/envs/py39_2

可以看到，在创建环境时指定 python 版本，和创建完环境后安装 python 的指定版本两者导致的结果并无不同，那为什么官方推荐在创建环境时使用 python=3.9 的方式指定 python
版本呢？这是因为如果您要在该虚拟环境中使用 python，就应该在创建环境之初下载 python3.9 ，之后在这个虚拟环境中下载的其他包都会匹配 python3.9的依赖与约束。如果安装了很多其他包之后再安装 python3.9，处理环境依赖就会变得较为复杂，甚至导致一些不易察觉的 bug。

conda activate (进入虚拟环境)

# 命令示例
conda activate py39

conda deactivate (退出虚拟环境)

# 命令示例
conda deactivate

conda remove -n –all 删除虚拟环境

# 命令示例
conda create -n test -y
conda env list# 删除 test 虚拟环境
conda remove -n test --all
conda env list

导出虚拟环境

# 适用于在相同操作系统版本下 clone 虚拟环境
conda list --explicit > spec-list.txt# 适用于所有平台之间 clone 虚拟环境，这里的平台指的是操作系统，如win、centos、ubuntu
conda env export > environment.yml

根据导出的文件创建虚拟环境

# 代码示例
# 根据导出包创建 env_name1 的虚拟环境
conda create -n env_name1 --file spec-list.txt
conda env create --file environment.yml

（2）channels管理

列出 conda 中配置的 channels，根据优先级从低到高的顺序排列

conda config --get channels

添加 channels，添加国内的 channels 也就是我们常说的添加国内源选其一添加即可，添加太多反而会“打架”。

# 添加中科大源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes# 添加清华大学源（偶尔抽风，此时需要更换为其他国内镜像源，更换国内镜像源的教程可以查看《conda安装教程》）
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/
conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes# 添加阿里云源
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes# 添加北京外国语大学源
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --set show_channel_urls yes 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/# 添加镜像源后清除一下本地软件搜索索引
conda clean -i

删除 channels

方法 1 （通过命令删除）：

# 首先查看 channels
conda config --get channels# 删除指定的 channels
conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --remove channels defaults
# 删除配置的所有镜像源conda config --remove-key channels

方法 2 （编辑 .condarc 文件删除想要删除 channels 对应的行）

vi ~/.condarc

安装包时暂时添加 channels

使用 -c 指定的软件源处于最高优先级，这可能导致一个问题，如果你已经配置好国内镜像源，在下载对应源的软件时可以不指定软件源，它会自动从你配置好国内镜像源中下载。

conda install -c bioconda presto
# 如果配置了国内镜像源，就不用指定 channels 了，这样会使用国内镜像源下载，速度更快
conda install presto

换源:

上面几个国内镜像源没有一个是绝对稳定的，都有可能抽风，连接不上，这时可以切换为其他国内镜像源。下图是中科大镜像源不能访问时的报错，而且同一天阿里的镜像源也抽风了……这时可以切换为其他国内镜像源。

# 移除当前配置的所有镜像源
conda config --remove-key channels
# 重新添加镜像源，以北外的镜像源为例
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --set show_channel_urls yes 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/

（3）包管理

使用 conda 安装包之前，需要用search命令搜索 conda 包，找到安装对应包的命令后再进行安装，如果不能在下面的链接中找到安装方法，即表明该包不能通过 conda 安装。例如我们搜一下python试试看，返回的就是python包的名称、对应版本及channel。

此时我们就可以指定channel安装指定版本的python

conda install -c conda-forge python==1.0.1

conda install (安装包)

conda 同样也支持安装R包，例如大名鼎鼎的R包seurat：

conda install r-seurat

04

卸载conda

聚散终有时，如果你因为磁盘容量或者其它原因需要卸载conda，可以尝试以下方式：

conda 的卸载很方便，因为 conda 的安装并不会污染其他系统目录，conda 几乎将所有数据都保存在 miniconda3 目录下

rm -rf .conda
rm -rf .condarc
rm -rf miniconda3

然后再删除 ~/.bashrc 文件中的 conda 初始化添加的语句，也就是删除图示内容：

vim ~/.bashrc

Linux中的文本删改可以参考：Linux| 25. 文件编辑器 vim

删完之后执行一下 .bashrc 文件。

source ~/.bashrc

参考：
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwMzIzOTk5OQ==&mid=2247506208&idx=1&sn=24d27bc2ff8de340b1f542610b4dc09e&chksm=9b3ca070ac4b29664600d778b077a08bcbd843c29bae65a46261f115a37292aa773fc1513a5a&token=1701013467&lang=zh_CN#rd