MMPBSA计算--基于李继存老师gmx_mmpbsa脚本

MMPBSA计算–基于李继存老师gmx_mmpbsa脚本

前期准备

软件安装

安装gromacs, 可以查阅 我的blogGromacs-2022 GPU-CUDA加速版 unbantu

安装 apbs, sudo apt install apbs
安装 gawk, sudo apt install gawk

MD模拟好的文件

我们以研究蛋白小分子动态相互作用-III(蛋白配体复合物 GROMACS)模拟好的文件为例子
需要准备如下文件

脚本执行

MD 做完后需要修复轨迹

gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10.xtc -o md_0_10_center.xtc -center -pbc mol -ur compact

采集最后5ns的模拟数据

gmx trjconv -f md_0_10_center.xtc -o trj_5-10ns.xtc -b 5000 -e 10000

检查轨迹路径

gmx check -f trj_5-10ns.xtc

检查index.ndx， 配体的索引只能是一个，多的必须删除

下载 gmx_mmpbsa.bash，网址：https://github.com/Jerkwin/gmxtools/blob/master/gmx_mmpbsa/gmx_mmpbsa.bsh
修改文件：

修改为：

执行文件：

bash gmx_mmpbsa.bash

最终结果

结果结合力非常强！！