org.Hs.eg.db使用--持续修改
org.Hs.eg.db使用–持续修改
加载
library(org.Hs.eg.db)
1 基本信息查询
1.1 display the columns
columns(org.Hs.eg.db)
[1] "ACCNUM" "ALIAS" "ENSEMBL" "ENSEMBLPROT" "ENSEMBLTRANS" "ENTREZID" "ENZYME" "EVIDENCE"
[9] "EVIDENCEALL" "GENENAME" "GENETYPE" "GO" "GOALL" "IPI" "MAP" "OMIM"
[17] "ONTOLOGY" "ONTOLOGYALL" "PATH" "PFAM" "PMID" "PROSITE" "REFSEQ" "SYMBOL"
[25] "UCSCKG" "UNIPROT"
1.2 get the 1st 6 possible keys
keys <- head( keys(org.Hs.eg.db) )
2 信息提取
2.1 提取想要的列,如与SYMBOL的对应关系
keys <- keys(org.Hs.eg.db)
select(org.Hs.eg.db, keys=keys, columns = c("ENSEMBL","SYMBOL")) %>% head()
ENTREZID ENSEMBL SYMBOL
1 1 ENSG00000121410 A1BG
2 2 ENSG00000175899 A2M
3 3 ENSG00000256069 A2MP1
4 9 ENSG00000171428 NAT1
5 10 ENSG00000156006 NAT2
6 11 <NA> NATP
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