LOH 怎么进行深度标准化？

The panel of normals is applied by replacing the germline read depth of the sample with the median read depth of samples with the same genotype in our panel.

1.解释:

panel of normal 正常组织，用于识别技术噪音
germline read depth: 胚系测序深度。根据上下文，是血液或者唾液的DNA。
same genotype: 相同基因型，比如AA, AB, BB

2.步骤

(1)识别肿瘤样本的胚系位点(和血液一致的位点，这些位点的深度代表 正常细胞 的测序覆盖情况)
(2)在正常样本中匹配相同的基因型的样本
肿瘤中某个SNP位点的基因型是AB，就找也是AB的正常样本。
(3)计算正常样本的中位数深度
正常样品中5个AB基因型样本的测序深度分别为: 100x, 105x, 110x, 115x, 120x, 中位数为 110x
(4)替换肿瘤样本的原始深度
肿瘤样本的原始深度: 95x(可能因技术偏差偏低)
校正后深度: 110x （来自同基因型正常样品的深度中位数）
(5)重复所有位点，生成校正后的深度数据
对所有胚系位点执行上述操作，最终得到 技术偏差校正后的测序深度。

3.为什么这么做？技术原理

消除个体间自然变异：消除测序深度、建库效率的差异波动
提高肿瘤纯度计算准确性：校正后更接近真实生物学状态，避免技术因素干扰肿瘤细胞比例（purity）计算。
优化拷贝数变异(CNV)检测：深度标准化后，CNV信号(如扩增/缺失)更易识别。

4.实际应用示例

(1)场景：检测肿瘤样本的LOH(杂合性缺失)
原始数据: 肿瘤样本在某个位点 基因型AB，原始深度=80x(A=60x, B=20x); B-allele频率(BAF)=20/(60+20)=0.25(偏离预期的0.5，可能提示LOH)
正常样本校正：正常样本中AB基因型的样本测序深度中位数=100x；校正后肿瘤样本深度=100x（假设A=75x，B=25x， BAF=0.25任保留）
结果解读：校正后的深度拍出来技术偏差，确认BAF异常(0.25)是真实的LOH信号，而非测序噪音。

5.注意事项‌

• PoN样本量要求‌：通常需要 ≥50个正常样本，以保证中位值的代表性
• 基因型匹配严格性‌：需确保匹配的基因型可靠（如通过GATK等工具高置信度call）。
• 肿瘤纯度影响‌：高纯度肿瘤样本中，胚系位点的深度可能已被肿瘤细胞稀释，需结合B-allele频率（BAF）综合分析。

总结‌

这句话描述的是 ‌通过PoN标准化肿瘤样本测序深度‌ 的关键步骤：

• 用PoN中 ‌相同基因型正常样本的中位深度‌ 替换原始深度。
• 消除技术噪声，突出真实的生物学变异（如CNV、LOH）。
• 该方法在GATK、CNVkit、VarScan2等分析流程中广泛应用。

Ref

• https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11300791/