CellMarker | 人骨骼肌组织细胞Marker大全！~（强烈建议火速收藏！）
1写在前面
分享一下最近看到的2篇paper关于骨骼肌组织的细胞Marker，绝对的Atlas级好东西。👍
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2常用marker（一）
general_mrkrs <- c(
'MYH7', 'TNNT1', 'TNNT3', 'MYH1', 'MYH2', "CKM", "MB", # Myofibers
'PAX7', 'DLK1', # MuSCs
'PDGFRA', 'DCN', 'ANGPTL7', 'OSR2', 'NGFR', 'SLC22A3','ITGA6', # Fibroblasts
'FMOD', 'TNMD' , 'MKX', # Tenocytes
'MPZ', 'MBP', # Schwann cells
'CDH2', 'L1CAM', # SCG
'MSLN', 'ITLN1', # mesothelium
"ADIPOQ", "PLIN1", # adipocytes
'PTPRC', 'CD3D', 'IL7R', # T cells
'NKG7', 'PRF1', #NK cells
'CD79A', "TCL1A", # B cells
'MZB1', 'JCHAIN', # B plasma
"CD14", "FCGR3A",'S100A8', 'S100A12', # Mono
"CD163", "C1QA", # Macrop
"XCR1", "CLEC9A", # cDC1 "CADM1",
"CD1C", "CLEC10A", "CCR7", # cDC2
'LILRA4', 'IL3RA', "IRF7", # pDC
'FCGR3B', 'CSF3R', 'SORL1', # Neutrophils
'EPX', 'PRG2', # Eosinophils 'CLC'
'TPSB2', 'MS4A2', # Mast cells
'PECAM1', 'HEY1','CLU', # art EC
'CA4', 'LPL', # capEC
'ACKR1', 'SELE', # venEC
'LYVE1', 'TFF3', # lymphEC
'RGS5','ABCC9', # pericytes
'MYH11', 'ACTA2', # SMC
'HBA1', #RBC
)
出自下面paper:👇
Human skeletal muscle aging atlas. Veronika R. Kedlian, Yaning Wang, Tianliang Liu, Xiaoping Chen, Liam Bolt, Catherine Tudor, Zhuojian Shen, Eirini S. Fasouli, Elena Prigmore, Vitalii Kleshchevnikov, Jan Patrick Pett, Tong Li, John E G Lawrence, Shani Perera, Martin Prete, Ni Huang, Qin Guo, Xinrui Zeng, Lu Yang, Krzysztof Polański, Nana-Jane Chipampe, Monika Dabrowska, Xiaobo Li, Omer Ali Bayraktar, Minal Patel, Natsuhiko Kumasaka, Krishnaa T. Mahbubani, Andy Peng Xiang, Kerstin B. Meyer, Kourosh Saeb-Parsy, Sarah A Teichmann & Hongbo Zhang 2024 Apr.
3常用marker（二）
Mural Cell Markers
#SMOOTH MUSCLE CELLS
FeaturePlot(df.harmony, features = "MYH11", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "ACTA2", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "TAGLN", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
#PERICYTES
FeaturePlot(df.harmony, features = "RGS5", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "CSPG4", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "PDGFRB", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
Glial Cells Markers
FeaturePlot(df.harmony, features = "PROX1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "MPZ", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "NCAM1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "CDH19", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "SOX10", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "PLP1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
Adipocites Markers
FeaturePlot(df.harmony, features = "PLIN1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "ADIPOQ", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "MMRN1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "CCL21", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
Tenocytes Markers
FeaturePlot(df.harmony, features = "FMOD", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "TNMD", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "COL22A1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "SCX", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "DLG2", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "FBN1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
Endothelial Markers
#FeaturePlot(df.harmony, features = "PCDHA6", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
#ARTERIAL
FeaturePlot(df.harmony, features = "FBLN5", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "DLL4", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "SEMA3G", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
#CAPILLARIES
FeaturePlot(df.harmony, features = "RGCC", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
#VENOUS
FeaturePlot(df.harmony, features = "EPHB4", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
Myonuclei Markers
FeaturePlot(df.harmony, features = "TTN", min.cutoff = "q9", order = T, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
#IMMATURE MYOCYTE
FeaturePlot(df.harmony, features = "MYMX", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "MYOG", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
#REG MYONUCLEI
FeaturePlot(df.harmony, features = "FLNC", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "MYH3", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "MYH8", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "XIRP1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
NMJ Myonuclei Markers (Neuromuscular junction)
#NMJ
FeaturePlot(df.harmony, features = "CHRNE", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "CHRNA1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "PRKAR1A", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "COL25A1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "UTRN", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "COLQ", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "ABLIM2", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "VAV3", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "UFSP1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
MTJ Myonuclei Markers (Myotendinous junction)
#MTJ
FeaturePlot(df.harmony, features = "COL22A1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "PIEZO2", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "COL24A1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "COL6A1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "FSTL1", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "COL6A3", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(df.harmony, features = "TIGD4", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
FeaturePlot(mini_df.harmony.harmony, features = "EYS", min.cutoff = "q9", order = TRUE, cols = c("lightblue", "navy"), raster = FALSE)
出自下面paper:👇
Lai, Y., Ramírez-Pardo, I., Isern, J. et al. Multimodal cell atlas of the ageing human skeletal muscle. Nature (2024).
点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰
📍 🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！？
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📍 🤩 scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程
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📍 🤗 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图
📍 🤫 linkET | 完美解决ggcor安装失败方案（附教程）
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