ChIP-seq 分析:Peak 注释与可视化(9)
1. 基因注释
到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。
转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰:
如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。
2. Peak 注释
ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 TSS 位点的距离的概览。
首先加载下一部分所需的库。
library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)
library(org.Mm.eg.db)
library(GenomeInfoDb)
library(ChIPseeker)
annotatePeak 函数接受要注释的区域的 GRanges 对象、基因位置的 TXDB 对象和要从中检索基因名称的数据库对象名称。
peakAnno <- annotatePeak(macsPeaks_GR, tssRegion = c(-500, 500), TxDb = TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,
annoDb = "org.Mm.eg.db")

class(peakAnno)

结果是一个包含峰注释和整体注释统计信息的 csAnno 对象。
peakAnno

csAnno 对象包含有关基因的单个峰的注释信息。要从 csAnno 对象中提取它,ChIPseeker 函数 as.GRanges 或 as.data.frame 可用于生成具有峰及其相关基因的相应对象。
peakAnno_GR <- as.GRanges(peakAnno)
peakAnno_DF <- as.data.frame(peakAnno)
peakAnno_GR[1:2, ]

3. 可视化 Peak 注释
现在我们有了来自 ChIPseeker 的注释峰,我们可以使用 ChIPseeker 的一些绘图功能来显示基因特征中峰的分布。在这里,我们使用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图,但 plotAnnoPie 会生成类似于饼图的图。
plotAnnoBar(peakAnno)

同样,我们可以绘制 TSS 站点周围峰值的分布。
plotDistToTSS(peakAnno)

ChIPseeker 还可以提供一个简洁的图来描述注释之间的重叠。
upsetplot(peakAnno, vennpie = F)

本文由 mdnice 多平台发布
相关文章:
ChIP-seq 分析:Peak 注释与可视化(9)
1. 基因注释 到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与…...
ABB机器人配置DeviceNet总线IO板以及信号分配的具体方法示例
ABB机器人配置DeviceNet总线IO板以及信号分配的具体方法示例 基本步骤: 配置IO板分配IO信号这里以DeviceNet总线的DSQC652为例进行说明: 配置IO板的基本步骤: 配置IO板的型号 连接到总线 配置IO板的地址 (1台机器人可以配置多个IO板连接到DeviceNet总线,为了让机…...
2023 年网络安全漏洞的主要原因
网络安全漏洞已经并将继续成为企业面临的主要问题。因此,对于企业领导者来说,了解这些违规行为的原因至关重要,这样他们才能更好地保护他们的数据。 在这篇博文中,我们将概述 2023 年比较普遍的网络安全漏洞的主要原因。 云…...
剑指 Offer 34. 二叉树中和为某一值的路径
剑指 Offer 34. 二叉树中和为某一值的路径 难度:middle\color{orange}{middle}middle 题目描述 给你二叉树的根节点 rootrootroot 和一个整数目标和 targetSumtargetSumtargetSum ,找出所有 从根节点到叶子节点 路径总和等于给定目标和的路径。 叶子节…...
2023前端vue面试题(边面边更)
Vue中key的作用 vue 中 key 值的作用可以分为两种情况来考虑: 第一种情况是 v-if 中使用 key。由于 Vue 会尽可能高效地渲染元素,通常会复用已有元素而不是从头开始渲染。因此当使用 v-if 来实现元素切换的时候,如果切换前后含有相同类型的…...
webpack配置完全指南
前言 对于入门选手来讲,webpack 配置项很多很重,如何快速配置一个可用于线上环境的 webpack 就是一件值得思考的事情。其实熟悉 webpack 之后会发现很简单,基础的配置可以分为以下几个方面: entry 、 output 、 mode 、 resolve …...
juju创建lxd容器时如何使用本地镜像(by quqi99)
作者:张华 发表于:2023-03-01 版权声明:可以任意转载,转载时请务必以超链接形式标明文章原始出处和作者信息及本版权声明 问题 没有外网,所以配置了一个local custom镜像库,也使用了container-image-meta…...
后端程序员学习前端开发之第一步环境搭建
一、安装 Node.js Node.js 是一个开源的、跨平台的 JavaScript 运行时环境。Node.js官网 二、安装 npm 镜像 因为 npm 是国外的,所以使用起来速度比较慢。我们这里使用了淘宝的 cnpm 镜像安装 vue。使用淘宝的 cnpm 命令管理工具代替默认的 npm 管理工具。 进入c…...
【记录问题】RuntimeError:working outside of application context. Flask使用SQLAlchemy数据库
前提:Flask使用SQLAlchemy数据库 本质:依赖包版本不匹配 问题1:报错RuntimeError:working outside of application context. 运行程序报错,如下错误: 原因:flask-sqlalchemy 版本过高导致&am…...
自动化测试难点案例分析,其实自动化你用错方向还不如不用
随着国内企业软件开发及测试水平的提升,许多企业开始尝试开展自动化测试的应用,以提高测试效率和测试质量。虽然在国外自动化测试工具应用已经很普遍,但国内许多企业对于软件自动化测试的理解还停留在表面上,没有深入的理解到企业…...
866363-70-4,N3-C5-NHS ester,叠氮-C5-NHS 主要物理性质分享
●外观以及性质:Azido-Aca-NHS淡黄色或无色油状,叠氮化物可以与炔烃、DBCO和BCN进行铜催化的点击化学反应。NHS酯可以与胺基反应,形成稳定的酰胺键。●中文名:叠氮-C5-NHS ester,6-叠氮己酸活性酯●英文名:…...
字符流定义及如何深入理解字符流的编码
IputSrem类和OupuSrem类在读写文件时操作的都是字节,如果希望在程序中操作字符,使用这两个类就不太方便,为此JDK提供了字符流。同字节流样,字符流也有两个抽象的顶级父类,分别是Reader和Writer其中,Reader是…...
什么是pod类型
很久很久以前,C 语言统一了江湖。几乎所有的系统底层都是用 C 写的,当时定义的基本数据类型有 int、char、float 等整数类型、浮点类型、枚举、void、指针、数组、结构等等。然后只要碰到一串01010110010 之类的数据,编译器都可以正确的把它解…...
2023年中小企业实施智能制造的建议
智能制造的载体是制造系统,制造系统从微观到宏观有不同的层次,主要包括制造装备、制造单元、制造车间(工厂)、制造企业和企业生态等。随着智能制造的深入推进,未来智能制造将向以下五个方向发展。 (一&…...
【LeetCode】剑指 Offer 19. 正则表达式匹配 p124 -- Java Version
题目链接:https://leetcode.cn/problems/zheng-ze-biao-da-shi-pi-pei-lcof/ 1. 题目介绍(19. 正则表达式匹配) 请实现一个函数用来匹配包含. 和*的正则表达式。模式中的字符.表示任意一个字符,而’*表示它前面的字符可以出现任意…...
linux和windows中安装emqx消息服务器
大家好,我是雄雄,欢迎关注微信公众号雄雄的小课堂 现在是:2023年3月1日21:53:55 前言 最近几天看了下mqtt,通过不断的搜索资料,也将mqtt集成到项目中,跑了个demo运行,和预想中的差不多&#x…...
【XXL-JOB】XXL-JOB的搭建和使用
【XXL-JOB】XXL-JOB的搭建和使用 文章目录【XXL-JOB】XXL-JOB的搭建和使用1. 任务调度1.1 实现任务调度1.1.1 多线程实现1.1.2 Timer实现1.1.3 ScheduledExecutor实现2. 分布式任务调度2.1 采用分布式的原因3. XXL-JOB3.1 XXL-JOB介绍3.2 执行流程4. 搭建XXL-JOB4.1 创建数据库…...
HCIP-5OSPF基本原理及基本配置学习笔记
1、OSPF基本原理 开放式最短路径优先OSPF(Open Shortest Path First)协议是IETF定义的一种基于链路状态的内部网关路由协议。 RIP是一种基于距离矢量算法的路由协议,存在着收敛慢、易产生路由环路、可扩展性差等问题,目前已逐渐被…...
Migrate your data into databend with DataX
现在互联网应用越来越复杂,每个公司都会有多种多样的数据库。通常是用最好的硬件来跑 OLTP,甚至还在 OLTP 中进行分库分表来满足业务,这样对于一些分析,聚合,排序操作非常麻烦。这也有了异构数据库的数据同步需求&…...
ssh: Permission denied (publickey,gssapi-keyex,gssapi-with-mic,password)
【ansible 设置host为localhost,执行ping命令报错】 [eniq-slocalhost ansible]$ ansible all -m ping -i inventory localhost | UNREACHABLE! > { "changed": false, "msg": "Failed to connect to the host via ssh: Perm…...
CTF show Web 红包题第六弹
提示 1.不是SQL注入 2.需要找关键源码 思路 进入页面发现是一个登录框,很难让人不联想到SQL注入,但提示都说了不是SQL注入,所以就不往这方面想了 先查看一下网页源码,发现一段JavaScript代码,有一个关键类ctfs…...
FFmpeg 低延迟同屏方案
引言 在实时互动需求激增的当下,无论是在线教育中的师生同屏演示、远程办公的屏幕共享协作,还是游戏直播的画面实时传输,低延迟同屏已成为保障用户体验的核心指标。FFmpeg 作为一款功能强大的多媒体框架,凭借其灵活的编解码、数据…...
将对透视变换后的图像使用Otsu进行阈值化,来分离黑色和白色像素。这句话中的Otsu是什么意思?
Otsu 是一种自动阈值化方法,用于将图像分割为前景和背景。它通过最小化图像的类内方差或等价地最大化类间方差来选择最佳阈值。这种方法特别适用于图像的二值化处理,能够自动确定一个阈值,将图像中的像素分为黑色和白色两类。 Otsu 方法的原…...
Robots.txt 文件
什么是robots.txt? robots.txt 是一个位于网站根目录下的文本文件(如:https://example.com/robots.txt),它用于指导网络爬虫(如搜索引擎的蜘蛛程序)如何抓取该网站的内容。这个文件遵循 Robots…...
unix/linux,sudo,其发展历程详细时间线、由来、历史背景
sudo 的诞生和演化,本身就是一部 Unix/Linux 系统管理哲学变迁的微缩史。来,让我们拨开时间的迷雾,一同探寻 sudo 那波澜壮阔(也颇为实用主义)的发展历程。 历史背景:su的时代与困境 ( 20 世纪 70 年代 - 80 年代初) 在 sudo 出现之前,Unix 系统管理员和需要特权操作的…...
mysql已经安装,但是通过rpm -q 没有找mysql相关的已安装包
文章目录 现象:mysql已经安装,但是通过rpm -q 没有找mysql相关的已安装包遇到 rpm 命令找不到已经安装的 MySQL 包时,可能是因为以下几个原因:1.MySQL 不是通过 RPM 包安装的2.RPM 数据库损坏3.使用了不同的包名或路径4.使用其他包…...
OPENCV形态学基础之二腐蚀
一.腐蚀的原理 (图1) 数学表达式:dst(x,y) erode(src(x,y)) min(x,y)src(xx,yy) 腐蚀也是图像形态学的基本功能之一,腐蚀跟膨胀属于反向操作,膨胀是把图像图像变大,而腐蚀就是把图像变小。腐蚀后的图像变小变暗淡。 腐蚀…...
保姆级教程:在无网络无显卡的Windows电脑的vscode本地部署deepseek
文章目录 1 前言2 部署流程2.1 准备工作2.2 Ollama2.2.1 使用有网络的电脑下载Ollama2.2.2 安装Ollama(有网络的电脑)2.2.3 安装Ollama(无网络的电脑)2.2.4 安装验证2.2.5 修改大模型安装位置2.2.6 下载Deepseek模型 2.3 将deepse…...
代码规范和架构【立芯理论一】(2025.06.08)
1、代码规范的目标 代码简洁精炼、美观,可持续性好高效率高复用,可移植性好高内聚,低耦合没有冗余规范性,代码有规可循,可以看出自己当时的思考过程特殊排版,特殊语法,特殊指令,必须…...
go 里面的指针
指针 在 Go 中,指针(pointer)是一个变量的内存地址,就像 C 语言那样: a : 10 p : &a // p 是一个指向 a 的指针 fmt.Println(*p) // 输出 10,通过指针解引用• &a 表示获取变量 a 的地址 p 表示…...
